PDB-5hrd: The crystal structure of AsfvPolX:DNA2 binary complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5hrd

タイトル

The crystal structure of AsfvPolX:DNA2 binary complex

要素

DNA (5'-D(*GP*CP*GP*AP*TP*CP*GP*G)-3')
DNA polymerase beta-like protein

キーワード

TRANSFERASE/DNA / ASFV / PolX / TRANSFERASE-DNA complex

機能・相同性

機能・相同性情報

virion component / double-strand break repair via nonhomologous end joining / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

African swine fever virus (アフリカ豚コレラウイルス)
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Chen, Y.Q. / Zhang, J. / Gan, J.H.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: The crystal structure of Se-AsfvPolX(L52/163M mutant) in complex with 1nt-gap DNA1
著者: Chen, Y.Q. / Zhang, J. / Gan, J.H.

履歴

登録	2016年1月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2017年1月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5hrd.cif.gz	345 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5hrd.ent.gz	275.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5hrd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5hrd_validation.pdf.gz	479.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5hrd_full_validation.pdf.gz	483.4 KB	表示
XML形式データ	5hrd_validation.xml.gz	29.4 KB	表示
CIF形式データ	5hrd_validation.cif.gz	42 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hr/5hrd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hr/5hrd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5hr9SC 5hrbC 5hreC 5hrfC 5hrgC 5hrhC 5hrkC 5hrlC 5hri S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5hre-1 5hrg-d 4df3-d 5bkb-d 8icw-d 6wbs-d 1u56-d 5bkd-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#106 - 2008年10月ポリAポリメラーゼ (Poly(A) Polymerase) 類似性 (2) #3 - 2000年3月 DNAポリメラーゼ (DNA Polymerase) 類似性 (6)

登録構造単位

A: DNA polymerase beta-like protein

B: DNA polymerase beta-like protein

C: DNA polymerase beta-like protein

D: DNA polymerase beta-like protein

E: DNA (5'-D(*GP*CP*GP*AP*TP*CP*GP*G)-3')

F: DNA (5'-D(*GP*CP*GP*AP*TP*CP*GP*G)-3')

G: DNA (5'-D(*GP*CP*GP*AP*TP*CP*GP*G)-3')

H: DNA (5'-D(*GP*CP*GP*AP*TP*CP*GP*G)-3')

ヘテロ分子

92.9 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: DNA polymerase beta-like protein

B: DNA polymerase beta-like protein

E: DNA (5'-D(*GP*CP*GP*AP*TP*CP*GP*G)-3')

F: DNA (5'-D(*GP*CP*GP*AP*TP*CP*GP*G)-3')

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
46.4 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: DNA polymerase beta-like protein

D: DNA polymerase beta-like protein

G: DNA (5'-D(*GP*CP*GP*AP*TP*CP*GP*G)-3')

H: DNA (5'-D(*GP*CP*GP*AP*TP*CP*GP*G)-3')

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
46.4 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	60.196, 87.485, 87.914
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 91.45, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	A
2	3	D
1	4	B
2	4	C
1	5	B
2	5	D
1	6	C
2	6	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	LEU	LEU	A	A	-1 - 174	3 - 178
2	1	LEU	LEU	B	B	-1 - 174	3 - 178
1	2	ARG	ARG	A	A	-1 - 173	3 - 177
2	2	ARG	ARG	C	C	-1 - 173	3 - 177
1	3	ARG	ARG	A	A	-1 - 173	3 - 177
2	3	ARG	ARG	D	D	-1 - 173	3 - 177
1	4	ARG	ARG	B	B	-1 - 173	3 - 177
2	4	ARG	ARG	C	C	-1 - 173	3 - 177
1	5	ARG	ARG	B	B	-1 - 173	3 - 177
2	5	ARG	ARG	D	D	-1 - 173	3 - 177
1	6	LEU	LEU	C	C	-2 - 174	2 - 178
2	6	LEU	LEU	D	D	-2 - 174	2 - 178

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

#1: タンパク質	DNA polymerase beta-like protein / PO174L / PolX 分子量: 20609.723 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) African swine fever virus (アフリカ豚コレラウイルス) 遺伝子: O174L / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0A1E3N6, UniProt: P42494*PLUS
#2: DNA鎖	DNA (5'-D(GPCPGPAPTPCPGPG)-3') 分子量: 2467.629 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 297 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.51 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.94 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.1M Succinic acid PH 7.0, 15% PGE 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9793 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年1月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→30 Å / Num. obs: 75045 / % possible obs: 93.5 % / 冗長度: 3.2 % / Net I/σ(I): 20.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.7.0029	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5HR9

5hr9

解像度: 1.8→29.31 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.961 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.94 / SU B: 10.558 / SU ML: 0.132 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.247 / ESU R Free: 0.137 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24456	3936	5 %	RANDOM
R_work	0.19646	-	-	-
obs	0.1989	75045	93.54 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.826 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.57 Å²	0 Å²	-3.69 Å²
2-	-	-2.58 Å²	-0 Å²
3-	-	-	4.24 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.8→29.31 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5704	656	30	297	6687

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.018	6564
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.005	0.02	6420
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.315	1.894	8974
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.424	3	14753
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.179	5	702
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.672	23.036	224
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.311	15	1172
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.564	15	40
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.089	0.2	1014
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	6646
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.005	0.02	1454
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	5.42	3	12984
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	30.765	5	63
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	12.385	5	13044

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	11573	0.08
1	2	B	11573	0.08
2	1	A	11345	0.06
2	2	C	11345	0.06
3	1	A	11522	0.07
3	2	D	11522	0.07
4	1	B	11403	0.06
4	2	C	11403	0.06
5	1	B	11670	0.08
5	2	D	11670	0.08
6	1	C	11438	0.07
6	2	D	11438	0.07

LS精密化シェル

解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.341	278	-
R_work	0.336	5105	-
obs	-	-	87.01 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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