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- PDB-5hws: Crystal structure of ketopantoate reductase from Thermococcus kod... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5hws
タイトルCrystal structure of ketopantoate reductase from Thermococcus kodakarensis complexed with NADP+
要素2-dehydropantoate 2-reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / NADP / Rossmann type fold
機能・相同性
機能・相同性情報


2-dehydropantoate 2-reductase / 2-dehydropantoate 2-reductase activity / pantothenate biosynthetic process / coenzyme A biosynthetic process / nucleotide binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Ketopantoate reductase ApbA/PanE / Ketopantoate reductase, C-terminal domain / Ketopantoate reductase PanE/ApbA C terminal / Ketopantoate reductase, N-terminal domain / Ketopantoate reductase PanE/ApbA / N-(1-d-carboxylethyl)-l-norvaline Dehydrogenase; domain 2 / N-(1-d-carboxylethyl)-l-norvaline Dehydrogenase; domain 2 / 6-phosphogluconate dehydrogenase, domain 2 / 6-phosphogluconate dehydrogenase-like, C-terminal domain superfamily ...: / Ketopantoate reductase ApbA/PanE / Ketopantoate reductase, C-terminal domain / Ketopantoate reductase PanE/ApbA C terminal / Ketopantoate reductase, N-terminal domain / Ketopantoate reductase PanE/ApbA / N-(1-d-carboxylethyl)-l-norvaline Dehydrogenase; domain 2 / N-(1-d-carboxylethyl)-l-norvaline Dehydrogenase; domain 2 / 6-phosphogluconate dehydrogenase, domain 2 / 6-phosphogluconate dehydrogenase-like, C-terminal domain superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2-dehydropantoate 2-reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermococcus kodakarensis (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Aikawa, Y. / Nishitani, Y. / Miki, K.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
CREST/JST 日本
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2016
タイトル: Crystal structure of ketopantoate reductase from Thermococcus kodakarensis complexed with NADP+
著者: Aikawa, Y. / Nishitani, Y. / Tomita, H. / Atomi, H. / Miki, K.
履歴
登録2016年1月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年5月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月19日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_struct_oper_list
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2-dehydropantoate 2-reductase
B: 2-dehydropantoate 2-reductase
C: 2-dehydropantoate 2-reductase
D: 2-dehydropantoate 2-reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)139,2018
ポリマ－136,2274
非ポリマー2,9744
水6,179343
1
A: 2-dehydropantoate 2-reductase
D: 2-dehydropantoate 2-reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,6004
ポリマ－68,1142
非ポリマー1,4872
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4190 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area24070 Å2
手法PISA
2
B: 2-dehydropantoate 2-reductase
C: 2-dehydropantoate 2-reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,6004
ポリマ－68,1142
非ポリマー1,4872
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4200 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area24300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)37.616, 44.944, 183.286
Angle α, β, γ (deg.)84.93, 87.83, 65.20
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
2-dehydropantoate 2-reductase / Ketopantoate reductase


分子量: 34056.770 Da / 分子数: 4 / 変異: C84A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermococcus kodakarensis (strain ATCC BAA-918 / JCM 12380 / KOD1) (古細菌)
株: ATCC BAA-918 / JCM 12380 / KOD1 / 遺伝子: TK1968 / プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q5JGC2, 2-dehydropantoate 2-reductase
#2: 化合物
ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 343 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.2 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: PEG 3350, 2-propanol, sodium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年1月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 42722 / % possible obs: 88.4 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 1.9 % / Biso Wilson estimate: 29.2 Å2 / Net I/σ(I): 9.4
反射 シェル解像度: 2.3→2.35 Å / 冗長度: 1.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 79.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000data processing
PHASER位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5AYV

5ayv


解像度: 2.3→45.642 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 28.25 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2602 2164 5.07 %Random selection
Rwork0.2218 ---
obs0.2237 42722 88.11 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 37.2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→45.642 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9282 0 192 343 9817
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0049662
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.81513151
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.4053469
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0361492
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041661
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2966-2.350.31651480.27982361X-RAY DIFFRACTION75
2.35-2.40880.32511320.28112559X-RAY DIFFRACTION86
2.4088-2.47390.32341460.26972826X-RAY DIFFRACTION91
2.4739-2.54670.32661390.27592733X-RAY DIFFRACTION90
2.5467-2.62890.29911470.2732784X-RAY DIFFRACTION89
2.6289-2.72290.30271450.26392639X-RAY DIFFRACTION88
2.7229-2.83190.31691390.27122668X-RAY DIFFRACTION86
2.8319-2.96070.30771410.24992608X-RAY DIFFRACTION86
2.9607-3.11680.321470.24452826X-RAY DIFFRACTION92
3.1168-3.3120.28591410.24152767X-RAY DIFFRACTION91
3.312-3.56770.23521500.222765X-RAY DIFFRACTION90
3.5677-3.92650.25041380.19882642X-RAY DIFFRACTION86
3.9265-4.49420.22391750.17952869X-RAY DIFFRACTION93
4.4942-5.66060.20511490.18342656X-RAY DIFFRACTION87
5.6606-45.65110.19671270.18262855X-RAY DIFFRACTION92

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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