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- PDB-5hrt: Crystal structure of mouse autotaxin in complex with a DNA aptamer -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5hrt
タイトルCrystal structure of mouse autotaxin in complex with a DNA aptamer
要素
  • Ectonucleotide pyrophosphatase/phosphodiesterase family member 2
  • modified DNA (34-MER)
キーワードHYDROLASE / phospholipase D / DNA aptamer
機能・相同性
機能・相同性情報


dinucleotide phosphatase activity / alkylglycerophosphoethanolamine phosphodiesterase / sphingolipid catabolic process / phospholipase D / phosphatidylcholine catabolic process / phospholipase D activity / positive regulation of lamellipodium morphogenesis / lysophospholipase activity / phosphodiesterase I activity / scavenger receptor activity ...dinucleotide phosphatase activity / alkylglycerophosphoethanolamine phosphodiesterase / sphingolipid catabolic process / phospholipase D / phosphatidylcholine catabolic process / phospholipase D activity / positive regulation of lamellipodium morphogenesis / lysophospholipase activity / phosphodiesterase I activity / scavenger receptor activity / alkylglycerophosphoethanolamine phosphodiesterase activity / polysaccharide binding / negative regulation of cell-matrix adhesion / positive regulation of oligodendrocyte differentiation / positive regulation of epithelial cell migration / positive regulation of focal adhesion assembly / estrous cycle / phospholipid metabolic process / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / cell chemotaxis / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / nucleic acid binding / immune response / positive regulation of cell population proliferation / calcium ion binding / extracellular space / zinc ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Factor Xa Inhibitor - #20 / Extracellular Endonuclease; Chain A / Extracellular Endonuclease, subunit A / Somatomedin B domain, chordata / Somatomedin B -like domains / Somatomedin B domain / Somatomedin B-like domain superfamily / Somatomedin B domain / Somatomedin B domain (SMB) signature. / Somatomedin B (SMB) domain profile. ...Factor Xa Inhibitor - #20 / Extracellular Endonuclease; Chain A / Extracellular Endonuclease, subunit A / Somatomedin B domain, chordata / Somatomedin B -like domains / Somatomedin B domain / Somatomedin B-like domain superfamily / Somatomedin B domain / Somatomedin B domain (SMB) signature. / Somatomedin B (SMB) domain profile. / Type I phosphodiesterase/nucleotide pyrophosphatase/phosphate transferase / Type I phosphodiesterase / nucleotide pyrophosphatase / Extracellular Endonuclease, subunit A / DNA/RNA non-specific endonuclease / DNA/RNA non-specific endonuclease / DNA/RNA non-specific endonuclease / DNA/RNA non-specific endonuclease / DNA/RNA non-specific endonuclease superfamily / Alkaline Phosphatase, subunit A / Alkaline Phosphatase, subunit A / His-Me finger superfamily / Factor Xa Inhibitor / Alkaline-phosphatase-like, core domain superfamily / Few Secondary Structures / Irregular / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / DNA / DNA (> 10) / Autotaxin
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.997 Å
データ登録者Kato, K. / Nishimasu, H. / Morita, J. / Ishitani, R. / Nureki, O.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2016
タイトル: Structural basis for specific inhibition of Autotaxin by a DNA aptamer
著者: Kato, K. / Ikeda, H. / Miyakawa, S. / Futakawa, S. / Nonaka, Y. / Fujiwara, M. / Okudaira, S. / Kano, K. / Aoki, J. / Morita, J. / Ishitani, R. / Nishimasu, H. / Nakamura, Y. / Nureki, O.
履歴
登録2016年1月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年4月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年5月25日Group: Database references
改定 1.22020年2月19日Group: Data collection / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp / diffrn_source / pdbx_struct_oper_list
Item: _chem_comp.type / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ectonucleotide pyrophosphatase/phosphodiesterase family member 2
B: modified DNA (34-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,70121
ポリマ－106,4872
非ポリマー3,21319
水8,269459
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13110 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area36200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)120.062, 208.757, 90.036
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

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タンパク質 / DNA鎖 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Ectonucleotide pyrophosphatase/phosphodiesterase family member 2 / E-NPP 2 / Autotaxin / Extracellular lysophospholipase D / LysoPLD


