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万見
- PDB-5hmk: HDM2 in complex with a 3,3-Disubstituted Piperidine -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5hmk
タイトルHDM2 in complex with a 3,3-Disubstituted Piperidine
要素E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2
キーワードligase/ligase inhibitor / Oncology / E3 ubiquitin-protein ligase / p53/TP53 / ligase-ligase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to vitamin B1 / response to formaldehyde / response to water-immersion restraint stress / response to ether / traversing start control point of mitotic cell cycle / fibroblast activation / atrial septum development / regulation of protein catabolic process at postsynapse, modulating synaptic transmission / Trafficking of AMPA receptors / receptor serine/threonine kinase binding ...cellular response to vitamin B1 / response to formaldehyde / response to water-immersion restraint stress / response to ether / traversing start control point of mitotic cell cycle / fibroblast activation / atrial septum development / regulation of protein catabolic process at postsynapse, modulating synaptic transmission / Trafficking of AMPA receptors / receptor serine/threonine kinase binding / peroxisome proliferator activated receptor binding / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell migration / negative regulation of protein processing / SUMO transferase activity / response to steroid hormone / NEDD8 ligase activity / response to iron ion / AKT phosphorylates targets in the cytosol / atrioventricular valve morphogenesis / endocardial cushion morphogenesis / cellular response to peptide hormone stimulus / ventricular septum development / positive regulation of muscle cell differentiation / SUMOylation of ubiquitinylation proteins / regulation of postsynaptic neurotransmitter receptor internalization / cardiac septum morphogenesis / blood vessel development / ligase activity / cellular response to alkaloid / Constitutive Signaling by AKT1 E17K in Cancer / regulation of protein catabolic process / negative regulation of signal transduction by p53 class mediator / negative regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / response to magnesium ion / SUMOylation of transcription factors / protein sumoylation / cellular response to UV-C / cellular response to actinomycin D / blood vessel remodeling / cellular response to estrogen stimulus / protein localization to nucleus / ribonucleoprotein complex binding / protein autoubiquitination / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / NPAS4 regulates expression of target genes / transcription repressor complex / positive regulation of mitotic cell cycle / regulation of heart rate / proteolysis involved in protein catabolic process / Stabilization of p53 / ubiquitin binding / positive regulation of protein export from nucleus / Regulation of RUNX3 expression and activity / response to cocaine / Oncogene Induced Senescence / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / Regulation of TP53 Activity through Methylation / establishment of protein localization / cellular response to gamma radiation / protein destabilization / RING-type E3 ubiquitin transferase / cellular response to growth factor stimulus / response to toxic substance / centriolar satellite / endocytic vesicle membrane / cellular response to hydrogen peroxide / Signaling by ALK fusions and activated point mutants / protein polyubiquitination / Regulation of TP53 Degradation / ubiquitin-protein transferase activity / disordered domain specific binding / ubiquitin protein ligase activity / p53 binding / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / negative regulation of neuron projection development / 5S rRNA binding / protein-containing complex assembly / ubiquitin-dependent protein catabolic process / Oxidative Stress Induced Senescence / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / cellular response to hypoxia / amyloid fibril formation / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / Ub-specific processing proteases / protein ubiquitination / regulation of cell cycle / postsynaptic density / response to xenobiotic stimulus / protein domain specific binding / response to antibiotic / negative regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of cell population proliferation / ubiquitin protein ligase binding / apoptotic process / positive regulation of gene expression / negative regulation of apoptotic process / nucleolus / glutamatergic synapse / enzyme binding
類似検索 - 分子機能
E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2 / MDM2, modified RING finger, HC subclass / MDM2 / SWIB/MDM2 domain / p53 negative regulator Mdm2/Mdm4 / SWIB/MDM2 domain / SWIB/MDM2 domain / SWIB/MDM2 domain profile. / SWIB/MDM2 domain superfamily / Zn-finger in Ran binding protein and others ...E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2 / MDM2, modified RING finger, HC subclass / MDM2 / SWIB/MDM2 domain / p53 negative regulator Mdm2/Mdm4 / SWIB/MDM2 domain / SWIB/MDM2 domain / SWIB/MDM2 domain profile. / SWIB/MDM2 domain superfamily / Zn-finger in Ran binding protein and others / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Zinc finger RanBP2 type profile. / Zinc finger, RanBP2-type superfamily / Zinc finger RanBP2-type signature. / Zinc finger, RanBP2-type / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-62Q / E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 2.17 Å
データ登録者Scapin, G.
引用ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2016
タイトル: Discovery of Novel 3,3-Disubstituted Piperidines as Orally Bioavailable, Potent, and Efficacious HDM2-p53 Inhibitors.
著者: Bogen, S.L. / Pan, W. / Gibeau, C.R. / Lahue, B.R. / Ma, Y. / Nair, L.G. / Seigel, E. / Shipps, G.W. / Tian, Y. / Wang, Y. / Lin, Y. / Liu, M. / Liu, S. / Mirza, A. / Wang, X. / Lipari, P. / ...著者: Bogen, S.L. / Pan, W. / Gibeau, C.R. / Lahue, B.R. / Ma, Y. / Nair, L.G. / Seigel, E. / Shipps, G.W. / Tian, Y. / Wang, Y. / Lin, Y. / Liu, M. / Liu, S. / Mirza, A. / Wang, X. / Lipari, P. / Seidel-Dugan, C. / Hicklin, D.J. / Bishop, W.R. / Rindgen, D. / Nomeir, A. / Prosise, W. / Reichert, P. / Scapin, G. / Strickland, C. / Doll, R.J.
履歴
登録2016年1月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年4月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月6日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2
B: E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,4704
ポリマ－25,0532
非ポリマー1,4172
水97354
1
A: E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,2352
ポリマ－12,5261
非ポリマー7091
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,2352
ポリマ－12,5261
非ポリマー7091
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1340 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area10070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.160, 39.510, 133.560
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2 / Double minute 2 protein / Hdm2 / Oncoprotein Mdm2 / p53-binding protein Mdm2


