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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5hv1
タイトルRifampin phosphotransferase in complex with AMPPNP and rifampin from Listeria monocytogenes
要素Phosphoenolpyruvate synthase
キーワードTRANSFERASE / Antibiotic resistance / Rifampin / Phosphotransferase
機能・相同性PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / RIFAMPICIN / :
機能・相同性情報
生物種Listeria monocytogenes (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3.103 Å
データ登録者Zhang, P. / Qi, X.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2016
タイトル: Structural basis of rifampin inactivation by rifampin phosphotransferase
著者: Qi, X. / Lin, W. / Ma, M. / Wang, C. / He, Y. / He, N. / Gao, J. / Zhou, H. / Xiao, Y. / Wang, Y. / Zhang, P.
履歴
登録2016年1月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年3月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年4月6日Group: Database references
改定 1.22016年6月22日Group: Database references
改定 1.32017年9月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / diffrn_detector / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_detector.detector / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42017年10月4日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.detector
改定 1.52024年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphoenolpyruvate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,1674
ポリマ－98,8141
非ポリマー1,3533
水543
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1140 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area38390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)151.090, 151.090, 191.648
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

#1: タンパク質 Phosphoenolpyruvate synthase / rifampin phosphotransferase


分子量: 98813.680 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-867 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Listeria monocytogenes (バクテリア)
遺伝子: ATE46_07415 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0S2YLC8
#2: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 化合物 ChemComp-RFP / RIFAMPICIN


分子量: 822.940 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C43H58N4O12 / コメント: 抗生剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.51 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 9.2 / 詳細: 18%(w/v) PEG3350, 100 mM Bicine

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データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: MAR555 FLAT PANEL / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2015年3月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→30.019 Å / Num. obs: 23960 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 26.6 % / Net I/σ(I): 28.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
精密化解像度: 3.103→30.019 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.28 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2863 1835 8.72 %
Rwork0.2497 --
obs0.253 21038 95.01 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.103→30.019 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6663 0 91 3 6757
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0186878
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d2.1299320
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.9292585
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.3421065
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071188
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.1026-3.14330.3713810.3812850X-RAY DIFFRACTION54
3.1433-3.18640.3633930.3354985X-RAY DIFFRACTION64
3.1864-3.23180.45991080.34651125X-RAY DIFFRACTION73
3.2318-3.280.34461300.3281391X-RAY DIFFRACTION88
3.28-3.33120.4361400.32451491X-RAY DIFFRACTION97
3.3312-3.38570.35471430.30251544X-RAY DIFFRACTION99
3.3857-3.4440.31311510.29151559X-RAY DIFFRACTION100
3.444-3.50660.36631460.30561545X-RAY DIFFRACTION100
3.5066-3.57390.31361480.28181545X-RAY DIFFRACTION100
3.5739-3.64670.32861490.27241575X-RAY DIFFRACTION100
3.6467-3.72590.31091420.27771537X-RAY DIFFRACTION100
3.7259-3.81240.27261470.27521550X-RAY DIFFRACTION100
3.8124-3.90750.28311450.25181543X-RAY DIFFRACTION100
3.9075-4.0130.31321470.24471566X-RAY DIFFRACTION100
4.013-4.13080.26411490.24281536X-RAY DIFFRACTION100
4.1308-4.26370.2861520.23261564X-RAY DIFFRACTION100
4.2637-4.41570.25581550.21481531X-RAY DIFFRACTION100
4.4157-4.59190.20621490.21161569X-RAY DIFFRACTION100
4.5919-4.80.22141470.21221536X-RAY DIFFRACTION100
4.8-5.0520.2671490.22791567X-RAY DIFFRACTION100
5.052-5.36680.27091540.24321532X-RAY DIFFRACTION100
5.3668-5.77850.29811470.24531567X-RAY DIFFRACTION100
5.7785-6.3550.26921450.26691557X-RAY DIFFRACTION100
6.355-7.26320.29531470.23581552X-RAY DIFFRACTION100
7.2632-9.10830.27411550.22851549X-RAY DIFFRACTION100
9.1083-30.01990.23551500.19081541X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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