PDB-5hm8: 2.85 Angstrom Crystal Structure of S-adenosylhomocysteinase from ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5hm8

タイトル

2.85 Angstrom Crystal Structure of S-adenosylhomocysteinase from Cryptosporidium parvum in Complex with Adenosine and NAD.

要素

Adenosylhomocysteinase

キーワード

HYDROLASE / S-adenosylhomocysteinase / Adenosine / NAD / CSGID / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases

機能・相同性

機能・相同性情報

adenosylhomocysteinase / adenosylhomocysteinase activity / S-adenosylmethionine cycle / one-carbon metabolic process / nucleotide binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Cryptosporidium parvum (小形クリプトスポリジウム)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.85 Å

データ登録者

Minasov, G. / Shuvalova, L. / Halavaty, A. / Kiryukhina, O. / Dubrovska, I. / Bishop, B. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: 2.85 Angstrom Crystal Structure of S-adenosylhomocysteinase from Cryptosporidium parvum in Complex with Adenosine and NAD.
著者: Minasov, G. / Shuvalova, L. / Halavaty, A. / Kiryukhina, O. / Dubrovska, I. / Bishop, B. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

履歴

登録	2016年1月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年1月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_oper_list / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb5hm8.ent.gz	1.3 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5hm8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5hm8_validation.pdf.gz	4.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5hm8_full_validation.pdf.gz	4.6 MB	表示
XML形式データ	5hm8_validation.xml.gz	137.7 KB	表示
CIF形式データ	5hm8_validation.cif.gz	185.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hm/5hm8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hm/5hm8	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3ondS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5utu-2 5jpi-d 5tls-d 5utu-1 5jxw-d 5tj9-d 3one-1 5t8k-d 3onf-1 2zj0-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#265 - 2022年1月ゴルジ体カゼインキナーゼ (Golgi Casein Kinase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Adenosylhomocysteinase

B: Adenosylhomocysteinase

C: Adenosylhomocysteinase

D: Adenosylhomocysteinase

E: Adenosylhomocysteinase

F: Adenosylhomocysteinase

G: Adenosylhomocysteinase

H: Adenosylhomocysteinase

ヘテロ分子

458 kDa, 8 ポリマー
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1

A: Adenosylhomocysteinase

B: Adenosylhomocysteinase

C: Adenosylhomocysteinase

D: Adenosylhomocysteinase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
229 kDa, 4 ポリマー
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2

E: Adenosylhomocysteinase

F: Adenosylhomocysteinase

G: Adenosylhomocysteinase

H: Adenosylhomocysteinase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
229 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	107.837, 185.310, 122.439
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 97.85, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	LYS	LYS	TYR	TYR	A	A	2 - 495	5 - 498
2	1	LYS	LYS	TYR	TYR	B	B	2 - 495	5 - 498
1	2	LYS	LYS	TYR	TYR	A	A	2 - 495	5 - 498
2	2	LYS	LYS	TYR	TYR	C	C	2 - 495	5 - 498
1	3	MET	MET	ARG	ARG	A	A	3 - 494	6 - 497
2	3	MET	MET	ARG	ARG	D	D	3 - 494	6 - 497
1	4	LYS	LYS	TYR	TYR	A	A	2 - 495	5 - 498
2	4	LYS	LYS	TYR	TYR	E	E	2 - 495	5 - 498
1	5	MET	MET	ARG	ARG	A	A	3 - 494	6 - 497
2	5	MET	MET	ARG	ARG	F	F	3 - 494	6 - 497
1	6	LYS	LYS	TYR	TYR	A	A	2 - 495	5 - 498
2	6	LYS	LYS	TYR	TYR	G	G	2 - 495	5 - 498
1	7	GLU	GLU	TYR	TYR	A	A	4 - 495	7 - 498
2	7	GLU	GLU	TYR	TYR	H	H	4 - 495	7 - 498
1	8	LYS	LYS	TYR	TYR	B	B	2 - 495	5 - 498
2	8	LYS	LYS	TYR	TYR	C	C	2 - 495	5 - 498
1	9	MET	MET	ARG	ARG	B	B	3 - 494	6 - 497
2	9	MET	MET	ARG	ARG	D	D	3 - 494	6 - 497
1	10	LYS	LYS	TYR	TYR	B	B	2 - 495	5 - 498
2	10	LYS	LYS	TYR	TYR	E	E	2 - 495	5 - 498
1	11	MET	MET	ARG	ARG	B	B	3 - 494	6 - 497
2	11	MET	MET	ARG	ARG	F	F	3 - 494	6 - 497
1	12	LYS	LYS	TYR	TYR	B	B	2 - 495	5 - 498
2	12	LYS	LYS	TYR	TYR	G	G	2 - 495	5 - 498
1	13	GLU	GLU	TYR	TYR	B	B	4 - 495	7 - 498
2	13	GLU	GLU	TYR	TYR	H	H	4 - 495	7 - 498
1	14	MET	MET	TYR	TYR	C	C	3 - 495	6 - 498
2	14	MET	MET	TYR	TYR	D	D	3 - 495	6 - 498
1	15	LYS	LYS	TYR	TYR	C	C	2 - 495	5 - 498
2	15	LYS	LYS	TYR	TYR	E	E	2 - 495	5 - 498
1	16	MET	MET	TYR	TYR	C	C	3 - 495	6 - 498
2	16	MET	MET	TYR	TYR	F	F	3 - 495	6 - 498
1	17	LYS	LYS	TYR	TYR	C	C	2 - 495	5 - 498
2	17	LYS	LYS	TYR	TYR	G	G	2 - 495	5 - 498
1	18	GLU	GLU	ARG	ARG	C	C	4 - 494	7 - 497
2	18	GLU	GLU	ARG	ARG	H	H	4 - 494	7 - 497
1	19	MET	MET	TYR	TYR	D	D	3 - 495	6 - 498
2	19	MET	MET	TYR	TYR	E	E	3 - 495	6 - 498
1	20	MET	MET	TYR	TYR	D	D	3 - 495	6 - 498
2	20	MET	MET	TYR	TYR	F	F	3 - 495	6 - 498
1	21	MET	MET	ARG	ARG	D	D	3 - 494	6 - 497
2	21	MET	MET	ARG	ARG	G	G	3 - 494	6 - 497
1	22	GLU	GLU	TYR	TYR	D	D	4 - 495	7 - 498
2	22	GLU	GLU	TYR	TYR	H	H	4 - 495	7 - 498
1	23	MET	MET	TYR	TYR	E	E	3 - 495	6 - 498
2	23	MET	MET	TYR	TYR	F	F	3 - 495	6 - 498
1	24	LYS	LYS	TYR	TYR	E	E	2 - 495	5 - 498
2	24	LYS	LYS	TYR	TYR	G	G	2 - 495	5 - 498
1	25	GLU	GLU	ARG	ARG	E	E	4 - 494	7 - 497
2	25	GLU	GLU	ARG	ARG	H	H	4 - 494	7 - 497
1	26	MET	MET	ARG	ARG	F	F	3 - 494	6 - 497
2	26	MET	MET	ARG	ARG	G	G	3 - 494	6 - 497
1	27	GLU	GLU	TYR	TYR	F	F	4 - 495	7 - 498
2	27	GLU	GLU	TYR	TYR	H	H	4 - 495	7 - 498
1	28	GLU	GLU	TYR	TYR	G	G	4 - 495	7 - 498
2	28	GLU	GLU	TYR	TYR	H	H	4 - 495	7 - 498

