PDB-5hqp: Crystal structure of the ERp44-peroxiredoxin 4 complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5hqp

タイトル

Crystal structure of the ERp44-peroxiredoxin 4 complex

要素

Endoplasmic reticulum resident protein 44
Peroxiredoxin-4

キーワード

OXIDOREDUCTASE/CHAPERONE / CHAPERONE / GST fold / OXIDOREDUCTASE / beta/alpha/beta sandwich / OXIDOREDUCTASE-CHAPERONE complex

機能・相同性

機能・相同性情報

glycoprotein metabolic process / negative regulation of male germ cell proliferation / I-kappaB phosphorylation / thioredoxin-dependent peroxiredoxin / thioredoxin peroxidase activity / molecular sequestering activity / protein maturation by protein folding / protein disulfide isomerase activity / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / response to unfolded protein ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Yang, K. / Li, D.F. / Wang, X. / Wang, C.C.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2016
タイトル: Crystal Structure of the ERp44-Peroxiredoxin 4 Complex Reveals the Molecular Mechanisms of Thiol-Mediated Protein Retention.
著者: Yang, K. / Li, D.F. / Wang, X. / Liang, J. / Sitia, R. / Wang, C.C. / Wang, X.

履歴

登録	2016年1月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2016年10月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年11月16日	Group: Database references
改定 1.2	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.3	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5hqp.cif.gz	385.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5hqp.ent.gz	316.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5hqp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5hqp_validation.pdf.gz	474 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5hqp_full_validation.pdf.gz	512 KB	表示
XML形式データ	5hqp_validation.xml.gz	36.6 KB	表示
CIF形式データ	5hqp_validation.cif.gz	49.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hq/5hqp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hq/5hqp	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2r2jS 3tjgS 3tkp S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3o3n-d 5f8e-d 2ix8-d 3syn-d 1b70-d 3o3m-d 5if0-d 6bmv-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (1) #108 - 2008年12月 Hsp90 (Hsp90) 類似性 (1) #110 - 2009年2月オーキシンとTIR1ユビキチンリガーゼ (Auxin and TIR1 Ubiquitin Ligase) 類似性 (1) #233 - 2019年5月 S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin) 類似性 (1) #91 - 2007年7月チミン２量体 (Thymine Dimers) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

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NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#32 - 2002年8月
シャペロン (Chaperones)
類似性 (1)
#108 - 2008年12月
Hsp90 (Hsp90)
類似性 (1)
#110 - 2009年2月
オーキシンとTIR1ユビキチンリガーゼ (Auxin and TIR1 Ubiquitin Ligase)
類似性 (1)
#233 - 2019年5月
S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin)
類似性 (1)
#91 - 2007年7月
チミン２量体 (Thymine Dimers)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Peroxiredoxin-4

B: Peroxiredoxin-4

C: Endoplasmic reticulum resident protein 44

D: Endoplasmic reticulum resident protein 44

144 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	69.289, 198.979, 225.959
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	Peroxiredoxin-4 / Antioxidant enzyme AOE372 / AOE37-2 / Peroxiredoxin IV / Prx-IV / Thioredoxin peroxidase AO372 / ...Antioxidant enzyme AOE372 / AOE37-2 / Peroxiredoxin IV / Prx-IV / Thioredoxin peroxidase AO372 / Thioredoxin-dependent peroxide reductase A0372 分子量: 28007.484 Da / 分子数: 2 / 変異: T118E, C14S, C87S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PRDX4 / プラスミド: pQE-30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q13162, peroxiredoxin
#2: タンパク質	Endoplasmic reticulum resident protein 44 / ERp44 / Thioredoxin domain-containing protein 4 分子量: 44185.570 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ERP44, KIAA0573, TXNDC4, UNQ532/PRO1075 / プラスミド: pGEX-6p-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9BS26
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.7 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.39 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1mM MES (pH5.6), 16% PEG 400 / PH範囲: 5.6-6.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9785 Å
検出器	タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年5月31日
放射	モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→99.49 Å / Num. all: 48595 / Num. obs: 48595 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.7 % / R_merge(I) obs: 0.084 / R_sym value: 0.084 / Net I/σ(I): 13.6
反射シェル	解像度: 2.6→2.74 Å / 冗長度: 9.2 % / R_merge(I) obs: 0.85 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.10_2155	精密化
iMOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2R2J, 3TJG

