PDB-5hvx: Full length Wild-Type Open-form Sodium Channel NavMs

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5hvx

タイトル

Full length Wild-Type Open-form Sodium Channel NavMs

要素

Ion transport protein

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / Integral Membrane Full length Voltage gated sodium channel Transport

機能・相同性

機能・相同性情報

voltage-gated sodium channel complex / voltage-gated sodium channel activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Magnetococcus marinus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.45 Å

データ登録者

Sula, A. / Booker, J.E. / Naylor, C.E. / Wallace, B.A.

資金援助

英国, 2件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: The complete structure of an activated open sodium channel.
著者: Sula, A. / Booker, J. / Ng, L.C. / Naylor, C.E. / DeCaen, P.G. / Wallace, B.A.

履歴

登録	2016年1月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年3月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年8月30日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5hvx.cif.gz	122 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5hvx.ent.gz	94.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5hvx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5hvx_validation.pdf.gz	793.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5hvx_full_validation.pdf.gz	798.9 KB	表示
XML形式データ	5hvx_validation.xml.gz	12.9 KB	表示
CIF形式データ	5hvx_validation.cif.gz	17.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hv/5hvx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hv/5hvx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5hvdC 3rvyS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5hvd-1 6yz0-1 6sxf-2 6yz2-1 6sx7-1 2egg-2 6sxf-1 6sx5-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#243 - 2020年3月電位依存性ナトリウムチャネル (Voltage-gated Sodium Channels) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Ion transport protein

ヘテロ分子

32.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Ion transport protein

ヘテロ分子

A: Ion transport protein

ヘテロ分子

A: Ion transport protein

ヘテロ分子

A: Ion transport protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
131 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	109.000, 109.000, 210.590
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	97
Space group name H-M	I422

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-301- NA
2	1	A-302- NA
3	1	A-303- NA

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Ion transport protein 分子量: 31219.746 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Magnetococcus marinus (strain ATCC BAA-1437 / JCM 17883 / MC-1) (バクテリア) 株: ATCC BAA-1437 / JCM 17883 / MC-1 / 遺伝子: Mmc1_0798 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): CD41 / 参照: UniProt: A0L5S6

-
非ポリマー , 6種, 108分子

#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物	ChemComp-2CV / HEGA-10 分子量: 379.489 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₃₇NO₇ / コメント: 可溶化剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-12P / DODECAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / 3,6,9,12,15,18,21,24,27,30,33-ウンデカオキサペンタトリアコンタン-1,35-ジオ-ル分子量: 546.646 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₅₀O₁₃ / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸分子量: 195.237 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 100 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 75.01 % / 解説: bipyramids
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.05 M NaCl, 0.1 M MES buffer, pH 6.5, 37.8% v/v polyethylene glycol (PEG) 400 and 4% ethylene glycol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.987 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年12月19日 / 詳細: bi-morph mirrors
放射	モノクロメーター: Si[111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射	B_iso Wilson estimate: 69.99 Å²
反射シェル	解像度: 2.45→2.55 Å / 冗長度: 29.3 % / R_merge(I) obs: 2.57 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.10.2	精密化
XDS	Oct 15, 2015	データ削減
XDS	Oct, 15, 2015	データスケーリング
PHASER	2.5.7	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3rvy

3rvy

解像度: 2.45→27.67 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.9214 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.9097 / SU R Cruickshank DPI: 0.192 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.196 / SU R_free Blow DPI: 0.173 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.172

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2332	1232	5.19 %	RANDOM
R_work	0.2073	-	-	-
obs	0.2087	23759	99.99 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 99.53 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-9.9488 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-9.9488 Å²	0 Å²
3-	-	-	19.8976 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.316 Å

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.45→27.67 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1980	0	85	100	2165

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.01	2100	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1	2839	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		737	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		33	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		299	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		2100	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd		0	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	2.61
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	16.78
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		284	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance		3	HARMONIC	1
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		2432	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 2.45→2.56 Å / Total num. of bins used: 12

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2237	140	4.89 %
R_work	0.2075	2721	-
all	0.2082	2861	-
obs	-	-	99.97 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.4962	-1.9077	1.3009	3.1144	2.2502	11.4538	-0.246	-0.2748	0.9456	0.0236	-0.02	0.0319	-1.8725	-1.1531	0.266	-0.1055	0.5007	0.0303	-0.4151	-0.1552	-0.3821	248.885	-26.0447	239.367
2	0.9354	-0.0684	-0.3292	0.8729	-0.0635	3.1124	-0.0252	-0.2593	0.0941	0.2074	0.0045	-0.0308	-0.4635	0.2549	0.0207	-0.5853	-0.0489	-0.0236	-0.5962	-0.0308	-0.5068	278.969	-43.2508	233.937
3	2.2809	-6.7161	0.6978	0.2142	-1.9395	2.1825	0.1443	-0.4675	-0.3661	0.6258	-0.0331	-0.3575	-0.1815	-0.0551	-0.1112	0.7606	-0.0947	-0.0505	0.4592	-0.1042	0.462	272.579	-46.0907	276.946

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|-1 - A\|108 }
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ A\|109 - A\|234 }
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{ A\|235 - A\|261 }

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

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