分子量: 95757.430 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 36-862 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Enpp2, Npps2, Pdnp2 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: Q9R1E6, alkylglycerophosphoethanolamine phosphodiesterase
#2: DNA鎖 modified DNA (34-MER)


分子量: 10729.963 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

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糖 , 2種, 2分子

#3: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1235.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-2DManpa1-3DManpa1-6[DManpa1-3]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,7,6/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1_e3-f1_f2-g1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 7種, 476分子

#5: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#7: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#8: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#9: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#10: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#11: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 459 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.56 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: PEG3350, calcium chloride, tris

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL32XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.997→45.2 Å / Num. obs: 75910 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 14.8 % / Net I/σ(I): 15.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2155: ???)精密化
XDSdata processing
MOLREP位相決定
Cootモデル構築
精密化解像度: 1.997→45.152 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.1 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2018 1979 2.61 %
Rwork0.1637 --
obs0.1647 75910 98.76 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.997→45.152 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6255 712 200 459 7626
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0187497
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.49110353
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.2014325
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0941127
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.011193
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.997-2.0470.32881230.2764514X-RAY DIFFRACTION86
2.047-2.10230.27541380.22245288X-RAY DIFFRACTION99
2.1023-2.16420.26221400.19825249X-RAY DIFFRACTION100
2.1642-2.2340.26191420.18915283X-RAY DIFFRACTION99
2.234-2.31390.22711460.18245299X-RAY DIFFRACTION100
2.3139-2.40650.20551400.1635268X-RAY DIFFRACTION100
2.4065-2.5160.21381430.16955306X-RAY DIFFRACTION100
2.516-2.64870.21381440.16825313X-RAY DIFFRACTION100
2.6487-2.81460.20541380.16735320X-RAY DIFFRACTION100
2.8146-3.03190.21781380.16375328X-RAY DIFFRACTION100
3.0319-3.33690.21241460.15615401X-RAY DIFFRACTION100
3.3369-3.81950.18041470.14665326X-RAY DIFFRACTION100
3.8195-4.81130.14261450.13125462X-RAY DIFFRACTION100
4.8113-45.16370.20491490.17215574X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.3785-0.3066-0.74452.2478-1.01732.7450.183-0.38110.90010.48840.40520.8691-0.7174-0.5303-0.60870.68890.14960.1740.46410.07350.7675-27.2612-10.401217.8816
21.50680.7062-0.14611.05590.08440.6030.0756-0.08820.24130.068-0.07690.0443-0.16440.02090.00180.3010.0138-0.01050.2312-0.00440.2493-22.739-28.006810.0883
31.73640.81040.47750.8470.1220.5663-0.04380.04880.2086-0.04850.00840.1607-0.0968-0.08250.05270.23160.05290.0190.22230.00140.2487-36.5349-33.78021.5251
40.68610.5528-0.05071.2466-0.1150.53060.0466-0.0665-0.07830.0292-0.0621-0.00160.0317-0.0330.01060.18910.0141-0.00140.2308-0.00760.17-30.6825-51.73577.8935
51.32590.23230.04580.7692-0.08050.84260.01450.0025-0.10880.0487-0.00170.02120.1566-0.0462-0.01160.2054-0.01470.00170.1910.00230.1654-41.6962-73.15216.4807
62.52210.19250.84311.19130.28171.1337-0.03840.2070.018-0.1034-0.0001-0.0724-0.0080.10440.04130.2242-0.0020.01540.22080.00820.1783-32.7055-60.3891.264
71.30470.627-0.81145.3727-3.5993.1247-0.32710.47821.16960.03640.52231.2134-0.9463-0.4244-0.31830.70130.0303-0.16190.53050.24080.8569-47.1546-15.1968-13.8603
87.51110.8096-0.41976.9174-1.46235.69490.0203-0.58050.84810.99040.38780.5785-0.9479-0.9853-0.49530.63730.2213-0.02670.43640.01820.6285-48.4331-16.321-3.1037
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 52 through 103 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 104 through 280 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 281 through 454 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 455 through 591 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 592 through 770 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 771 through 858 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 2001 through 2012 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 2013 through 2031 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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