2r2j

3tjg

解像度: 2.6→49.745 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 34.46 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2717	2369	4.89 %	Random
R_work	0.2347	-	-	-
obs	0.2366	48461	99.81 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→49.745 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7192	0	0	27	7219

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	7362
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.301	9965
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.609	4416
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.073	1078
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	1300

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.6-2.6531	0.4051	137	0.3614	2691	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6531-2.7108	0.3473	142	0.3312	2642	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7108-2.7738	0.3663	130	0.3182	2705	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7738-2.8432	0.3757	147	0.3111	2646	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8432-2.92	0.3818	138	0.2911	2677	X-RAY DIFFRACTION	100
2.92-3.006	0.3171	136	0.2779	2705	X-RAY DIFFRACTION	100
3.006-3.103	0.3151	124	0.2691	2673	X-RAY DIFFRACTION	100
3.103-3.2139	0.2683	114	0.2537	2699	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2139-3.3425	0.2776	132	0.2672	2714	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3425-3.4946	0.272	158	0.2585	2683	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4946-3.6788	0.2553	142	0.2321	2703	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6788-3.9092	0.2865	142	0.229	2717	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9092-4.2109	0.2464	123	0.2124	2723	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2109-4.6344	0.2586	153	0.1859	2731	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6344-5.3043	0.2301	146	0.1899	2736	X-RAY DIFFRACTION	100
5.3043-6.6803	0.2627	149	0.2412	2764	X-RAY DIFFRACTION	100
6.6803-49.7538	0.2605	156	0.2318	2883	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.4128	-1.2004	-0.5907	1.712	-0.2397	2.9145	0.0641	0.5369	0.2094	-0.1745	0.0746	-0.1991	-0.0917	0.3506	-0.0002	0.4748	-0.0581	0.0727	0.7381	0.0213	0.598	46.431	95.5904	76.2347
2	0.0199	0.0082	-0.858	2.4571	-0.5799	1.6663	-0.1971	0.4356	-0.0619	-0.286	-0.0212	0.1687	0.3537	-0.2178	-0.0011	0.7381	-0.039	0.0681	0.8231	-0.055	0.4959	38.4409	89.2267	73.1527
3	0.8441	-0.4841	-0.1404	2.4106	-0.9078	2.6443	-0.2055	0.596	-0.0815	-0.105	0.0651	-0.1748	0.5805	0.3454	-0.0027	0.5977	-0.0049	0.093	0.8689	-0.0187	0.5809	48.7293	89.2527	76.9718
4	0.4388	0.0374	0.2228	-0.0801	0.2879	0.748	-0.0231	0.1966	-0.3714	0.0148	0.089	0.4674	0.2498	-0.6059	-0.0011	0.5591	-0.1566	0.0185	0.7102	0.028	0.5874	29.3661	93.0121	84.8524
5	1.0108	-0.156	-0.2391	0.0947	-0.116	0.5771	0.2535	0.7299	0.1802	-0.9462	0.5283	0.3275	0.2878	0.5856	0	0.7783	-0.048	-0.0537	0.9495	-0.0233	0.7566	20.5036	91.4416	94.8031
6	0.0702	0.373	-0.15	0.3106	-0.1671	0.1881	-0.3013	-0.237	-0.0364	0.4192	0.1393	-0.2891	-0.1157	0.6567	-0.0034	0.6977	0.1176	0.0583	0.8751	0.0031	0.7979	52.0854	86.2506	100.4438
7	1.7149	0.2237	-1.5566	0.704	0.0719	2.2139	0.0122	-0.4236	-0.1101	0.1561	-0.0138	0.1004	0.519	0.3217	0.0001	0.6626	0.0613	-0.005	0.552	0.0627	0.5102	38.2344	84.3817	108.2226
8	0.276	-0.1313	0.173	0.1084	0.344	0.4103	-0.4193	-0.3931	-0.8355	0.3073	0.587	0.0964	0.6958	-0.8141	-0.0024	0.8727	-0.1266	0.1778	0.4407	0.024	0.7354	30.1095	77.4968	100.4127
9	-0.0244	0.2949	0.0642	0.7002	-0.6806	0.6167	0.0478	-0.2256	-0.1494	0.1294	-0.2506	-0.3394	-0.0524	0.2703	-0.0003	0.6502	0.001	0.0722	0.5082	0.0235	0.6246	34.2497	87.1714	111.4217
10	0.8314	0.647	-0.1681	0.4691	0.1843	1.8209	0.0362	0.5786	-0.2548	-0.1355	0.1151	0.2419	0.8207	-1.8305	0.0081	0.7474	-0.0685	0.1548	0.6891	0.1157	0.6852	23.1534	86.8847	109.8522
