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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5hwr | ||||||
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タイトル | MvaS in complex with coenzyme A | ||||||
要素 | Hydroxymethylglutaryl-CoA synthase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / MvaS / Myxococcus xanthus / Biosynthesis | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 hydroxymethylglutaryl-CoA synthase / hydroxymethylglutaryl-CoA synthase activity / farnesyl diphosphate biosynthetic process, mevalonate pathway / acetyl-CoA metabolic process / ergosterol biosynthetic process 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Myxococcus xanthus (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.5 Å | ||||||
データ登録者 | Bock, T. / Kasten, J. / Blankenfeldt, W. | ||||||
引用 | ジャーナル: Chembiochem / 年: 2016 タイトル: Crystal Structure of the HMG-CoA Synthase MvaS from the Gram-Negative Bacterium Myxococcus xanthus. 著者: Bock, T. / Kasten, J. / Muller, R. / Blankenfeldt, W. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5hwr.cif.gz | 238.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5hwr.ent.gz | 204.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5hwr.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hw/5hwr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hw/5hwr | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 44659.566 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Myxococcus xanthus (strain DK 1622) (バクテリア) 株: DK 1622 / 遺伝子: mvaS, MXAN_4267 / プラスミド: peT19m / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q1D4I1, hydroxymethylglutaryl-CoA synthase | ||||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-SO4 / #4: 化合物 | ChemComp-COA / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.87 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 2.2 M (NH4)2SO4, 0.2 M disodium tartrate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1.033 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年6月21日 | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.033 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.5→41.7 Å / Num. obs: 71372 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 16 % / Biso Wilson estimate: 12.77 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.133 / Rpim(I) all: 0.034 / Rrim(I) all: 0.137 / Net I/σ(I): 17.3 / Num. measured all: 1143902 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.5→41.697 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 13.02 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 61.48 Å2 / Biso mean: 16.7744 Å2 / Biso min: 6.64 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.5→41.697 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 26
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