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- PDB-5hlt: Crystal structure of pyrene- and phenanthrene-modified DNA in com... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5hlt
タイトルCrystal structure of pyrene- and phenanthrene-modified DNA in complex with the BpuJ1 endonuclease binding domain
要素
  • DNA (5'-D(*GP*YPY*TP*AP*CP*CP*CP*GP*TP*GP*GP*A)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*CP*CP*AP*CP*GP*GP*GP*TP*AP*YPY*C)-3')
  • Restriction endonuclease R.BpuJI
キーワードHYDROLASE / Phenanthrene / Pyrene / DNA / Endonuclease
機能・相同性
機能・相同性情報


endonuclease activity
類似検索 - 分子機能
Arc Repressor Mutant, subunit A - #2080 / Arc Repressor Mutant, subunit A - #2090 / Rna Polymerase Sigma Factor; Chain: A - #180 / Restriction endonuclease, type II, BpuJI, N-terminal / Protein NO VEIN, C-terminal / Restriction endonuclease BpuJI - N terminal / Protein NO VEIN, C-terminal / Rna Polymerase Sigma Factor; Chain: A / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Restriction endonuclease R.BpuJI
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus pumilus (バクテリア)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.672 Å
データ登録者Probst, M. / Aeschimann, W. / Chau, T.-T.-H. / Langenegger, S.M. / Stocker, A. / Haener, R.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
Swiss National Science FoundationGrant 200020_149148 to RH スイス
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2016
タイトル: Structural insight into DNA-assembled oligochromophores: crystallographic analysis of pyrene- and phenanthrene-modified DNA in complex with BpuJI endonuclease.
著者: Probst, M. / Aeschimann, W. / Chau, T.T. / Langenegger, S.M. / Stocker, A. / Haner, R.
履歴
登録2016年1月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年8月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年9月14日Group: Database references
改定 1.22017年9月6日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / struct_conn / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年1月10日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Restriction endonuclease R.BpuJI
B: Restriction endonuclease R.BpuJI
L: DNA (5'-D(*GP*YPY*TP*AP*CP*CP*CP*GP*TP*GP*GP*A)-3')
M: DNA (5'-D(*TP*CP*CP*AP*CP*GP*GP*GP*TP*AP*YPY*C)-3')
C: DNA (5'-D(*GP*YPY*TP*AP*CP*CP*CP*GP*TP*GP*GP*A)-3')
D: DNA (5'-D(*TP*CP*CP*AP*CP*GP*GP*GP*TP*AP*YPY*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,5516
ポリマ－82,5516
非ポリマー00
水90150
1
A: Restriction endonuclease R.BpuJI
C: DNA (5'-D(*GP*YPY*TP*AP*CP*CP*CP*GP*TP*GP*GP*A)-3')
D: DNA (5'-D(*TP*CP*CP*AP*CP*GP*GP*GP*TP*AP*YPY*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,2753
ポリマ－41,2753
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4220 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area14760 Å2
手法PISA
2
B: Restriction endonuclease R.BpuJI
L: DNA (5'-D(*GP*YPY*TP*AP*CP*CP*CP*GP*TP*GP*GP*A)-3')
M: DNA (5'-D(*TP*CP*CP*AP*CP*GP*GP*GP*TP*AP*YPY*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,2753
ポリマ－41,2753
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4240 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area14410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.870, 85.503, 115.905
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 Restriction endonuclease R.BpuJI


分子量: 33766.219 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus pumilus (バクテリア) / 遺伝子: bpuJIR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A3FMN7
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*YPY*TP*AP*CP*CP*CP*GP*TP*GP*GP*A)-3')


分子量: 3774.573 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*CP*CP*AP*CP*GP*GP*GP*TP*AP*YPY*C)-3')


分子量: 3734.549 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 50 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.6 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: Magnesium acetate, PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1.00001 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年12月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00001 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.672→46.491 Å / Num. obs: 40071 / % possible obs: 94.5 % / 冗長度: 1.79 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 12.89
反射 シェル解像度: 2.672→2.83 Å / 冗長度: 1.71 % / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 89.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2VLA

