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- PDB-5hwn: Crystal structure of keto-deoxy-D-galactarate dehydratase complex... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5hwn
タイトルCrystal structure of keto-deoxy-D-galactarate dehydratase complexed with pyruvate
要素Probable 5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase
キーワードLYASE / decarboxylating / dehydratase / TIM-barrel
機能・相同性
機能・相同性情報


5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase / 5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase activity / D-glucarate catabolic process / 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase activity
類似検索 - 分子機能
5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase / DapA-like / Dihydrodipicolinate synthetase family / Dihydrodipicolinate synthetase family / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / PYRUVIC ACID / Probable 5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase
類似検索 - 構成要素
生物種Agrobacterium fabrum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.499 Å
データ登録者Taberman, H. / Parkkinen, T. / Hakulinen, N. / Rouvinen, J.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2014
タイトル: Structure and function of a decarboxylating Agrobacterium tumefaciens keto-deoxy-d-galactarate dehydratase.
著者: Taberman, H. / Andberg, M. / Parkkinen, T. / Janis, J. / Penttila, M. / Hakulinen, N. / Koivula, A. / Rouvinen, J.
履歴
登録2016年1月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年3月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id
改定 2.12024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable 5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase
B: Probable 5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase
C: Probable 5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase
D: Probable 5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)135,89124
ポリマ－134,2494
非ポリマー1,64120
水25,4011410
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14790 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area40250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)169.800, 120.140, 74.070
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 112.01, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-892-

HOH

21D-822-

HOH

-
要素

#1: タンパク質
Probable 5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase / 5-keto-4-deoxy-glucarate dehydratase / KDGDH


分子量: 33562.363 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Agrobacterium fabrum (strain C58 / ATCC 33970) (バクテリア)
遺伝子: Atu3140, AGR_L_3338 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q8UB77, 5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase
#2: 化合物
ChemComp-PYR / PYRUVIC ACID / ピルビン酸


分子量: 88.062 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H4O3
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物
ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1410 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.85 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: BICINE, sodium formate, PEG MME 5000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年8月7日
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→48.09 Å / Num. obs: 214991 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.038 / Net I/σ(I): 15.6
反射 シェル解像度: 1.5→1.54 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.509 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 97.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_1803精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 1.499→48.087 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 17.92 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1695 10750 5 %
Rwork0.1444 --
obs0.1456 214963 97.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.499→48.087 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9233 0 104 1410 10747
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0110280
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.30113997
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.8523819
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0791517
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071858
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.499-1.51610.31043500.29866650X-RAY DIFFRACTION96
1.5161-1.53390.26813600.24966831X-RAY DIFFRACTION99
1.5339-1.55260.25553620.23356886X-RAY DIFFRACTION99
1.5526-1.57230.25653610.22116848X-RAY DIFFRACTION99
1.5723-1.59290.25543610.20776863X-RAY DIFFRACTION99
1.5929-1.61480.25033600.20426830X-RAY DIFFRACTION99
1.6148-1.63780.22953580.20066814X-RAY DIFFRACTION99
1.6378-1.66230.21123640.18456912X-RAY DIFFRACTION99
1.6623-1.68830.18873620.17356885X-RAY DIFFRACTION99
1.6883-1.71590.21563620.17626866X-RAY DIFFRACTION99
1.7159-1.74550.19023600.16936836X-RAY DIFFRACTION99
1.7455-1.77730.18793590.16786823X-RAY DIFFRACTION99
1.7773-1.81150.20133630.15936896X-RAY DIFFRACTION99
1.8115-1.84840.19463620.15826874X-RAY DIFFRACTION99
1.8484-1.88860.18583600.15556842X-RAY DIFFRACTION98
1.8886-1.93260.20513590.16096819X-RAY DIFFRACTION98
1.9326-1.98090.18673570.15426783X-RAY DIFFRACTION98
1.9809-2.03450.16873630.15096892X-RAY DIFFRACTION98
2.0345-2.09430.17993560.14956781X-RAY DIFFRACTION98
2.0943-2.16190.18513600.14986839X-RAY DIFFRACTION98
2.1619-2.23920.18363570.14236785X-RAY DIFFRACTION97
2.2392-2.32880.16353540.13736716X-RAY DIFFRACTION97
2.3288-2.43480.15553550.13426746X-RAY DIFFRACTION97
2.4348-2.56320.16213570.1296774X-RAY DIFFRACTION97
2.5632-2.72380.15813560.13026765X-RAY DIFFRACTION97
2.7238-2.93410.15773530.13396718X-RAY DIFFRACTION96
2.9341-3.22930.15033530.13396713X-RAY DIFFRACTION96
3.2293-3.69640.13613520.1316674X-RAY DIFFRACTION95
3.6964-4.65650.14133540.11516727X-RAY DIFFRACTION96
4.6565-48.11180.15453600.13346825X-RAY DIFFRACTION96

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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