分子量: 12526.323 Da / 分子数: 2 / 変異: F55Y, Y76H / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MDM2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q00987, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成）
#2: 化合物 ChemComp-62Q / {4-[2-(2-hydroxyethoxy)phenyl]piperazin-1-yl}[(2R,3S)-2-propyl-3-[4-(trifluoromethyl)phenoxy]-1-{[4-(trifluoromethyl)pyridin-3-yl]carbonyl}piperidin-3-yl]methanone


分子量: 708.690 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C35H38F6N4O5
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 54 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.24 %
結晶化温度: 303 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4
詳細: 1.8-2.2 M ammonium sulfate, 100 mM Na Citrate/citric acid

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-D / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年9月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→20 Å / Num. obs: 10960 / % possible obs: 95.7 % / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 50.22 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Net I/σ(I): 14.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.5精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-2000データ削減
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.17→19.75 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9193 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9161 / SU R Cruickshank DPI: 0.301 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.314 / SU Rfree Blow DPI: 0.222 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.221
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2612 517 4.73 %RANDOM
Rwork0.2284 ---
obs0.2299 10921 94.51 %-
原子変位パラメータBiso mean: 62.56 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.5459 Å20 Å20 Å2
2--10.3382 Å20 Å2
3----5.7923 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.457 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.17→19.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1458 0 100 54 1612
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.011594HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.092161HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d665SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes31HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes219HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it1594HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.94
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion21.67
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion10HARMONIC0
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion187SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact1817SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.17→2.38 Å / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2963 125 5.02 %
Rwork0.2471 2366 -
all0.2495 2491 -
obs--94.51 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.26530.3328-0.08392.7784-0.65633.2921-0.02120.1832-0.05080.3129-0.0027-0.1799-0.5384-0.0480.02390.44130.0635-0.2154-0.3618-0.0197-0.286115.97324.976725.0759
22.2211.1653-0.88723.3983-1.11494.02730.00260.00670.06930.4490.0022-0.1306-0.4216-0.0754-0.00490.01440.0589-0.0584-0.0386-0.0132-0.08558.0633-4.88127.6067
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|26 - A|111 A|1001 - A|1001 }A26 - 111
2X-RAY DIFFRACTION1{ A|26 - A|111 A|1001 - A|1001 }A1001
3X-RAY DIFFRACTION2{ B|21 - B|111 B|1001 - B|1001 }B21 - 111
4X-RAY DIFFRACTION2{ B|21 - B|111 B|1001 - B|1001 }B1001

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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