NCSアンサンブル:

-
タンパク質 , 1種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質	Adenosylhomocysteinase 分子量: 56200.676 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Cryptosporidium parvum (strain Iowa II) (小形クリプトスポリジウム) 株: Iowa II / 遺伝子: cgd3_80 / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5CPH1, adenosylhomocysteinase

-
非ポリマー , 5種, 562分子

#2: 化合物	ChemComp-ADN / ADENOSINE / アデノシン分子量: 267.241 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₃N₅O₄
#3: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / コメント: NAD*YM
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 522 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.71 Å³/Da / 溶媒含有率: 55 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Protein: 19.7 mg/ml, 0.1M Tris HCl (pH 8.3), ADN, NAD; Screen: Classics II (G4), 0.2M Lithium sulfate, 0.1M HEPES (pH 7.5), 25% (w/v) PEG 3350.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年10月12日 / 詳細: C(111)
放射	モノクロメーター: Beryllium lenses / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.85→30 Å / Num. obs: 109105 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.8 % / B_iso Wilson estimate: 65.8 Å² / R_merge(I) obs: 0.107 / R_sym value: 0.107 / Net I/σ(I): 12.5
反射シェル	解像度: 2.85→2.9 Å / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.6 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0135	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
BALBES		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB-3OND

3ond

解像度: 2.85→29.93 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.954 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.938 / SU B: 27.837 / SU ML: 0.259 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.326 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20047	5493	5 %	RANDOM
R_work	0.173	-	-	-
obs	0.17439	103575	98.38 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 60.934 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.59 Å²	0 Å²	1.03 Å²
2-	-	-2.98 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.85 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.85→29.93 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	31050	0	548	522	32120

