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- PDB-5hp4: Crystal structure bacteriohage T5 D15 flap endonuclease (D155K) p... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5hp4
タイトルCrystal structure bacteriohage T5 D15 flap endonuclease (D155K) pseudo-enzyme-product complex with DNA and metal ions
要素
  • DNA (5'-D(*GP*AP*TP*CP*TP*AP*TP*AP*TP*GP*CP*CP*AP*TP*CP*GP*G)-3')
  • Exodeoxyribonuclease
キーワードHYDROLASE / Enzyme-substrate-complex / flap endonuclease / metalloenzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


viral replication complex / exodeoxyribonuclease (lambda-induced) / late viral transcription / DNA replication, Okazaki fragment processing / double-stranded DNA 5'-3' DNA exonuclease activity / double-stranded DNA endonuclease activity / DNA exonuclease activity / 5'-flap endonuclease activity / viral DNA genome replication / 5'-3' exonuclease activity ...viral replication complex / exodeoxyribonuclease (lambda-induced) / late viral transcription / DNA replication, Okazaki fragment processing / double-stranded DNA 5'-3' DNA exonuclease activity / double-stranded DNA endonuclease activity / DNA exonuclease activity / 5'-flap endonuclease activity / viral DNA genome replication / 5'-3' exonuclease activity / 5'-3' DNA exonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Flap endonuclease D15-like / Flap endonuclease / 5'-nuclease / DNA polymerase I-like, H3TH domain / 5'-3' exonuclease, C-terminal SAM fold / 5'-3' exonuclease, alpha-helical arch, N-terminal / 5'-3' exonuclease, N-terminal resolvase-like domain / 5'-3' exonuclease / 5'-3' exonuclease / Helix-hairpin-helix motif, class 2 ...Flap endonuclease D15-like / Flap endonuclease / 5'-nuclease / DNA polymerase I-like, H3TH domain / 5'-3' exonuclease, C-terminal SAM fold / 5'-3' exonuclease, alpha-helical arch, N-terminal / 5'-3' exonuclease, N-terminal resolvase-like domain / 5'-3' exonuclease / 5'-3' exonuclease / Helix-hairpin-helix motif, class 2 / Helix-hairpin-helix class 2 (Pol1 family) motifs / 5'-3' exonuclease, C-terminal domain superfamily / PIN-like domain superfamily / 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain / DNA polymerase; domain 1 / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / DNA / DNA (> 10) / Flap endonuclease
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia phage T5 (ファージ)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.86 Å
データ登録者Almalki, F.A. / Zhang, J. / Sedelnikova, S.E. / Rafferty, J.B. / Sayers, J.R. / Artymiuk, P.A.
資金援助 サウジアラビア, 英国, 2件
組織認可番号国
Taif UniversitySchoalrship サウジアラビア
University of SheffieldScholarship 英国
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2016
タイトル: Direct observation of DNA threading in flap endonuclease complexes.
著者: AlMalki, F.A. / Flemming, C.S. / Zhang, J. / Feng, M. / Sedelnikova, S.E. / Ceska, T. / Rafferty, J.B. / Sayers, J.R. / Artymiuk, P.J.
履歴
登録2016年1月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年6月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年6月8日Group: Database references
改定 1.22016年6月22日Group: Database references
改定 1.32016年7月20日Group: Database references
改定 1.42024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
X: DNA (5'-D(*GP*AP*TP*CP*TP*AP*TP*AP*TP*GP*CP*CP*AP*TP*CP*GP*G)-3')
A: Exodeoxyribonuclease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,7127
ポリマ－36,4782
非ポリマー2345
水3,927218
1
X: DNA (5'-D(*GP*AP*TP*CP*TP*AP*TP*AP*TP*GP*CP*CP*AP*TP*CP*GP*G)-3')
A: Exodeoxyribonuclease
ヘテロ分子

X: DNA (5'-D(*GP*AP*TP*CP*TP*AP*TP*AP*TP*GP*CP*CP*AP*TP*CP*GP*G)-3')
ヘテロ分子

X: DNA (5'-D(*GP*AP*TP*CP*TP*AP*TP*AP*TP*GP*CP*CP*AP*TP*CP*GP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,32115
ポリマ－46,8834
非ポリマー43911
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_444-x-1/2,y-1/2,-z-1/41
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)67.510, 67.510, 187.810
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

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DNA鎖 / タンパク質 , 2種, 2分子 XA

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*AP*TP*CP*TP*AP*TP*AP*TP*GP*CP*CP*AP*TP*CP*GP*G)-3')


分子量: 5202.384 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: Oligonucleotide forms imperfect helical duplex with 3' overhang when annealed.
由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: タンパク質 Exodeoxyribonuclease / 5'-exonuclease / T5FEN


