PDB-5hxy: Crystal structure of XerA recombinase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5hxy

タイトル

Crystal structure of XerA recombinase

要素

Tyrosine recombinase XerA

キーワード

RECOMBINATION / recombinase / XerA

機能・相同性

機能・相同性情報

tyrosine-based site-specific recombinase activity / DNA transposition / DNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermoplasma acidophilum DSM 1728 (好酸性)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Hwang, K.Y. / Nam, K.H.

資金援助

韓国, 2件

組織	認可番号	国
National Research Foundation of Korea (NRF) grant funded by the Korea government (MEST)	NRF-2014R1A1A2059440	韓国
National Research Foundation of Korea (NRF) grant funded by the Korea government (MEST)	NRF-2014R1212513	韓国

引用

ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 2016
タイトル: Crystal structure of Thermoplasma acidophilum XerA recombinase shows large C-shape clamp conformation and cis-cleavage mode for nucleophilic tyrosine
著者: Jo, C.H. / Kim, J. / Han, A.R. / Park, S.Y. / Hwang, K.Y. / Nam, K.H.

履歴

登録	2016年1月31日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2017年2月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年2月19日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.2	2024年11月20日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5hxy.cif.gz	352.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5hxy.ent.gz	288.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5hxy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5hxy_validation.pdf.gz	512.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5hxy_full_validation.pdf.gz	548.9 KB	表示
XML形式データ	5hxy_validation.xml.gz	64.5 KB	表示
CIF形式データ	5hxy_validation.cif.gz	90.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hx/5hxy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hx/5hxy	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4j1v-d 3k49-3 2vyt-d 1m8y-2 3q0q-d 2o25-2 3k49-1 2o25-1 4u08-2 6u1o-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

類似構造データ

Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#84 - 2006年12月トランスポザーゼ (Transposase) 類似性 (9) #73 - 2006年1月トポイソメラーゼ (Topoisomerase) 類似性 (1) #160 - 2013年4月アクチノマイシン (Actinomycin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Tyrosine recombinase XerA

B: Tyrosine recombinase XerA

C: Tyrosine recombinase XerA

D: Tyrosine recombinase XerA

E: Tyrosine recombinase XerA

F: Tyrosine recombinase XerA

ヘテロ分子

224 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Tyrosine recombinase XerA

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
37.4 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Tyrosine recombinase XerA

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
37.2 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Tyrosine recombinase XerA

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
37.3 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Tyrosine recombinase XerA

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
37.2 kDa, 1 ポリマー
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5

E: Tyrosine recombinase XerA

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
37.2 kDa, 1 ポリマー
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6

F: Tyrosine recombinase XerA

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
37.2 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	182.860, 105.968, 115.586
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 110.01, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Tyrosine recombinase XerA / DNA recombinase 分子量: 37046.410 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermoplasma acidophilum DSM 1728 (好酸性) 株: DSM 1728 / 遺伝子: xerA, Ta1314 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9HIM5
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION 分子量: 94.971 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 491 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.04 %
結晶化	温度: 295.5 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: PEG 4000, ADA, LiSO4

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Photon Factory

/ ビームライン: BL-5A / 波長: 0.97952, 0.97987, 0.9800

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2008年3月3日

放射

モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.97952	1
2	0.97987	1
3	0.98	1

反射

解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 68638 / % possible obs: 95.4 % / 冗長度: 3.3 % / Net I/σ(I): 13.69

-
位相決定

位相決定	手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.7.0032	精密化
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データスケーリング
SOLVE		位相決定
RESOLVE		モデル構築
PDB_EXTRACT	3.2	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.5→47.66 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.933 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.888 / SU B: 9.342 / SU ML: 0.204 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.613 / ESU R Free: 0.292 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24321	3479	5.1 %	RANDOM
R_work	0.18847	-	-	-
obs	0.19129	65159	95.25 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33.442 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.57 Å²	-0 Å²	0.25 Å²
2-	-	-1.04 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.2 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.5→47.66 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13501	0	75	491	14067

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.019	13793
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	13514
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.82	1.989	18576
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.862	3	30990
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.171	5	1642
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.931	22.485	648
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.504	15	2459
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.947	15	148
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.12	0.2	2089
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	15133
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	3225
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.287	3.156	6604
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.287	3.156	6603
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.67	4.719	8234
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.67	4.719	8235
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.785	3.504	7189
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.711	3.479	7130
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.305	5.081	10253
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	6.5	25.118	16741
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	6.368	25.095	16658
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.497→2.562 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.352	220	-
R_work	0.267	4228	-
obs	-	-	83.88 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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