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万見
- PDB-5hn9: Crystal structure of Plasmodium vivax geranylgeranylpyrophosphate... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5hn9
タイトルCrystal structure of Plasmodium vivax geranylgeranylpyrophosphate synthase complexed with BPH-1186
要素Farnesyl pyrophosphate synthase, putative
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / ALL HELICES / TRANSFERASE / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


farnesyl diphosphate biosynthetic process / dimethylallyltranstransferase activity / (2E,6E)-farnesyl diphosphate synthase activity / metal ion binding / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Farnesyl pyrophosphate synthase-like / Polyprenyl synthases signature 2. / Polyprenyl synthetase, conserved site / Polyprenyl synthetase / Polyprenyl synthetase / Farnesyl Diphosphate Synthase / Farnesyl Diphosphate Synthase / Isoprenoid synthase domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
2-{[3-(decyloxy)benzyl]oxy}-5-nitrobenzoic acid / Farnesyl pyrophosphate synthase, putative
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium vivax (マラリア 病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.12 Å
データ登録者Liu, Y.-L. / Zhang, Y. / OIdfield, E.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CA158191 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2016
タイトル: Dynamic Structure and Inhibition of a Malaria Drug Target: Geranylgeranyl Diphosphate Synthase.
著者: G Ricci, C. / Liu, Y.L. / Zhang, Y. / Wang, Y. / Zhu, W. / Oldfield, E. / McCammon, J.A.
履歴
登録2016年1月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年9月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年9月21日Group: Database references
改定 1.22017年9月20日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Farnesyl pyrophosphate synthase, putative
B: Farnesyl pyrophosphate synthase, putative
C: Farnesyl pyrophosphate synthase, putative
D: Farnesyl pyrophosphate synthase, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)176,8558
ポリマ－175,1374
非ポリマー1,7184
水7,314406
1
A: Farnesyl pyrophosphate synthase, putative
B: Farnesyl pyrophosphate synthase, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,4274
ポリマ－87,5682
非ポリマー8592
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6810 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area27320 Å2
手法PISA
2
C: Farnesyl pyrophosphate synthase, putative
D: Farnesyl pyrophosphate synthase, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,4274
ポリマ－87,5682
非ポリマー8592
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6370 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area26770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.920, 108.294, 139.866
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Farnesyl pyrophosphate synthase, putative


分子量: 43784.188 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium vivax (マラリア 病原虫)
株: Salvador I / 遺伝子: PVX_092040 / プラスミド: P15-TEV-LIC / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A5K4U6
#2: 化合物
ChemComp-04W / 2-{[3-(decyloxy)benzyl]oxy}-5-nitrobenzoic acid / BPH-1186


分子量: 429.506 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H31NO6
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 406 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE AUTHORS STATE THAT THEY HAVE DETERMINED THE CONTENT OF THE GENE BY DNA SEQUENCING

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.79 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 100MM TRIS, 200MM LITHIUM SULFATE, 22% PEG 3,350, PH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年12月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 91912 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.094 / Net I/σ(I): 9.9
反射 シェル解像度: 2.1→2.14 Å / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.581 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0109精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3MYS

3mys
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.12→47.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.907 / SU B: 11.192 / SU ML: 0.136 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.198 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25 4595 5 %RANDOM
Rwork0.177 ---
obs0.18 91598 98.4 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 33.03 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.02 Å20 Å20 Å2
2--0.07 Å20 Å2
3----0.09 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.12→47.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11136 0 124 406 11666
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.02211487
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.8821.96515542
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.96851365
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.6724.944538
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.924151942
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.3571530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.21736
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0150.028574
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.9981.56882
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.295211049
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.32634605
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.8544.54493
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr3.039311349
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.12→2.17 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.296 294 -
Rwork0.17 5341 -
obs--83.25 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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