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万見
- PDB-5hw4: Crystal structure of Escherichia coli 16S rRNA methyltransferase ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5hw4
タイトルCrystal structure of Escherichia coli 16S rRNA methyltransferase RsmI in complex with AdoMet
要素Ribosomal RNA small subunit methyltransferase I
キーワードTRANSFERASE / RNA methylation / AdoMet-dependent methyltransferase / ribosome P-site
機能・相同性
機能・相同性情報


16S rRNA (cytidine1402-2'-O)-methyltransferase / rRNA (cytosine-2'-O-)-methyltransferase activity / rRNA processing / protein homodimerization activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / RsmI C-terminal HTH domain / SAM-dependent methyltransferase RsmI, conserved site / RsmI AdoMet-dependent methyltransferase protein family signature. / rRNA small subunit methyltransferase I / Tetrapyrrole methylase, N-terminal domain / Tetrapyrrole methylase, C-terminal domain / Methyltransferase, Cobalt-precorrin-4 Transmethylase; Domain 2 / Tetrapyrrole methylase, subdomain 2 / Cobalt-precorrin-4 Transmethylase; domain 1 ...: / RsmI C-terminal HTH domain / SAM-dependent methyltransferase RsmI, conserved site / RsmI AdoMet-dependent methyltransferase protein family signature. / rRNA small subunit methyltransferase I / Tetrapyrrole methylase, N-terminal domain / Tetrapyrrole methylase, C-terminal domain / Methyltransferase, Cobalt-precorrin-4 Transmethylase; Domain 2 / Tetrapyrrole methylase, subdomain 2 / Cobalt-precorrin-4 Transmethylase; domain 1 / Tetrapyrrole methylase / Tetrapyrrole (Corrin/Porphyrin) Methylases / Tetrapyrrole methylase, subdomain 1 / Tetrapyrrole methylase superfamily / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
S-ADENOSYLMETHIONINE / Ribosomal RNA small subunit methyltransferase I
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.211 Å
データ登録者Zhao, M. / Zhang, H. / Dong, Y. / Gong, Y.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2016
タイトル: Structural Insights into the Methylation of C1402 in 16S rRNA by Methyltransferase RsmI
著者: Zhao, M. / Zhang, H. / Liu, G. / Wang, L. / Wang, J. / Gao, Z. / Dong, Y. / Zhang, L. / Gong, Y.
履歴
登録2016年1月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年10月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月16日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_related_exp_data_set / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribosomal RNA small subunit methyltransferase I
B: Ribosomal RNA small subunit methyltransferase I
C: Ribosomal RNA small subunit methyltransferase I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,9376
ポリマ－81,7423
非ポリマー1,1953
水5,603311
1
A: Ribosomal RNA small subunit methyltransferase I
B: Ribosomal RNA small subunit methyltransferase I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,2914
ポリマ－54,4942
非ポリマー7972
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4290 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area19240 Å2
手法PISA
2
C: Ribosomal RNA small subunit methyltransferase I
ヘテロ分子

C: Ribosomal RNA small subunit methyltransferase I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,2914
ポリマ－54,4942
非ポリマー7972
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
Buried area4180 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area18660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)120.923, 155.270, 54.604
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.89, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Ribosomal RNA small subunit methyltransferase I / 16S rRNA 2'-O-ribose C1402 methyltransferase / rRNA (cytidine-2'-O-)-methyltransferase RsmI


分子量: 27247.191 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 12-258 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: rsmI, yraL, b3146, JW3115 / プラスミド: pET-28a(+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P67087, 16S rRNA (cytidine1402-2'-O)-methyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE


分子量: 398.437 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: C15H22N6O5S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 311 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.09 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.2 M DL-Malic acid, 20% PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年1月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 46162 / % possible obs: 93.1 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 45.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 31.5
反射 シェル解像度: 2.2→2.24 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.535 / % possible all: 97.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3KWP

3kwp


解像度: 2.211→34.943 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.26
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2295 2329 5.05 %Random selection
Rwork0.2026 ---
obs0.204 46142 92.1 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 53 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.211→34.943 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5190 0 81 311 5582
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0085367
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1077291
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.9282000
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.047858
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005934
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2108-2.25590.27381310.2692228X-RAY DIFFRACTION80
2.2559-2.3050.30171420.2432718X-RAY DIFFRACTION98
2.305-2.35860.25021470.2392745X-RAY DIFFRACTION98
2.3586-2.41760.29941380.24032721X-RAY DIFFRACTION98
2.4176-2.48290.25161530.23132749X-RAY DIFFRACTION98
2.4829-2.55590.28541370.22022718X-RAY DIFFRACTION98
2.5559-2.63840.26971380.23122736X-RAY DIFFRACTION98
2.6384-2.73270.25971550.22732780X-RAY DIFFRACTION98
2.7327-2.8420.22521240.22022703X-RAY DIFFRACTION98
2.842-2.97130.231590.21852704X-RAY DIFFRACTION97
2.9713-3.12790.26271460.20592655X-RAY DIFFRACTION95
3.1279-3.32370.25581470.20752629X-RAY DIFFRACTION94
3.3237-3.58010.21111240.18852620X-RAY DIFFRACTION92
3.5801-3.93990.22231300.18122458X-RAY DIFFRACTION87
3.9399-4.5090.18821170.17752238X-RAY DIFFRACTION80
4.509-5.6770.19691370.18912276X-RAY DIFFRACTION82
5.677-500.22981040.19942135X-RAY DIFFRACTION75

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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