PDB-5hkj: Single Chain Recombinant Globular Head of the Complement System P...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5hkj

タイトル

Single Chain Recombinant Globular Head of the Complement System Protein C1q

要素

Complement C1q subcomponent subunit A,Complement C1q subcomponent subunit C,Complement C1q subcomponent subunit B

キーワード

SIGNALING PROTEIN / gC1q domain / complement / C1q

機能・相同性

機能・相同性情報

complement component C1 complex / complement component C1q complex / negative regulation of macrophage differentiation / synapse pruning / negative regulation of granulocyte differentiation / vertebrate eye-specific patterning / complement-mediated synapse pruning / collagen trimer / complement activation / Classical antibody-mediated complement activation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.35 Å

データ登録者

Moreau, C.P. / Gaboriaud, C.

資金援助

フランス, 1件

引用

ジャーナル: Front Immunol / 年: 2016
タイトル: Structural and Functional Characterization of a Single-Chain Form of the Recognition Domain of Complement Protein C1q.
著者: Moreau, C. / Bally, I. / Chouquet, A. / Bottazzi, B. / Ghebrehiwet, B. / Gaboriaud, C. / Thielens, N.

履歴

登録	2016年1月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年3月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年3月30日	Group: Database references
改定 1.2	2017年8月30日	Group: Advisory / Author supporting evidence カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.4	2024年1月10日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5hkj.cif.gz	184.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5hkj.ent.gz	145.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5hkj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hk/5hkj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hk/5hkj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5hzfC 2wnvS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5hzf-d 5h49-d 2wnv-1 2jg8-1 2jg9-2 2jg9-1 2jg8-2 2wnu-1 5h4c-d 2wnu-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (2) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Complement C1q subcomponent subunit A,Complement C1q subcomponent subunit C,Complement C1q subcomponent subunit B

ヘテロ分子

46 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	81.115, 52.729, 89.930
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 115.22, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-831- HOH

#1: タンパク質

Complement C1q subcomponent subunit A,Complement C1q subcomponent subunit C,Complement C1q subcomponent subunit B

分子量: 45697.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: C1QA, C1QC, C1QG, C1QB / プラスミド: pcDNA3.1 / 細胞株 (発現宿主): HEK 293-F / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P02745, UniProt: P02747, UniProt: P02746

#2: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#3: 化合物

ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン

分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 231 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 35.39 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 23% PEG 3350, 0.1 M Tris, 0.2 M NaCl, 50 mM CaCl2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.976 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年6月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.35→100 Å / Num. obs: 74618 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 4.8 % / R_sym value: 0.07 / Net I/σ(I): 11.2
反射シェル	解像度: 1.35→1.4 Å / 冗長度: 3.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.53 / R_sym value: 0.671 / % possible all: 85.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2wnv

2wnv

解像度: 1.35→42.821 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 21.15 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2001	3748	5.02 %
R_work	0.175	-	-
obs	0.1763	74612	98.86 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.35→42.821 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3162	0	16	231	3409

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.013	3452
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.471	4720
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.062	1269
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.122	516
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	626

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.35-1.3671	0.359	140	0.3205	2338	X-RAY DIFFRACTION	90
1.3671-1.3851	0.3305	121	0.2839	2607	X-RAY DIFFRACTION	97
1.3851-1.4041	0.2757	150	0.2615	2546	X-RAY DIFFRACTION	99
1.4041-1.4242	0.2949	139	0.2583	2668	X-RAY DIFFRACTION	99
1.4242-1.4454	0.2392	138	0.238	2573	X-RAY DIFFRACTION	99
1.4454-1.468	0.2668	151	0.2255	2655	X-RAY DIFFRACTION	99
1.468-1.4921	0.2379	120	0.2232	2590	X-RAY DIFFRACTION	99
1.4921-1.5178	0.2791	121	0.2194	2656	X-RAY DIFFRACTION	99
1.5178-1.5454	0.2348	145	0.2095	2589	X-RAY DIFFRACTION	99
1.5454-1.5751	0.2574	142	0.1984	2635	X-RAY DIFFRACTION	99
1.5751-1.6073	0.2241	147	0.1883	2626	X-RAY DIFFRACTION	99
1.6073-1.6422	0.2066	130	0.1797	2638	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6422-1.6804	0.2151	129	0.1722	2646	X-RAY DIFFRACTION	99
1.6804-1.7225	0.1747	143	0.1762	2624	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7225-1.769	0.2297	147	0.1705	2621	X-RAY DIFFRACTION	99
1.769-1.8211	0.1942	135	0.1607	2622	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8211-1.8799	0.1969	131	0.1608	2633	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8799-1.9471	0.1776	151	0.1601	2634	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9471-2.025	0.19	155	0.1606	2640	X-RAY DIFFRACTION	100
2.025-2.1172	0.1965	140	0.1626	2642	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1172-2.2288	0.2072	155	0.1676	2621	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2288-2.3684	0.1799	133	0.1683	2641	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3684-2.5513	0.2171	123	0.1791	2694	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5513-2.808	0.206	136	0.1833	2656	X-RAY DIFFRACTION	100
2.808-3.2142	0.1869	141	0.1778	2673	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2142-4.049	0.1634	152	0.1521	2669	X-RAY DIFFRACTION	99
4.049-42.8427	0.1808	133	0.1534	2727	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.4146	0.1131	0.0546	2.8825	-0.0662	3.8355	0.0283	-0.4228	0.0052	0.4492	-0.1294	0.2359	0.0671	-0.3107	0.0477	0.0712	0.0231	0.0498	0.1657	-0.0137	0.1142	70.6994	4.0732	25.009
2	1.9923	-0.6255	-0.1492	2.2747	0.1746	0.6356	-0.0151	-0.09	-0.0345	0.0464	-0.0032	0.1241	0.031	-0.102	0.0098	0.0784	-0.0043	0.0261	0.1097	0.0005	0.1213	73.5081	2.4644	17.5814
3	2.0854	-0.0557	-0.715	1.2664	0.0124	2.0631	0.0121	0.1451	0.2388	-0.1157	0.0271	-0.0223	-0.11	0.0039	0.0476	0.0881	-0.0203	-0.0067	0.0812	0.0001	0.1386	85.7957	10.5849	8.444
4	1.8339	-0.1501	-0.0121	1.6066	-0.1088	0.7657	0.0021	0.0199	0.1644	0.0159	0.0143	-0.1342	-0.0682	0.1019	-0.0167	0.0739	-0.0082	0.0285	0.092	-0.0201	0.1192	93.1696	9.3771	10.4935
5	1.9272	-0.1502	-0.0188	2.5301	0.2172	1.3987	0.0292	-0.1189	0.2555	0.0604	0.0178	-0.0725	-0.1065	0.0098	-0.0083	0.0716	-0.0087	0.0197	0.1016	-0.0113	0.1423	89.5419	11.6011	14.3756
6	1.9504	0.1558	-0.3176	2.1906	0.4906	1.2248	-0.0445	-0.4942	0.059	0.3027	0.0539	-0.1338	0.0184	0.1765	0.007	0.1493	0.0334	-0.0147	0.2636	-0.0274	0.1156	91.7631	5.3252	30.8331

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 24 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 25 through 124 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 125 through 164 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 165 through 245 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 246 through 278 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 279 through 407 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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