2vla


解像度: 2.672→46.491 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.29 / 位相誤差: 25.79 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2436 1990 4.97 %Random selection
Rwork0.2007 ---
obs0.203 40025 94.55 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.672→46.491 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4402 965 0 50 5417
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0035578
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6097722
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.8152073
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.024829
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004851
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6725-2.73930.31231210.29842393X-RAY DIFFRACTION84
2.7393-2.81340.37411450.29592750X-RAY DIFFRACTION94
2.8134-2.89610.31411440.28732660X-RAY DIFFRACTION93
2.8961-2.98960.37261400.28842657X-RAY DIFFRACTION93
2.9896-3.09640.31021480.26732797X-RAY DIFFRACTION98
3.0964-3.22040.33211470.24442821X-RAY DIFFRACTION98
3.2204-3.36690.26311430.21242828X-RAY DIFFRACTION98
3.3669-3.54440.27281480.21542824X-RAY DIFFRACTION98
3.5444-3.76630.19231390.20172757X-RAY DIFFRACTION97
3.7663-4.0570.26011440.18132694X-RAY DIFFRACTION94
4.057-4.4650.24081390.16882651X-RAY DIFFRACTION92
4.465-5.11030.19231440.15932795X-RAY DIFFRACTION97
5.1103-6.43580.20561490.18522747X-RAY DIFFRACTION96
6.4358-46.49770.19791390.16692661X-RAY DIFFRACTION93
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.132-4.49083.01055.7549-3.61964.96450.1127-0.062-0.5498-1.35310.26620.94070.3939-0.2776-0.32720.4359-0.08180.01490.5065-0.09490.446199.6014-6.0391115.8506
20.33950.98211.00823.6940.96025.8718-0.16960.24810.3961-0.40620.02760.8905-0.5263-0.59530.13910.42090.0452-0.12080.56570.08820.740888.359817.6054115.4184
30.0594-0.12060.45344.53120.42144.0110.015-0.01950.10140.13970.06030.6941-0.0895-0.0881-0.070.309-0.06150.0390.53610.01270.560492.55028.8976126.5215
46.5326-0.21812.63633.59410.13494.2171-0.15780.2692-0.2265-0.24030.0941-0.06390.57640.02520.02030.4388-0.06390.0310.351-0.03650.3822103.6248-10.6717123.5978
53.4731-1.6363.06334.0028-1.76332.49110.25630.2691-0.1665-0.3180.00950.31420.69130.1255-0.23490.4795-0.01710.02860.5266-0.0460.3822107.4885-9.6349115.6208
68.22840.13121.23382.8367-0.41042.26480.0402-0.366-0.38890.12380.0960.19810.3323-0.0384-0.07280.47520.00630.05550.3591-0.02750.4285101.2025-2.4901129.2823
76.4584-2.9173.26875.5842.85516.55820.5828-0.9479-0.27810.7199-0.41710.85850.4554-1.0473-0.21750.5196-0.08990.12940.65930.08230.831984.5531.5178128.4521
87.089-4.47763.52994.6291-5.35036.99970.40020.0976-0.35710.3548-0.11831.1145-0.16860.3977-0.29620.4463-0.0190.05120.557-0.02060.389899.697632.4768136.9925
92.5720.13120.68421.8912-1.1583.0329-0.2533-0.04320.55850.01760.10780.2678-0.5005-0.33620.11420.44630.0788-0.03680.492-0.05950.701989.550848.9682139.5601
106.1774-4.57765.2275.5663-4.10144.38020.3623-0.3810.2576-0.1579-0.0488-1.15610.38240.4686-0.24230.52260.0219-0.02730.4468-0.05730.4914110.358233.8596149.8774
113.51750.51771.841.88310.31312.41220.04830.1198-0.0157-0.01720.03880.07750.26870.2632-0.10020.41160.02070.02450.44780.00630.4141107.573428.7583139.3677
124.16030.65671.36717.33552.30911.1807-0.1111-0.3140.49410.03690.0803-0.2773-0.59320.4915-0.08820.46210.0475-0.080.5478-0.00740.5269110.902442.481148.6507
135.1267-3.00530.0052.28370.17173.73010.03320.1762-0.67390.4169-0.09620.6560.0366-0.7301-0.00720.39320.02180.14440.5718-0.05940.656885.062236.0151149.3326
141.2718-0.70450.23296.32321.42176.7088-0.7450.49630.3594-0.42470.1410.494-0.226-0.57580.25580.5521-0.0278-0.15770.66770.06620.7890.308939.4958125.1173
159.68132.35485.84263.11810.17784.5452-0.0434-0.01010.1619-0.1841-0.0530.31310.2515-0.13140.10020.56840.02270.07240.55550.08720.749490.833839.2877125.7818
160.0677-0.26610.63374.75720.78264.7833-0.30570.63250.5396-0.49670.14230.97350.1222-0.71970.20230.6362-0.1228-0.29430.80930.08820.845689.01892.1919105.2047
177.63744.91841.94167.51240.2627.3835-0.55620.6936-0.5032-0.99810.66931.58140.8329-0.5376-0.20910.8039-0.0726-0.21130.6946-0.0030.777690.36221.9907106.2006
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 21 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 22 through 71 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 72 through 121 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 122 through 176 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 177 through 219 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 220 through 264 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 265 through 279 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 2 through 21 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 22 through 136 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 137 through 151 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 152 through 219 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 220 through 246 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 247 through 279 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'L' and (resid 101 through 112 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'M' and (resid 201 through 212 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 101 through 112 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 201 through 212 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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