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- PDB-5hvd: Full length Open-form Sodium Channel NavMs I218C -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5hvd
タイトルFull length Open-form Sodium Channel NavMs I218C
要素Ion transport protein
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Integral Membrane Voltage gated sodium channel
機能・相同性
機能・相同性情報


monoatomic cation channel activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Voltage-gated potassium channels. Chain C / Voltage-gated cation channel calcium and sodium / Helix Hairpins - #70 / Voltage-dependent channel domain superfamily / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Ion transport domain / Ion transport protein / Helix Hairpins / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Ion transport protein
類似検索 - 構成要素
生物種Magnetococcus marinus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Sula, A. / Booker, J.E. / Naylor, C.E. / Wallace, B.A.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/L02625/21 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/L006790 英国
引用
ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: The complete structure of an activated open sodium channel.
著者: Sula, A. / Booker, J. / Ng, L.C. / Naylor, C.E. / DeCaen, P.G. / Wallace, B.A.
#1: ジャーナル: Nat Commun / 年: 2013
タイトル: Role of the C-terminal domain in the structure and function of tetrameric sodium channels.
著者: Bagneris, C.
履歴
登録2016年1月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年3月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月30日Group: Author supporting evidence / Data collection
カテゴリ: diffrn_radiation_wavelength / pdbx_audit_support
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ion transport protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,4007
ポリマ－31,2101
非ポリマー1,1906
水2,000111
1
A: Ion transport protein
ヘテロ分子

A: Ion transport protein
ヘテロ分子

A: Ion transport protein
ヘテロ分子

A: Ion transport protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)129,60028
ポリマ－124,8394
非ポリマー4,76124
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_655-y+1,x,z1
crystal symmetry operation4_565y,-x+1,z1
Buried area21990 Å2
ΔGint-197 kcal/mol
Surface area49610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)109.580, 109.580, 209.710
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number97
Space group name H-MI422
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-301-

NA

21A-302-

NA

31A-303-

NA

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Ion transport protein


分子量: 31209.730 Da / 分子数: 1 / 変異: I218C / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: I218C mutation
由来: (組換発現) Magnetococcus marinus (strain ATCC BAA-1437 / JCM 17883 / MC-1) (バクテリア)
株: ATCC BAA-1437 / JCM 17883 / MC-1 / 遺伝子: Mmc1_0798 / プラスミド: pet15a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): CD41 / 参照: UniProt: A0L5S6

-
非ポリマー , 5種, 117分子

#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-2CV / HEGA-10


分子量: 379.489 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H37NO7 / コメント: 可溶化剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-12P / DODECAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / 3,6,9,12,15,18,21,24,27,30,33-ウンデカオキサペンタトリアコンタン-1,35-ジオ-ル


分子量: 546.646 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H50O13 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 111 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 75 % / 解説: bipyramids
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.05 M NaCl, 0.1 M MES buffer, pH 6.5, 37.8% v/v polyethylene glycol (PEG) 400 and 4% ethylene glycol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.97718 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年11月8日 / 詳細: bi-morph mirrors
放射モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97718 Å / 相対比: 1
反射Biso Wilson estimate: 68.83 Å2
反射 シェル解像度: 2.6→2.72 Å / 冗長度: 45.5 % / Rmerge(I) obs: 3.6 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.2精密化
XDSOct 15, 2015データ削減
XDSOct 15, 2015データスケーリング
PHASER2.5.7位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3rvy

3rvy


解像度: 2.6→26.92 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9239 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9131 / SU R Cruickshank DPI: 0.217 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.225 / SU Rfree Blow DPI: 0.184 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.182
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2139 1047 5.23 %RANDOM
Rwork0.1925 ---
obs0.1936 20032 99.91 %-
原子変位パラメータBiso mean: 93.41 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--10.4891 Å20 Å20 Å2
2---10.4891 Å20 Å2
3---20.9781 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.331 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.6→26.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1976 0 69 111 2156
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.012081HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.052814HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d728SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes33HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes299HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2081HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.53
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.4
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion282SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance3HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2399SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.74 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2421 145 5.12 %
Rwork0.2109 2688 -
all0.2124 2833 -
obs--99.37 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.9539-2.3381-0.02943.961.768.0853-0.0474-0.13880.80050.23430.01920.0673-1.3389-0.80950.0282-0.01210.49880.0848-0.2249-0.1475-0.3146248.885-26.0447239.367
20.8156-0.2526-0.00320.87580.18983.1633-0.0125-0.2670.07220.2262-0.00280.0062-0.47340.1550.0154-0.444-0.0667-0.0127-0.5002-0.0382-0.476278.969-43.2508233.937
33.3199-3.8018-1.42640.5872-0.60333.07910.0764-0.3376-0.1630.33290.0448-0.1504-0.1283-0.1218-0.12120.5214-0.0090.01030.29440.01490.1424272.579-46.0907276.946
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|-1 - A|108 }
2X-RAY DIFFRACTION2{ A|109 - A|234 }
3X-RAY DIFFRACTION3{ A|235 - A|261 }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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