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- PDB-5hua: Structure of C. glabrata FKBP12-FK506 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5hua
タイトルStructure of C. glabrata FKBP12-FK506 complex
要素FK506-binding protein 1
キーワードISOMERASE / FKBP12 / fungal pathogen / FK506 / self catalysis
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of homoserine biosynthetic process / macrolide binding / peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / protein folding / chromatin organization / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Chitinase A; domain 3 - #40 / Chitinase A; domain 3 / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
8-DEETHYL-8-[BUT-3-ENYL]-ASCOMYCIN / FK506-binding protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Candida glabrata (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Schumacher, M.A.
引用ジャーナル: Mbio / 年: 2016
タイトル: Structures of Pathogenic Fungal FKBP12s Reveal Possible Self-Catalysis Function.
著者: Tonthat, N.K. / Juvvadi, P.R. / Zhang, H. / Lee, S.C. / Venters, R. / Spicer, L. / Steinbach, W.J. / Heitman, J. / Schumacher, M.A.
履歴
登録2016年1月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年9月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月6日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FK506-binding protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,0452
ポリマ－12,2411
非ポリマー8041
水4,432246
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.823, 77.823, 53.605
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number173
Space group name H-MP63
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-527-

HOH

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要素

#1: タンパク質 FK506-binding protein 1 / FKBP / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / PPIase / Rapamycin-binding protein


分子量: 12240.924 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Candida glabrata (strain ATCC 2001 / CBS 138 / JCM 3761 / NBRC 0622 / NRRL Y-65) (菌類)
株: ATCC 2001 / CBS 138 / JCM 3761 / NBRC 0622 / NRRL Y-65 / 遺伝子: FPR1, CAGL0K09724g / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6FMA3, peptidylprolyl isomerase
#2: 化合物 ChemComp-FK5 / 8-DEETHYL-8-[BUT-3-ENYL]-ASCOMYCIN / K506 / タクロリムス


分子量: 804.018 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C44H69NO12 / コメント: 薬剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 246 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.87 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 3000, 0.1 M NaCl

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年5月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.3→46 Å / Num. obs: 16318 / % possible obs: 87 % / 冗長度: 3 % / Net I/σ(I): 5.6

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.6.4_486精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.3→18.692 Å / FOM work R set: 0.9265 / SU ML: 0.12 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 13.59 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.164 1526 3.46 %
Rwork0.1534 42613 -
obs0.1538 16318 97.02 %
溶媒の処理減衰半径: 0.53 Å / VDWプローブ半径: 0.7 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 59.616 Å2 / ksol: 0.496 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 79.5 Å2 / Biso mean: 21.93 Å2 / Biso min: 9.39 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.9047 Å2-0 Å2-0 Å2
2--1.9047 Å20 Å2
3----3.8094 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.3→18.692 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数850 0 57 246 1153
Biso mean--14.97 37.49 -
残基数----113
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.025930
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d2.2481267
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.125142
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.013164
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.619370
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.3-1.34650.1861440.20554196434095
1.3465-1.40040.20391520.1834244439698
1.4004-1.46410.19341570.16464308446599
1.4641-1.54120.1581560.14464354451099
1.5412-1.63770.16781580.136443524510100
1.6377-1.76410.14281570.137743754532100
1.7641-1.94150.14511580.137443784536100
1.9415-2.2220.15181610.142144034564100
2.222-2.7980.17151570.144944004557100
2.798-18.69440.16781260.17233603372980
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.02030.03730.01670.03670.01040.0413-0.08830.00990.00640.02470.0931-0.0488-0.22670.4131-0.00830.104-0.0861-0.00240.2416-0.01580.117-13.318631.71537.6631
20.12230.05150.19640.07620.04670.2777-0.1502-0.02210.21070.07810.06120.0275-0.30520.2083-00.2408-0.12260.01220.208-0.01020.1828-20.213943.41620.4781
30.3860.28950.18660.3022-0.3390.723-0.00950.03120.0208-0.03140.0390.0078-0.03170.11760.00230.0899-0.04460.00790.1423-0.01250.1127-24.31930.9856-2.3713
40.38970.08060.07790.19650.10910.77150.03540.0291-0.0401-0.00640.0031-0.03660.01440.19890.0060.0969-0.0407-0.00740.1368-0.00570.1156-22.596325.88121.4386
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 2:12)A2 - 12
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 13:28)A13 - 28
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 29:77)A29 - 77
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 78:114)A78 - 114

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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