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万見
- PDB-5hl4: Acoustic injectors for drop-on-demand serial femtosecond crystall... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5hl4
タイトルAcoustic injectors for drop-on-demand serial femtosecond crystallography
要素Ring-hydroxylating dioxygenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / RING-HYDROXYLATING DIOXYGENASE
機能・相同性
機能・相同性情報


dioxygenase activity / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / iron ion binding
類似検索 - 分子機能
Aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase, alpha subunit / Aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase, alpha subunit, C-terminal domain / Ring hydroxylating alpha subunit (catalytic domain) / Aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase, 2Fe-2S-binding site / Bacterial ring hydroxylating dioxygenases alpha-subunit signature. / Naphthalene 1,2-dioxygenase Alpha Subunit; Chain A, domain 1 / Naphthalene 1,2-dioxygenase Alpha Subunit; Chain A, domain 1 / Rieske Iron-sulfur Protein / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / 3-layer Sandwich ...Aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase, alpha subunit / Aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase, alpha subunit, C-terminal domain / Ring hydroxylating alpha subunit (catalytic domain) / Aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase, 2Fe-2S-binding site / Bacterial ring hydroxylating dioxygenases alpha-subunit signature. / Naphthalene 1,2-dioxygenase Alpha Subunit; Chain A, domain 1 / Naphthalene 1,2-dioxygenase Alpha Subunit; Chain A, domain 1 / Rieske Iron-sulfur Protein / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / 3-layer Sandwich / Rieske [2Fe-2S] domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulfur domain profile. / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / COBALT HEXAMMINE(III) / Ring-hydroxylating dioxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Sinorhizobium meliloti 1021 (根粒菌)
手法X線回折 / 自由電子レーザー / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Roessler, C.G. / Agarwal, R. / Allaire, M. / Alonso-Mori, R. / Andi, B. / Bachega, J.F.R. / Bommer, M. / Brewster, A.S. / Browne, M.C. / Chatterjee, R. ...Roessler, C.G. / Agarwal, R. / Allaire, M. / Alonso-Mori, R. / Andi, B. / Bachega, J.F.R. / Bommer, M. / Brewster, A.S. / Browne, M.C. / Chatterjee, R. / Cho, E. / Cohen, A.E. / Cowan, M. / Datwani, S. / Davidson, V.L. / Defever, J. / Eaton, B. / Ellson, R. / Feng, Y. / Ghislain, L.P. / Glownia, J.M. / Han, G. / Hattne, J. / Hellmich, J. / Heroux, A. / Ibrahim, M. / Kern, J. / Kuczewski, A. / Lemke, H.T. / Liu, P. / Majlof, L. / McClintock, W.M. / Myers, S. / Nelsen, S. / Olechno, J. / Orville, A.M. / Sauter, N.K. / Soares, A.S. / Soltis, M.S. / Song, H. / Stearns, R.G. / Tran, R. / Tsai, Y. / Uervirojnangkoorn, M. / Wilmot, C.M. / Yachandra, V. / Yano, J. / Yukl, E.T. / Zhu, D. / Zouni, A.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2016
タイトル: Acoustic Injectors for Drop-On-Demand Serial Femtosecond Crystallography.
著者: Roessler, C.G. / Agarwal, R. / Allaire, M. / Alonso-Mori, R. / Andi, B. / Bachega, J.F. / Bommer, M. / Brewster, A.S. / Browne, M.C. / Chatterjee, R. / Cho, E. / Cohen, A.E. / Cowan, M. / ...著者: Roessler, C.G. / Agarwal, R. / Allaire, M. / Alonso-Mori, R. / Andi, B. / Bachega, J.F. / Bommer, M. / Brewster, A.S. / Browne, M.C. / Chatterjee, R. / Cho, E. / Cohen, A.E. / Cowan, M. / Datwani, S. / Davidson, V.L. / Defever, J. / Eaton, B. / Ellson, R. / Feng, Y. / Ghislain, L.P. / Glownia, J.M. / Han, G. / Hattne, J. / Hellmich, J. / Heroux, A. / Ibrahim, M. / Kern, J. / Kuczewski, A. / Lemke, H.T. / Liu, P. / Majlof, L. / McClintock, W.M. / Myers, S. / Nelsen, S. / Olechno, J. / Orville, A.M. / Sauter, N.K. / Soares, A.S. / Soltis, S.M. / Song, H. / Stearns, R.G. / Tran, R. / Tsai, Y. / Uervirojnangkoorn, M. / Wilmot, C.M. / Yachandra, V. / Yano, J. / Yukl, E.T. / Zhu, D. / Zouni, A.
履歴
登録2016年1月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年1月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年4月6日Group: Database references
改定 1.22016年4月20日Group: Database references
改定 1.32018年1月24日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.42018年11月14日Group: Data collection / Source and taxonomy / カテゴリ: diffrn / entity_src_gen
Item: _diffrn.pdbx_serial_crystal_experiment / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name
改定 1.52024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.62024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ring-hydroxylating dioxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,8184
ポリマ－46,4251
非ポリマー3933
水2,414134
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area600 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area17490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)98.427, 98.427, 180.087
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number182
Space group name H-MP6322
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-503-

NCO

21A-503-

NCO

31A-503-

NCO

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要素

#1: タンパク質 Ring-hydroxylating dioxygenase


分子量: 46425.457 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Sinorhizobium meliloti 1021 (根粒菌)
株: 1021 / 遺伝子: SMa0751 / 発現宿主: Sinorhizobium meliloti 1021 (根粒菌) / 参照: UniProt: Q92ZP9
#2: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#3: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#4: 化合物 ChemComp-NCO / COBALT HEXAMMINE(III)


分子量: 161.116 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CoH18N6
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 134 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.65 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 10 mg/ml protein with 25 mM hexaamine cobalt chloride crystallized by hanging drop with precipitant 7.5% PEG 3350, 10% glycerol, and 0.1M HEPES pH 7.0.

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データ収集

回折平均測定温度: 295 K
Ambient temp details: Acoustic specimen injection into xfel beam
Serial crystal experiment: Y
放射光源由来: 自由電子レーザー / サイト: SLAC LCLS / ビームライン: XPP / 波長: 1.36 Å
検出器タイプ: CS-PAD XPP / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年6月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.36 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→90.04 Å / Num. obs: 25584 / % possible obs: 99.66 % / 冗長度: 53.6 % / Net I/σ(I): 16.5
反射 シェル解像度: 2.2→2.29 Å / 冗長度: 10.1 % / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
cctbx.xfelデータ削減
cctbx.xfelデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3vcp

3vcp


解像度: 2.2→90.04 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.85 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.756 / SU B: 11.033 / SU ML: 0.266 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.311 / ESU R Free: 0.266 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.33012 1292 4.8 %RANDOM
Rwork0.26908 ---
obs0.27204 25584 99.66 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 25.081 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.22 Å20.11 Å20 Å2
2--0.22 Å2-0 Å2
3----0.72 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→90.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3159 0 12 134 3305
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0193258
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.023026
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7661.9494440
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.88736951
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.0395395
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.3123.312154
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.50215513
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.0331523
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.2476
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0213678
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02781
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5762.5311586
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.5752.531585
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.563.7911979
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.5593.7931980
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.2772.5371672
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.2772.5371673
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.0893.7632460
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.33319.653979
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.33819.6713966
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.511 97 -
Rwork0.426 1803 -
obs--97.59 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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