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- PDB-5hsq: The surface engineered photosensory module (PAS-GAF-PHY) of the b... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5hsq
タイトルThe surface engineered photosensory module (PAS-GAF-PHY) of the bacterial phytochrome Agp1 (AtBphP1) in the Pr form, chromophore modelled with an endocyclic double bond in pyrrole ring A.
要素Bacteriophytochrome protein
キーワードSIGNALING PROTEIN / surface mutations / bilin chromophore / photoisomerization
機能・相同性
機能・相同性情報


red or far-red light photoreceptor activity / red, far-red light phototransduction / osmosensory signaling via phosphorelay pathway / protein histidine kinase activity / detection of visible light / phosphorelay response regulator activity / histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / protein kinase activator activity / regulation of DNA-templated transcription / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
PHY domain / : / Phytochrome / Phytochrome, PHY domain superfamily / PAS fold-2 / PAS fold / Phytochrome, central region / Phytochrome region / GAF domain / Phytochrome chromophore attachment domain ...PHY domain / : / Phytochrome / Phytochrome, PHY domain superfamily / PAS fold-2 / PAS fold / Phytochrome, central region / Phytochrome region / GAF domain / Phytochrome chromophore attachment domain / Phytochrome chromophore attachment site domain profile. / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / PAS domain / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / GAF domain / Domain present in phytochromes and cGMP-specific phosphodiesterases. / GAF domain / GAF-like domain superfamily / Beta-Lactamase / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / PAS domain superfamily / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BILIVERDINE IX ALPHA / IMIDAZOLE / histidine kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Agrobacterium fabrum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Nagano, S. / Scheerer, P. / Zubow, K. / Lamparter, T. / Krauss, N.
資金援助 英国, ドイツ, 3件
組織認可番号国
Queen Mary University of LondonPostgraduate Research Studentship 英国
German Research FoundationSFB498-B2 ドイツ
German Research FoundationSFB1078-B6 ドイツ
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2016
タイトル: The Crystal Structures of the N-terminal Photosensory Core Module of Agrobacterium Phytochrome Agp1 as Parallel and Anti-parallel Dimers.
著者: Nagano, S. / Scheerer, P. / Zubow, K. / Michael, N. / Inomata, K. / Lamparter, T. / Krau, N.
履歴
登録2016年1月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年8月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年8月10日Group: Database references
改定 1.22016年10月5日Group: Database references
改定 1.32017年9月6日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
改定 1.52024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bacteriophytochrome protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,5215
ポリマ－54,7371
非ポリマー7844
水6,287349
1
A: Bacteriophytochrome protein
ヘテロ分子

A: Bacteriophytochrome protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,04210
ポリマ－109,4742
非ポリマー1,5688
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_645y+1,x-1,-z1
Buried area4980 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area40980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.348, 69.348, 236.839
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-905-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Bacteriophytochrome protein


分子量: 54736.945 Da / 分子数: 1 / 変異: E86A, E87A, E336A, K337A / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The residue numbering in the PDB entry differs from the one shown in this sequence alignment. The first residue in the PDB entry is 'Leu17' in accordance with the sequence for the entry ...詳細: The residue numbering in the PDB entry differs from the one shown in this sequence alignment. The first residue in the PDB entry is 'Leu17' in accordance with the sequence for the entry AAT99575 (NCBI). The respective numbering was used in a number of publications on this protein, and we did not change it in this entry for the sake of consistency with published work and because the true N-terminus has not yet been identified at the protein level.
由来: (組換発現) Agrobacterium fabrum (バクテリア)
株: C58 / ATCC 33970 / 遺伝子: Atu1990 / プラスミド: pET21b(+)
詳細 (発現宿主): The coding sequence of the protein of interest was subcloned using NdeI and XhoI sites of the plasmid.
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7CY45

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非ポリマー , 5種, 353分子

#2: 化合物 ChemComp-BLA / BILIVERDINE IX ALPHA / 19,24-ジヒドロ-1-ヒドロキシ-3,7,13,18-テトラメチル-2,17-ジビニル-19-オキソ-22H-ビリ(以下略)


分子量: 582.646 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H34N4O6
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 349 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.6 % / 解説: Bipyramidal
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.03 M diethyleneglycol, 0.03 M triethyleneglycol, 0.03 M tetraethyleneglycol, 0.03 M pentaethyleneglycol, 20% glycerol, 10% PEG8000, 0.05 M MES, 0.05 M imidazole pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 1.0718 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年9月8日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0718 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→34.67 Å / Num. all: 49518 / Num. obs: 49518 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 28.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 18.2
反射 シェル解像度: 1.85→1.95 Å / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.56 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2)9C, 2VEA (PHY domain)

2vea


解像度: 1.85→34.31 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / SU B: 6.454 / SU ML: 0.098 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.13 / ESU R Free: 0.127 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22371 2528 5.1 %RANDOM
Rwork0.18269 ---
obs0.18474 46971 97.96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 37.842 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.93 Å20 Å20 Å2
2---0.93 Å20 Å2
3---1.86 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.85→34.31 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3715 0 55 349 4119
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0193988
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.023817
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0481.9695443
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.153.0028784
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3155525
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.88923.567171
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.13115656
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.7851530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1220.2601
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0214591
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02911
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4011.8181995
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.3981.8171994
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.2312.7182504
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.232.7192505
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.8671993
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.8671994
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.823.6542923
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.4054756
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.3554623
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded18.969512
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.898 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.298 190 -
Rwork0.275 3447 -
obs--99.7 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.9753-0.34030.65191.10010.04181.5019-0.17490.1310.12010.2132-0.00380.0819-0.20580.12910.17870.2207-0.0435-0.00390.21020.07380.049114.285-24.5149.057
21.1993-0.7478-0.41970.47730.34921.00320.09510.05390.0219-0.0821-0.0183-0.0144-0.08240.1069-0.07670.1982-0.0302-0.01640.25460.01960.05822.779-32.382-28.734
32.9612-0.2022-0.12930.0747-0.12720.3159-0.053-0.05041.07180.08450.0134-0.1106-0.1587-0.00630.03960.1604-0.0337-0.09520.06530.01010.4254000
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A17 - 311
2X-RAY DIFFRACTION2A312 - 504
3X-RAY DIFFRACTION3A - C601

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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