PDB-5hsi: Crystal structure of tyrosine decarboxylase at 1.73 Angstroms res...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5hsi

タイトル

Crystal structure of tyrosine decarboxylase at 1.73 Angstroms resolution

要素

Putative decarboxylase

キーワード

LYASE / L-tyrosine decarboxylase

機能・相同性

機能・相同性情報

L-dopa decarboxylase activity / tyrosine decarboxylase / tyrosine decarboxylase activity / carboxylic acid metabolic process / pyridoxal phosphate binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Lactobacillus brevis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.732 Å

データ登録者

Ni, Y. / Zhou, J. / Zhu, H. / Zhang, K.

資金援助

中国, 4件

組織	認可番号	国
National Natural Science Foundation of China grant number	21276112	中国
National Natural Science Foundation of China grant number	21506073	中国
Natural Science Foundation of Jiangsu Province	BK20150003	中国
Science and Technology Commission of Shanghai Municipality	15JC1400403	中国

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2016
タイトル: Crystal structure of tyrosine decarboxylase and identification of key residues involved in conformational swing and substrate binding
著者: Zhu, H. / Xu, G. / Zhang, K. / Kong, X. / Han, R. / Zhou, J. / Ni, Y.

履歴

登録	2016年1月25日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2016年9月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年2月19日	Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_struct_oper_list Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.2	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5hsi.cif.gz	274.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5hsi.ent.gz	218.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5hsi.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5hsi_validation.pdf.gz	445.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5hsi_full_validation.pdf.gz	455 KB	表示
XML形式データ	5hsi_validation.xml.gz	53 KB	表示
CIF形式データ	5hsi_validation.cif.gz	80.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hs/5hsi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hs/5hsi	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5hsjC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6ydu-d 5dxt-d 1fe2-1 1pxx-1 5hsj-d 3qi8-d 5g5h-d 5h40-1 4bfr-1 3qh0-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Putative decarboxylase

B: Putative decarboxylase

ヘテロ分子

143 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	61.787, 126.169, 82.728
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 109.89, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Putative decarboxylase / L-tyrosine decarboxylase / Tyrosine decarboxylase 分子量: 71661.930 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Lactobacillus brevis (バクテリア) 遺伝子: tdc, N624_0219 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: J7GQ11, tyrosine decarboxylase
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1201 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.73 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: PEG1000, magnesium chloride, cacodylate

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	SSRF	BL17U	1	1.54178
シンクロトロン	Photon Factory	BL-5A	2	0.97908, 0.96406, 0.97929

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
ADSC QUANTUM 315r	1	CCD	2013年3月30日
ADSC QUANTUM 315	2	CCD	2013年11月27日

放射

ID	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	MAD	M	x-ray	2

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1.54178	1
2	0.97908	1
3	0.96406	1
4	0.97929	1

反射

解像度: 1.73→50 Å / Num. obs: 115321 / % possible obs: 93 % / 冗長度: 4.5 % / Net I/σ(I): 20

反射シェル

解像度: 1.73→1.79 Å / 冗長度: 4.4 % / % possible all: 89.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.8.2_1309	精密化
PHENIX	v1.9	位相決定
PHENIX	V1.9	モデル構築

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.732→25.931 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.76 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1905	5778	5.01 %
R_work	0.1552	-	-
obs	0.1569	115238	93.29 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.732→25.931 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9532	0	1	1201	10734

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	9774
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.074	13238
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.578	3588
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.074	1404
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1711

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7315-1.7512	0.2614	194	0.2019	3436	X-RAY DIFFRACTION	89
1.7512-1.7718	0.2353	201	0.187	3656	X-RAY DIFFRACTION	94
1.7718-1.7934	0.2264	171	0.1761	3710	X-RAY DIFFRACTION	95
1.7934-1.8161	0.2148	193	0.171	3690	X-RAY DIFFRACTION	94
1.8161-1.84	0.1929	194	0.164	3676	X-RAY DIFFRACTION	94
1.84-1.8652	0.2307	183	0.1698	3668	X-RAY DIFFRACTION	94
1.8652-1.8918	0.2282	184	0.1748	3671	X-RAY DIFFRACTION	94
1.8918-1.92	0.2411	194	0.1746	3706	X-RAY DIFFRACTION	94
1.92-1.95	0.2124	189	0.174	3631	X-RAY DIFFRACTION	94
1.95-1.982	0.1984	201	0.162	3662	X-RAY DIFFRACTION	94
1.982-2.0161	0.1959	194	0.1649	3613	X-RAY DIFFRACTION	93
2.0161-2.0528	0.2129	213	0.162	3624	X-RAY DIFFRACTION	94
2.0528-2.0923	0.2248	179	0.1583	3623	X-RAY DIFFRACTION	93
2.0923-2.1349	0.2125	217	0.1592	3634	X-RAY DIFFRACTION	93
2.1349-2.1813	0.1981	208	0.1564	3567	X-RAY DIFFRACTION	92
2.1813-2.2321	0.2051	204	0.1572	3602	X-RAY DIFFRACTION	92
2.2321-2.2878	0.1738	194	0.1559	3617	X-RAY DIFFRACTION	92
2.2878-2.3497	0.1904	200	0.156	3531	X-RAY DIFFRACTION	91
2.3497-2.4188	0.2155	178	0.1627	3552	X-RAY DIFFRACTION	90
2.4188-2.4968	0.1861	172	0.1635	3522	X-RAY DIFFRACTION	90
2.4968-2.5859	0.209	190	0.1649	3532	X-RAY DIFFRACTION	89
2.5859-2.6894	0.1964	165	0.1618	3492	X-RAY DIFFRACTION	90
2.6894-2.8116	0.1939	179	0.1607	3558	X-RAY DIFFRACTION	90
2.8116-2.9597	0.1985	182	0.1613	3533	X-RAY DIFFRACTION	90
2.9597-3.1448	0.2058	192	0.1621	3618	X-RAY DIFFRACTION	93
3.1448-3.3871	0.1698	179	0.1556	3770	X-RAY DIFFRACTION	96
3.3871-3.7271	0.1953	207	0.1432	3839	X-RAY DIFFRACTION	98
3.7271-4.2643	0.1435	220	0.132	3842	X-RAY DIFFRACTION	98
4.2643-5.3648	0.1645	192	0.1379	3903	X-RAY DIFFRACTION	99
5.3648-25.9341	0.1814	209	0.1534	3982	X-RAY DIFFRACTION	99

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関連情報:EMDBヘッダ

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