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- PDB-5huq: A tethered niacin-derived pincer complex with a nickel-carbon bon... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5huq
タイトルA tethered niacin-derived pincer complex with a nickel-carbon bond in lactate racemase
要素Lactate racemization operon protein LarA
キーワードISOMERASE / racemase / nickel / cofactor
機能・相同性
機能・相同性情報


lactate racemase / lactate racemase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
LarA, C-terminal domain / LarA, N-terminal domain / : / : / Lactate racemase C-terminal domain / LarA-like, N-terminal / LarA-like, C-terminal domain / : / Lactate racemase N-terminal domain / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 ...LarA, C-terminal domain / LarA, N-terminal domain / : / : / Lactate racemase C-terminal domain / LarA-like, N-terminal / LarA-like, C-terminal domain / : / Lactate racemase N-terminal domain / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-4EY / NICKEL (II) ION / Lactate racemization operon protein LarA / Lactate racemase
類似検索 - 構成要素
生物種Lactobacillus plantarum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3 Å
データ登録者Desguin, B. / Zhang, T. / Soumillion, P. / Hols, P. / Hu, J. / Hausinger, R.P.
引用ジャーナル: Science / 年: 2015
タイトル: METALLOPROTEINS. A tethered niacin-derived pincer complex with a nickel-carbon bond in lactate racemase.
著者: Desguin, B. / Zhang, T. / Soumillion, P. / Hols, P. / Hu, J. / Hausinger, R.P.
履歴
登録2016年1月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2016年2月10日ID: 4YNS
改定 1.02016年2月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02024年5月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_oper_list / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.name ..._chem_comp.formula / _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lactate racemization operon protein LarA
B: Lactate racemization operon protein LarA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,71228
ポリマ－94,6512
非ポリマー3,06126
水00
1
A: Lactate racemization operon protein LarA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,77913
ポリマ－47,3261
非ポリマー1,45312
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Lactate racemization operon protein LarA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,93315
ポリマ－47,3261
非ポリマー1,60814
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4790 Å2
ΔGint-262 kcal/mol
Surface area33880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)111.277, 111.277, 306.181
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: GLN / End label comp-ID: GLN / Refine code: _ / Auth seq-ID: 1 - 431 / Label seq-ID: 1 - 431

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

#1: タンパク質 Lactate racemization operon protein LarA / Transcriptional regulator / Uncharacterized protein


分子量: 47325.516 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lactobacillus plantarum (バクテリア)
遺伝子: AB662_09960, ADS73_14595, AKJ11_11795, AN634_09100, AOZ08_01600, IV39_GL000121, JM48_0086, Nizo2877_0389, WU67_00115
発現宿主: Lactococcus lactis (乳酸菌) / 参照: UniProt: A0A0G9FER8, UniProt: F9USS9*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-4EY / 3-methanethioyl-1-(5-O-phosphono-beta-D-ribofuranosyl)-5-(sulfanylcarbonyl)pyridin-1-ium / Dithiodinicotinic acid mononucleotide


分子量: 396.353 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H15NO8PS2
#3: 化合物...
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.43 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1 M bis-Tris buffer, pH 6.5, with 2 M (NH3)2SO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.0782 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年12月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0782 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→30 Å / Num. obs: 39494 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.7 % / Rmerge(I) obs: 0.158 / Rpim(I) all: 0.052 / Rrim(I) all: 0.166 / Χ2: 1.064 / Net I/av σ(I): 15.286 / Net I/σ(I): 6.8 / Num. measured all: 421939
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Num. unique allCC1/2Rpim(I) allΧ2% possible allRmerge(I) obsRrim(I) all
3-3.0510.619030.8560.320.93100
3.05-3.1110.519500.8890.260.9441000.8230.866
3.11-3.1710.419270.9230.2310.9891000.7230.761
3.17-3.2310.519400.980.1950.9831000.6140.647
3.23-3.310.419300.9540.1561.0511000.490.516
3.3-3.3810.419590.9690.1381.0551000.4340.457
3.38-3.4610.219370.9630.1311.1091000.4080.43
3.46-3.5610.319310.9760.1091.1051000.3440.363
3.56-3.6610.219590.9820.0871.1051000.2710.286
3.66-3.7810.219410.990.0691.0911000.2170.228
3.78-3.9110.219620.9880.0671.091000.2060.218
3.91-4.0710.219500.9940.051.071000.1560.164
4.07-4.2510.219680.9950.0431.0799.90.1350.142
4.25-4.4810.319730.9960.0391.1321000.1260.132
4.48-4.7610.519720.9960.0361.1731000.1160.122
4.76-5.1210.719930.9970.0321.081000.1040.109
5.12-5.6411.120080.9970.0331.0351000.1060.111
5.64-6.4411.720130.9970.031.0881000.0990.103
6.44-8.0912.320690.9980.0211.0851000.070.073
8.09-3012.622090.9990.0151.0871000.0510.053

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.8.0049精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
精密化解像度: 3→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU B: 14.781 / SU ML: 0.246 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.497 / ESU R Free: 0.305 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2342 1953 5 %RANDOM
Rwork0.2007 ---
obs0.2024 37428 99.73 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 164.82 Å2 / Biso mean: 67.775 Å2 / Biso min: 37.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.81 Å20 Å2-0 Å2
2--4.81 Å20 Å2
3----9.63 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6616 0 164 0 6780
Biso mean--98.46 --
残基数----865
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0196892
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.026482
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8861.9759363
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.22314939
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.3055863
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg42.18124.815297
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg22.484151145
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.991532
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1020.21080
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0217727
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.021481
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.426.4673458
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.4216.4663457
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.6599.6974319
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 24402 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.16 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 3.001→3.079 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.337 125 -
Rwork0.357 2720 -
all-2845 -
obs--99.89 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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