PDB-5hum: The crystal structure of neuraminidase from A/Sichuan/26221/2014 ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5hum

タイトル

The crystal structure of neuraminidase from A/Sichuan/26221/2014 influenza virus

要素

neuraminidase

キーワード

VIRAL PROTEIN / neuraminidase / influenza virus / H5Nx

機能・相同性

機能・相同性情報

exo-alpha-(2->3)-sialidase activity / exo-alpha-(2->6)-sialidase activity / exo-alpha-(2->8)-sialidase activity / exo-alpha-sialidase / viral budding from plasma membrane / membrane => GO:0016020 / carbohydrate metabolic process / host cell plasma membrane / virion membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Yang, H. / Carney, P.J. / Guo, Z. / Chang, J.C. / Stevens, J.

引用

ジャーナル: J.Virol. / 年: 2016
タイトル: Molecular Characterizations of Surface Proteins Hemagglutinin and Neuraminidase from Recent H5Nx Avian Influenza Viruses.
著者: Yang, H. / Carney, P.J. / Mishin, V.P. / Guo, Z. / Chang, J.C. / Wentworth, D.E. / Gubareva, L.V. / Stevens, J.

履歴

登録	2016年1月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年4月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年4月20日	Group: Database references
改定 1.2	2016年6月8日	Group: Database references
改定 1.3	2020年7月29日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / citation ...chem_comp / citation / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _citation.journal_id_CSD / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5hum.cif.gz	343.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5hum.ent.gz	281.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5hum.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5hum_validation.pdf.gz	469.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5hum_full_validation.pdf.gz	478.1 KB	表示
XML形式データ	5hum_validation.xml.gz	72.8 KB	表示
CIF形式データ	5hum_validation.cif.gz	111.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hu/5hum ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hu/5hum	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5hu8C 5hufC 5hugC 5hukC 5hunC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6hfy-d 4qn6-2 3k3a-4 2hu0-1 4wa4-1 4qn6-1 3w09-1 4dgr-1 1f8d-1 3ti3-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#113 - 2009年5月インフルエンザノイラミニダーゼ (Influenza Neuraminidase) 類似性 (5) #231 - 2019年3月麻疹ウイルスタンパク質 (Measles Virus Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: neuraminidase

B: neuraminidase

C: neuraminidase

D: neuraminidase

ヘテロ分子

175 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	117.335, 76.277, 117.211
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.02, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質

neuraminidase

分子量: 43213.777 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Influenza A virus (A/chicken/Sichuan/NCJPL1/2014(H5N6)) (A型インフルエンザウイルス)
株: A/chicken/Sichuan/NCJPL1/2014(H5N6) / 発現宿主:

Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: A0A0B4N5Z5*PLUS

#2: 化合物

ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン

分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca

#3: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 1706 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.03 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.47 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法詳細: 0.2M Sodium Acetate, 0.1M Tris:HCL pH 8.5, 16% (w/v) PEG 4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年7月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 272309 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.7 % / Net I/σ(I): 22

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

解像度: 1.6→34.803 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 25.47 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.22	13841	5.09 %
R_work	0.1977	-	-
obs	0.1988	271704	99.73 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→34.803 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12048	0	116	1706	13870

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.018	12504
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.681	16924
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.435	4552
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.092	1824
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.01	2192

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6-1.6182	0.2708	449	0.238	8389	X-RAY DIFFRACTION	97
1.6182-1.6372	0.2593	487	0.2136	8507	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6372-1.6572	0.2286	480	0.1923	8684	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6572-1.6782	0.2294	474	0.1929	8499	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6782-1.7002	0.2359	428	0.1936	8578	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7002-1.7235	0.2428	456	0.1949	8628	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7235-1.7482	0.2173	442	0.1922	8643	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7482-1.7743	0.2141	453	0.1897	8605	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7743-1.802	0.2369	469	0.1919	8461	X-RAY DIFFRACTION	100
1.802-1.8315	0.2209	515	0.1832	8585	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8315-1.8631	0.2143	456	0.1826	8631	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8631-1.897	0.2207	452	0.1825	8524	X-RAY DIFFRACTION	100
1.897-1.9335	0.2092	465	0.1764	8537	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9335-1.9729	0.2191	448	0.1789	8640	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9729-2.0158	0.1959	409	0.1851	8630	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0158-2.0627	0.2316	441	0.1918	8678	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0627-2.1143	0.2164	487	0.1985	8535	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1143-2.1714	0.2378	454	0.2105	8597	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1714-2.2353	0.2246	475	0.206	8615	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2353-2.3075	0.216	521	0.1925	8546	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3075-2.3899	0.2041	445	0.1928	8596	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3899-2.4856	0.2354	441	0.1952	8663	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4856-2.5987	0.2239	448	0.1935	8688	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5987-2.7356	0.2227	392	0.1971	8680	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7356-2.9069	0.2091	466	0.2099	8594	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9069-3.1312	0.2351	488	0.2058	8627	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1312-3.4461	0.2205	478	0.2087	8687	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4461-3.9442	0.2069	485	0.1993	8640	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9442-4.9669	0.1886	484	0.175	8701	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9669-34.8113	0.2476	453	0.2298	8475	X-RAY DIFFRACTION	95

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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