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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5hxi | ||||||
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タイトル | 2-Methyl-3-hydroxypyridine-5-carboxylic acid oxygenase, 5HN bound | ||||||
![]() | 2-methyl-3-hydroxypyridine-5-carboxylic acid oxygenase | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / alpha/beta fold / flavoenzyme / substrate complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kobayashi, J. / Mikami, B. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Role of the Tyr270 residue in 2-methyl-3-hydroxypyridine-5-carboxylic acid oxygenase from Mesorhizobium loti 著者: Kobayashi, J. / Yoshida, H. / Yagi, T. / Kamitori, S. / Hayashi, H. / Mizutani, K. / Takahashi, N. / Mikami, B. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 185.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 144.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 746.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 749.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 21.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 33.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 41798.488 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: MAFF303099 / 遺伝子: mlr6788 / プラスミド: pET21a / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 7種, 486分子 ![](data/chem/img/FAD.gif)
![](data/chem/img/BME.gif)
![](data/chem/img/5HN.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/BME.gif)
![](data/chem/img/5HN.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-FAD / | ||||||
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#3: 化合物 | ChemComp-BME / | ||||||
#4: 化合物 | ChemComp-5HN / | ||||||
#5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-GOL / #7: 化合物 | ChemComp-PEG / | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.95 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 8% PEG8000, 0.1M Tris-HCl pH 8.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2012年5月25日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.5→93.13 Å / Num. all: 68494 / Num. obs: 68494 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 17.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.5→1.53 Å / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.379 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 13.594 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.5→50 Å
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拘束条件 |
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