PDB-5hqh: 1.32 Angstrom Crystal Structure of Ybbr like Domain of lmo2119 Pr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5hqh

タイトル

1.32 Angstrom Crystal Structure of Ybbr like Domain of lmo2119 Protein from Listeria monocytogenes.

要素

Lmo2119 protein

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / Ybbr like domain / CSGID / Structural genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases

機能・相同性

RNA Polymerase Alpha Subunit; Chain A, domain 2 - #30 / YbbR-like / : / YbbR-like protein / RNA Polymerase Alpha Subunit; Chain A, domain 2 / Beta Complex / Mainly Beta / Lmo2119 protein

機能・相同性情報

生物種

Listeria monocytogenes serovar 1/2a (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.32 Å

データ登録者

Minasov, G. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Winsor, J. / Grimshaw, S. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: 1.32 Angstrom Crystal Structure of Ybbr like Domain of lmo2119 Protein from Listeria monocytogenes.
著者: Minasov, G. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Winsor, J. / Grimshaw, S. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

履歴

登録	2016年1月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年2月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年3月2日	Group: Structure summary
改定 1.2	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list / struct_keywords Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_keywords.pdbx_keywords

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5hqh.cif.gz	60.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5hqh.ent.gz	43.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5hqh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hq/5hqh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hq/5hqh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4qdyS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2rl0-3 2wpz-d 1k40-d 2lm9-d 1bb1-d 2l35-d 3te3-1 3te3-2 2dpk-d 2rvp-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: idp05762

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Lmo2119 protein

ヘテロ分子

12 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	22.577, 28.819, 59.733
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 95.65, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Lmo2119 protein 分子量: 11905.333 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 38-143 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Listeria monocytogenes serovar 1/2a (バクテリア) 株: ATCC BAA-679 / EGD-e / 遺伝子: lmo2119 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE) / 参照: UniProt: Q8Y5E5
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 164 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.62 Å³/Da / 溶媒含有率: 24 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Protein: 7.2 mg/ml, 0.25M Sodium chloride, 0.1M Tris HCl (pH 8.3); Screen: Trap96 (D4), 0.2M NAD, 0.1M HEPES (pH 7.5), 25% (w/v) PEG 3350.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年7月25日 / 詳細: C(111)
放射	モノクロメーター: Beryllium lenses / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.32→30 Å / Num. obs: 18244 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.6 % / B_iso Wilson estimate: 14 Å² / R_merge(I) obs: 0.05 / R_sym value: 0.05 / Net I/σ(I): 22.9
反射シェル	解像度: 1.32→1.34 Å / 冗長度: 3.3 % / R_merge(I) obs: 0.512 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 99.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0135	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
BALBES		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4QDY

4qdy

解像度: 1.32→29.72 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.974 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.96 / SU B: 2.104 / SU ML: 0.045 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.062 / ESU R Free: 0.064 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1923	926	5.1 %	RANDOM
R_work	0.16198	-	-	-
obs	0.16351	17262	99.84 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.053 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.32 Å²	0 Å²	0.4 Å²
2-	-	-0.58 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.18 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.32→29.72 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	743	0	6	164	913

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.019	896
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	894
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.561	1.968	1237
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.829	3	2076
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.114	5	124
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	42.305	26.857	35
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.391	15	170
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.235	15	3
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.086	0.2	151
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.024	0.02	1063
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.02	0.02	184
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.742	0.921	460
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.743	0.919	459
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.188	1.377	596
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.187	1.38	597
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.204	1.084	436
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.206	1.078	433
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.892	1.545	636
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	6.676	10.228	1134
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	5.68	8.343	1023
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.32→1.354 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.323	58	-
R_work	0.271	1276	-
obs	-	-	99.7 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5379	0.3107	1.2248	2.6108	-1.1469	7.1055	-0.0547	0.0926	-0.0498	-0.1501	0.0585	0.1558	-0.0403	-0.0344	-0.0038	0.0165	0.0005	0.0012	0.0563	-0.0172	0.0471	3.2184	-4.385	9.3371
2	0.207	0.1949	0.0932	0.194	0.0908	1.5607	-0.0037	0.0293	0.0374	-0.0161	0.0172	0.0209	-0.0481	0.0045	-0.0135	0.0175	0.016	0.0116	0.0273	0.0055	0.046	4.9269	-2.1805	25.5938
3	0.7309	-0.2344	-0.2238	1.1269	1.3233	3.4723	-0.0071	0.0756	0.0091	-0.0835	0.0261	0.0488	-0.0275	0.1053	-0.019	0.0171	0.0005	0.0014	0.0137	0.0039	0.016	8.012	1.1157	15.0415
4	0.7483	0.2169	-0.8215	0.3181	0.1338	1.5517	-0.0267	0.0895	0.0291	-0.0426	0.0201	0.0793	-0.0628	-0.0847	0.0066	0.0234	0.0016	0.0127	0.047	0.007	0.0679	1.1467	3.4323	19.2773
5	4.5967	-0.3968	4.0287	3.7404	-1.9971	5.9338	-0.0838	-0.5524	-0.0394	0.3533	0.2045	0.1309	-0.1663	-0.5303	-0.1208	0.0555	0.0334	0.032	0.0915	0.0047	0.0435	2.641	-3.5472	45.6742

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	43 - 53
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	54 - 77
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	78 - 102
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	103 - 131
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	132 - 138

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関連情報:EMDBヘッダ

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