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- PDB-5hwg: Structure of a cysteine hydrolase with a negative substrate -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5hwg
タイトルStructure of a cysteine hydrolase with a negative substrate
要素Isochorismatase
キーワードHYDROLASE / catalyic triad
機能・相同性: / Isochorismatase-like / Isochorismatase-like superfamily / Isochorismatase domain / hydrolase activity / (1S,4R)-2-azabicyclo[2.2.1]hept-5-en-3-one / Isochorismatase
機能・相同性情報
生物種Microbacterium hydrocarbonoxydans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.99 Å
データ登録者Feng, Y. / Gao, S.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of a cysteine hydrolase
著者: Gao, S. / Feng, Y.
履歴
登録2016年1月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年2月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月20日Group: Data collection / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Isochorismatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,5352
ポリマ－20,4261
非ポリマー1091
水2,018112
1
A: Isochorismatase
ヘテロ分子

A: Isochorismatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,0704
ポリマ－40,8522
非ポリマー2182
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_557y,x,-z+21
Buried area3270 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area13710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.291, 69.291, 86.617
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-369-

HOH

21A-390-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Isochorismatase


分子量: 20425.797 Da / 分子数: 1 / 変異: C111A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Microbacterium hydrocarbonoxydans (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0K0XHU0
#2: 化合物 ChemComp-66Y / (1S,4R)-2-azabicyclo[2.2.1]hept-5-en-3-one / (1α,4α)-2-アザビシクロ[2.2.1]ヘプタ-5-エン-3-オン


分子量: 109.126 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H7NO
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 112 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.08 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2M sodium malonate, 20% (w/v) polyethylene glycol 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年11月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.99→50 Å / Num. obs: 17468 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 9.4 % / Net I/σ(I): 22.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.99→35.12 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.92 / 位相誤差: 25.07 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.237 883 5.05 %
Rwork0.2 --
obs0.202 17468 98.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.99→35.12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1338 0 8 112 1458
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0041377
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8021882
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.379480
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.03218
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004246
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9926-2.11740.28461310.22392509X-RAY DIFFRACTION50
2.1174-2.28090.2491450.1992607X-RAY DIFFRACTION52
2.2809-2.51040.21331400.18422656X-RAY DIFFRACTION53
2.5104-2.87350.22991560.18882755X-RAY DIFFRACTION55
2.8735-3.61970.24261560.19912989X-RAY DIFFRACTION59
3.6197-35.12320.22941550.20443069X-RAY DIFFRACTION61

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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