11	0.239	-0.1945	-0.0696	0.0314	-0.0542	0.1076	0.1601	-0.2746	-0.6237	0.7472	-0.2212	-0.7541	-0.266	0.6593	0.0008	0.5785	0.0307	0.0019	0.6712	0.042	0.6781	44.1172	91.7208	109.2728
12	0.117	-0.1085	0.1537	0.2804	0.3842	0.4956	-0.2331	0.2248	-0.0035	-0.737	0.2118	0.0275	-0.5711	1.2169	0.0008	0.6115	-0.0713	-0.059	0.6525	0.068	0.592	42.7245	98.6389	102.4
13	1.9366	1.7252	0.838	1.3306	0.5468	0.5265	-0.3184	-0.1051	0.046	-0.1624	0.1992	0.3282	0.55	-0.5384	0.0013	0.585	0.0892	0.0758	0.6425	0.0705	0.5432	41.0447	85.3617	95.7563
14	-0.0108	0.4044	0.1738	0.3566	0.1957	0.3613	-0.0809	0.4082	-0.0918	-0.1822	0.3542	0.1067	0.5895	0.4359	-0.0033	0.9855	0.007	0.1295	0.6296	-0.1257	0.7406	41.747	72.6486	85.8851
15	4.5627	-1.4626	1.5819	5.9943	-0.3309	2.8407	-0.1908	-0.6821	0.0684	0.043	0.0266	0.5075	-0.1249	-0.4133	-0.0003	0.4773	-0.026	-0.0029	0.7245	-0.0262	0.5728	5.7055	103.8078	98.9191
16	0.9675	-0.1485	-0.1142	1.4367	1.0571	0.6533	-0.779	0.8326	0.861	-0.819	0.3951	-0.5963	-2.1234	0.5848	-0.0059	1.6812	-0.0851	-0.1845	0.7136	0.2584	1.1499	3.2767	122.7468	82.0857
17	1.3539	0.5531	0.068	1.7767	-0.1366	0.1955	0.0275	0.63	0.5143	-0.8518	0.1724	0.4693	0.0686	-0.9266	0.0017	1.1745	0.0841	-0.2339	0.7955	0.1487	1.1818	-7.5537	117.8548	76.5116
18	2.7379	-0.205	0.4774	4.3914	-0.7265	6.8473	-0.053	-0.4885	-0.0796	0.5532	0.092	-0.5936	0.5571	1.6202	0.0001	0.6175	0.1354	-0.0517	1.3712	-0.0184	0.6137	8.6939	91.7874	69.3283
19	2.5225	1.2438	-1.6569	0.8299	-0.921	1.0398	1.0441	0.3758	-0.2044	0.6078	-0.9793	0.6631	0.4268	-0.9634	0.0066	3.5223	-0.1762	0.2225	1.7579	-0.74	2.3455	46.7718	49.7557	62.1625
20	0.0417	0.0916	-0.573	0.5033	-0.0769	0.1398	-0.3377	0.1154	-0.3329	-1.8812	-0.108	-1.0354	0.7721	0.4865	-0.003	1.9	0.2165	0.4963	1.1173	-0.2092	1.5654	54.6953	58.0571	68.0845
21	0.6188	0.6936	-0.0449	2.4574	0.5382	2.0549	-0.1198	0.0117	-0.2569	0.0734	0.1166	0.2858	0.5539	-0.6394	-0.002	1.4103	-0.1206	0.2998	0.8474	-0.1657	1.6298	52.9111	46.1297	81.4467
22	1.4579	-0.3685	-0.4069	0.397	-0.2005	0.1544	-0.0778	0.3802	0.7106	-0.0781	-0.1827	-1.7331	0.4373	-0.2172	-0.0045	1.6773	-0.0721	0.1657	0.9384	-0.0317	2.3977	48.6967	29.5314	83.4909

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 76 through 125 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 126 through 152 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 153 through 224 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 225 through 240 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 241 through 256 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 76 through 88 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 89 through 125 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 126 through 141 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 142 through 161 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 162 through 174 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 175 through 187 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 188 through 199 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 200 through 224 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 225 through 250 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 1 through 99 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 100 through 132 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 133 through 212 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 213 through 331 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'D' and (resid 2 through 18 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'D' and (resid 19 through 67 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resid 68 through 135 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 136 through 213 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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