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.019	32211
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.007	0.02	31277
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.732	1.994	43544
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.462	3	72195
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	2.406	5	3937
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.042	25.114	1363
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.379	15	6054
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.453	15	144
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.097	0.2	4977
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.014	0.02	35539
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.012	0.02	6889
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.873	3.666	15757
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.872	3.666	15756
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.159	5.497	19691
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.158	5.497	19692
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.266	4.001	16454
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.254	3.992	16435
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.764	5.863	23824
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	5.908	29.238	36101
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	5.88	29.208	35998
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	62534	0.07
1	2	B	62534	0.07
2	1	A	61792	0.07
2	2	C	61792	0.07
3	1	A	61928	0.07
3	2	D	61928	0.07
4	1	A	62372	0.06
4	2	E	62372	0.06
5	1	A	61636	0.07
5	2	F	61636	0.07
6	1	A	62328	0.08
6	2	G	62328	0.08
7	1	A	62034	0.06
7	2	H	62034	0.06
8	1	B	61976	0.06
8	2	C	61976	0.06
9	1	B	61510	0.07
9	2	D	61510	0.07
10	1	B	61678	0.07
10	2	E	61678	0.07
11	1	B	62096	0.06
11	2	F	62096	0.06
12	1	B	62144	0.07
12	2	G	62144	0.07
13	1	B	61612	0.07
13	2	H	61612	0.07
14	1	C	61302	0.06
14	2	D	61302	0.06
15	1	C	62374	0.06
15	2	E	62374	0.06
16	1	C	61376	0.07
16	2	F	61376	0.07
17	1	C	61998	0.06
17	2	G	61998	0.06
18	1	C	61512	0.06
18	2	H	61512	0.06
19	1	D	61540	0.07
19	2	E	61540	0.07
20	1	D	62212	0.07
20	2	F	62212	0.07
21	1	D	61204	0.08
21	2	G	61204	0.08
22	1	D	61152	0.07
22	2	H	61152	0.07
23	1	E	61532	0.07
23	2	F	61532	0.07
24	1	E	61898	0.07
24	2	G	61898	0.07
25	1	E	61568	0.06
25	2	H	61568	0.06
26	1	F	61366	0.08
26	2	G	61366	0.08
27	1	F	61076	0.07
27	2	H	61076	0.07
28	1	G	61678	0.07
28	2	H	61678	0.07

LS精密化シェル

解像度: 2.85→2.923 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.305	377	-
R_work	0.276	6157	-
obs	-	-	80.52 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9409	-0.3424	-0.3445	2.1479	0.7798	1.3668	-0.0382	-0.1208	-0.2134	0.3573	0.0392	-0.0733	0.4211	0.0427	-0.001	0.1771	0.0091	-0.0701	0.0655	-0.0165	0.1502	3.5994	-15.3196	-43.8261
2	0.146	-0.0595	0.114	3.0986	0.7571	0.4767	0.0252	0.0465	-0.0757	-0.1733	-0.025	0.0886	0.1538	0.0024	-0.0002	0.2148	-0.0528	-0.0337	0.1414	-0.0203	0.2214	-2.6236	-14.1481	-54.8275
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20	0.6628	-0.2143	0.2668	1.0607	0.041	0.704	-0.0202	-0.042	-0.2875	0.0689	0.1161	0.0954	0.1953	-0.155	-0.0958	0.1657	-0.0228	-0.0379	0.0776	0.022	0.1748	27.7177	-46.6627	-105.075
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30	1.3359	0.5005	0.8176	1.0065	0.6658	0.8844	-0.0506	0.0099	0.1777	0.0744	0.0543	-0.5045	-0.0812	0.3522	-0.0037	0.2136	-0.1438	-0.1107	0.5605	0.0331	0.6901	70.9306	-5.1101	-100.0931
31	1.7096	-0.2444	0.2424	3.0496	-0.4193	1.995	-0.0915	-0.1288	-0.0255	0.2741	0.0271	-0.4501	0.091	0.3557	0.0644	0.0674	0.0132	-0.0779	0.15	-0.0115	0.1601	49.1134	-21.6398	-93.9557
32	0.6698	-0.135	-0.1091	0.8601	-0.1137	0.7626	-0.0556	0.1741	0.2555	-0.1167	0.0274	-0.4801	-0.3291	0.2299	0.0282	0.2157	-0.1237	0.0463	0.236	0.0408	0.3862	54.7918	1.7122	-117.7236

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 171
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	172 - 263
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	264 - 360
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	361 - 495
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	2 - 122
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	123 - 261
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	262 - 401
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	402 - 495
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	2 - 211
10	X-RAY DIFFRACTION	10	C	212 - 320
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	321 - 401
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	402 - 495
13	X-RAY DIFFRACTION	13	D	3 - 171
14	X-RAY DIFFRACTION	14	D	172 - 263
15	X-RAY DIFFRACTION	15	D	264 - 361
16	X-RAY DIFFRACTION	16	D	362 - 495
17	X-RAY DIFFRACTION	17	E	2 - 133
18	X-RAY DIFFRACTION	18	E	134 - 261
19	X-RAY DIFFRACTION	19	E	262 - 400
20	X-RAY DIFFRACTION	20	E	401 - 495
21	X-RAY DIFFRACTION	21	F	3 - 118
22	X-RAY DIFFRACTION	22	F	119 - 270
23	X-RAY DIFFRACTION	23	F	271 - 380
24	X-RAY DIFFRACTION	24	F	381 - 495
25	X-RAY DIFFRACTION	25	G	2 - 171
26	X-RAY DIFFRACTION	26	G	172 - 263
27	X-RAY DIFFRACTION	27	G	264 - 360
28	X-RAY DIFFRACTION	28	G	361 - 495
29	X-RAY DIFFRACTION	29	H	4 - 119
30	X-RAY DIFFRACTION	30	H	120 - 261
31	X-RAY DIFFRACTION	31	H	262 - 399
32	X-RAY DIFFRACTION	32	H	400 - 495

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

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