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- PDB-5hpp: Crystal structure of a macrocyclic beta-sheet peptide derived fro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5hpp
タイトルCrystal structure of a macrocyclic beta-sheet peptide derived from transthyretin (106-121) - (ORN)TIA(MAA)LLS(ORN)S(PHI)STTAV
要素ORN-THR-ILE-ALA-MAA-LEU-LEU-SER-ORN-SER-PHI-SER-THR-THR-ALA-VAL
キーワードDE NOVO PROTEIN / beta-hairpin / nanotube assembly
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 単波長異常分散 / 解像度: 2.082 Å
データ登録者Yoo, S. / Kreutzer, A.G. / Nowick, J.S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM097562 米国
引用ジャーナル: Chem Sci / 年: 2016
タイトル: Square channels formed by a peptide derived from transthyretin.
著者: Yoo, S. / Kreutzer, A.G. / Truex, N.L. / Nowick, J.S.
履歴
登録2016年1月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年8月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年5月17日Group: Database references
改定 1.22017年9月20日Group: Advisory / Author supporting evidence
カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_validate_polymer_linkage
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42025年4月2日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ORN-THR-ILE-ALA-MAA-LEU-LEU-SER-ORN-SER-PHI-SER-THR-THR-ALA-VAL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,7852
ポリマ－1,7501
非ポリマー351
水25214
1
A: ORN-THR-ILE-ALA-MAA-LEU-LEU-SER-ORN-SER-PHI-SER-THR-THR-ALA-VAL
ヘテロ分子

A: ORN-THR-ILE-ALA-MAA-LEU-LEU-SER-ORN-SER-PHI-SER-THR-THR-ALA-VAL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,5704
ポリマ－3,5002
非ポリマー712
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_556y,x,-z+11
Buried area410 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area3210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.300, 42.300, 16.320
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-101-

CL

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要素

#1: タンパク質・ペプチド ORN-THR-ILE-ALA-MAA-LEU-LEU-SER-ORN-SER-PHI-SER-THR-THR-ALA-VAL


分子量: 1749.787 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.3 % / 解説: Thin elongated rods
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.3
詳細: 0.1 M NaOAc pH 5.3, 0.2 M CaCl2, and 31% isopropanol

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データ収集

回折平均測定温度: 133 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-003 / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 92 / 検出器: CCD / 日付: 2015年8月29日
放射モノクロメーター: Cu / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.082→21.15 Å / Num. obs: 2053 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 2 % / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.04945 / Net I/av σ(I): 13.92 / Net I/σ(I): 13.92
反射 シェル解像度: 2.082→2.157 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.1101 / Mean I/σ(I) obs: 5.49 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: 000)精密化
MOSFLM7.2.1データ削減
Aimless0.5.17データスケーリング
PHASER(1.10.1_2155: 000)位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.082→21.15 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 10.23
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1839 172 10.12 %
Rwork0.1593 --
obs0.162 1700 99.94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.082→21.15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数114 0 1 14 129
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.006115
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.971155
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d27.28178
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04723
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00417
LS精密化 シェル解像度: 2.0818→21.15 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1839 172 -
Rwork0.1593 1528 -
obs--100 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 33.2569 Å / Origin y: 26.7672 Å / Origin z: 7.6429 Å
111213212223313233
T0.1397 Å2-0.0016 Å2-0.0195 Å2-0.0909 Å20.0166 Å2--0.1328 Å2
L0.6076 °20.7292 °2-1.2306 °2-2.3002 °2-2.5154 °2--3.7037 °2
S-0.0806 Å °0.0185 Å °-0.0986 Å °0.1317 Å °0.1887 Å °0.1426 Å °0.2714 Å °-0.1213 Å °-0.056 Å °
精密化 TLSグループSelection details: chain 'A' and (resid 2 through 16 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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