分子量: 31275.475 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 20-291 / Mutation: Asp155Lys / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The expressed recombinant corresponded to residues 20-291 of the protein with a D155K substitution.
由来: (組換発現) Escherichia phage T5 (ファージ) / 遺伝子: D15 / プラスミド: pJONEX4 derivative
詳細 (発現宿主): Derived from pUC19 carrying a synthetic lambda promoter
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): M72
参照: UniProt: P06229, exodeoxyribonuclease (lambda-induced)

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非ポリマー , 5種, 223分子

#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 218 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.39 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Oligonucleotides was adjusted to 1.1 mM for the duplex molecule by dissolving each one in 10 mM MES pH 6.5 and 50 mM KCl. T5FenD155K with oligonucleotide 3ov6 prepared above, grew in 0.2 M ...詳細: Oligonucleotides was adjusted to 1.1 mM for the duplex molecule by dissolving each one in 10 mM MES pH 6.5 and 50 mM KCl. T5FenD155K with oligonucleotide 3ov6 prepared above, grew in 0.2 M CaCl2, 0.1 M sodium acetate buffer pH 5, 20% w/v PEG 6000.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9796 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9796 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.861→67.51 Å / Num. all: 37488 / Num. obs: 37488 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 27.9 % / Rpim(I) all: 0.016 / Rrim(I) all: 0.083 / Rsym value: 0.08 / Net I/av σ(I): 6.281 / Net I/σ(I): 30.8 / Num. measured all: 1047650
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
1.86-1.9128.81.0430.67832327200.1981.0436.499.7
1.91-1.9628.70.8070.87595126430.1530.807899.8
1.96-2.0228.80.6021.17368125620.1140.60210.399.9
2.02-2.0828.70.4671.47206225110.0890.46712.699.9
2.08-2.1528.80.3511.96952124160.0670.3511699.9
2.15-2.2228.70.2742.46840823850.0520.27419.199.9
2.22-2.3128.60.1953.46463322590.0370.19524.199.9
2.31-2.428.60.17146347322220.0330.17126.699.9
2.4-2.5128.60.1424.86064721240.0270.1423099.9
2.51-2.6328.40.1116.25706120070.0210.11135.499.9
2.63-2.7728.40.0967.15472219300.0190.09638.6100
2.77-2.94280.0798.55162318420.0150.07944.299.9
2.94-3.1527.50.0699.54740917270.0140.06948.1100
3.15-3.426.60.05810.54345916310.0120.0585499.7
3.4-3.7226.70.05311.43988714920.0110.05359.499.8
3.72-4.1626.80.05211.63677713730.010.05262100
4.16-4.8260.04712.63219512400.0090.04763.1100
4.8-5.8826.60.04513.82782810480.0090.04564.8100
5.88-8.32250.04413.6214178580.0090.04462.3100
8.32-67.5117.20.04413.185734980.0110.04451.195.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
SCALA3.3.16データスケーリング
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
xia2データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5HML

5hml


解像度: 1.86→54.81 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / WRfactor Rfree: 0.1958 / WRfactor Rwork: 0.1641 / FOM work R set: 0.8898 / SU B: 4.388 / SU ML: 0.068 / SU R Cruickshank DPI: 0.1008 / SU Rfree: 0.0996 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.101 / ESU R Free: 0.1 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1883 1871 5 %RANDOM
Rwork0.158 ---
obs0.1595 35532 99.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 512.5 Å2 / Biso mean: 38.372 Å2 / Biso min: 19.47 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.15 Å20 Å20 Å2
2--1.15 Å20 Å2
3----2.29 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.86→54.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2194 345 10 218 2767
Biso mean--54.39 39.99 -
残基数----289
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0182635
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022336
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3711.833629
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0335386
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.9375273
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.00824.286112
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.56315402
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.6741514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.2387
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.022738
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02606
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it5.3412.4261092
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other5.0192.4181091
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.7173.6061365
LS精密化 シェル解像度: 1.861→1.909 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.261 139 -
Rwork0.204 2575 -
all-2714 -
obs--99.74 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.131-0.0231-0.04130.02620.10280.76830.0593-0.07520.0142-0.00560.01470.03320.0810.048-0.07410.1326-0.0044-0.03580.08560.01190.2018-19.4541-11.0449-9.2797
20.7120.02660.24350.9146-0.12750.66640.0221-0.00280.0276-0.04830.02130.0046-0.02550.1116-0.04340.04-0.0001-0.01520.029-0.02140.0305-5.4856-18.8612-17.4401
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1X1 - 17
2X-RAY DIFFRACTION2A20 - 291

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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