PDB-5hk1: Human sigma-1 receptor bound to PD144418

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5hk1

タイトル

Human sigma-1 receptor bound to PD144418

要素

Sigma non-opioid intracellular receptor 1

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / sigma-1 receptor / transmembrane receptor / signal transduction

機能・相同性

機能・相同性情報

G protein-coupled opioid receptor activity / nuclear inner membrane / anchoring junction / lipid transport / protein homotrimerization / nuclear outer membrane / regulation of postsynapse assembly / regulation of neuron apoptotic process / lipid droplet / postsynaptic density membrane ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.5051 Å

データ登録者

Schmidt, H.R. / Zheng, S. / Gurpinar, E. / Koehl, A. / Manglik, A. / Kruse, A.C.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2016
タイトル: Crystal structure of the human sigma 1 receptor.
著者: Schmidt, H.R. / Zheng, S. / Gurpinar, E. / Koehl, A. / Manglik, A. / Kruse, A.C.

履歴

登録	2016年1月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年4月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年4月20日	Group: Database references
改定 1.2	2016年5月11日	Group: Database references
改定 1.3	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5hk1.cif.gz	281.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5hk1.ent.gz	228.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5hk1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5hk1_validation.pdf.gz	2.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5hk1_full_validation.pdf.gz	2.3 MB	表示
XML形式データ	5hk1_validation.xml.gz	29.5 KB	表示
CIF形式データ	5hk1_validation.cif.gz	38.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hk/5hk1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hk/5hk1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5hk2C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6djz-d 6dk1-d 6dk0-d 5hk2-d 6qpw-d 22600 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#217 - 2018年1月オピオイド受容体 (Opioid Receptors) 類似性 (1) #164 - 2013年8月セロトニン受容体 (Serotonin Receptor) 類似性 (1) #199 - 2016年7月モネリン (Monellin) 類似性 (1) #208 - 2017年4月グルコース輸送体 (Glucose Transporters) 類似性 (1) #27 - 2002年3月バクテリオロドプシン (Bacteriorhodopsin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Sigma non-opioid intracellular receptor 1

B: Sigma non-opioid intracellular receptor 1

C: Sigma non-opioid intracellular receptor 1

ヘテロ分子

81 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	85.556, 126.062, 109.702
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	C-304- SO4

#1: タンパク質	Sigma non-opioid intracellular receptor 1 / Aging-associated gene 8 protein / SR31747-binding protein / SR-BP / Sigma 1-type opioid receptor / hSigmaR1 分子量: 25447.879 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SIGMAR1, OPRS1, SRBP, AAG8 / プラスミド: pFastBac1 / 細胞株 (発現宿主): Sf9 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q99720
#2: 化合物	ChemComp-61W / 3-(4-methylphenyl)-5-(1-propyl-3,6-dihydro-2H-pyridin-5-yl)-1,2-oxazole / PD144418 分子量: 282.380 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₂₂N₂O
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol 分子量: 356.540 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₄₀O₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 160 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.87 Å³/Da / 溶媒含有率: 68.25 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 6.5 詳細: Reconstituted in 10:1 monoolein:cholesterol mix. Precipitant solution: 40-50% PEG 300, 220-250 mM lithium sulfoxide, 0.1 M MES pH 6.5.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 80 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.033 Å
検出器	タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年10月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→40 Å / Num. obs: 41033 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 3.46 % / R_sym value: 0.075 / Net I/σ(I): 10.1
反射シェル	解像度: 2.5→2.65 Å / 冗長度: 3.38 % / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / % possible all: 97.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
XDS		データ削減
Coot		モデル構築
SHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.5051→40 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.67 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2326	2000	4.87 %
R_work	0.1951	-	-
obs	0.197	41026	98.84 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5051→40 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5097	0	213	160	5470

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	5446
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.586	7429
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.175	1801
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.021	804
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	909

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5051-2.5677	0.3672	136	0.3511	2647	X-RAY DIFFRACTION	95
2.5677-2.6371	0.3087	140	0.3209	2744	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6371-2.7147	0.3465	142	0.3108	2771	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7147-2.8023	0.3593	142	0.2993	2782	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8023-2.9025	0.3018	142	0.2685	2764	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9025-3.0187	0.3332	142	0.2392	2753	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0187-3.156	0.2721	143	0.2135	2800	X-RAY DIFFRACTION	100
3.156-3.3224	0.2411	143	0.202	2793	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3224-3.5305	0.2318	142	0.1754	2785	X-RAY DIFFRACTION	99
3.5305-3.8029	0.2031	144	0.1652	2792	X-RAY DIFFRACTION	99
3.8029-4.1854	0.2227	144	0.1749	2804	X-RAY DIFFRACTION	99
4.1854-4.7905	0.1917	143	0.1615	2807	X-RAY DIFFRACTION	98
4.7905-6.0334	0.2294	147	0.1848	2848	X-RAY DIFFRACTION	99
6.0334-46.1839	0.2077	150	0.1928	2936	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.8835	0.2124	-0.0066	0.207	-1.068	6.183	0.9496	-0.6899	-0.2779	0.6505	-0.2365	0.0085	0.4857	-0.5699	-0.6908	0.9252	-0.3081	-0.0659	0.9137	0.1354	0.9607	28.5668	59.1178	-17.035
2	3.291	0.7478	1.7925	4.6573	2.42	3.6325	-0.2998	0.2939	0.053	-0.1824	0.3738	-0.3207	-0.1164	0.47	-0.1109	0.6401	0.0725	-0.0173	0.678	0.06	0.6738	24.606	31.8582	-44.1109
3	2.1722	0.3301	-0.5037	2.1089	-0.3781	1.4287	-0.1817	-0.1553	-0.0996	0.507	0.2707	-0.3662	-0.0337	0.2108	-0.0488	0.5214	0.0604	-0.0964	0.579	-0.0581	0.539	14.3101	33.4665	-34.3399
4	2.9623	0.6051	0.4234	0.2159	0.3137	1.6642	-0.2568	0.4117	0.3109	-0.1119	0.095	0.0286	0.1184	0.1666	0.2015	0.5538	0.0375	0.03	0.5012	-0.0284	0.6444	7.6097	40.6198	-47.3988
5	1.175	-0.2718	0.1238	1.3968	-0.0689	1.254	0.0081	-0.3631	-0.1524	0.4077	0.056	-0.2181	0.0604	-0.0268	-0.013	0.6025	0.0524	-0.0289	0.5768	-0.0309	0.4931	8.078	36.3322	-34.3882
6	8.0857	3.4253	-0.1498	4.2635	-0.094	2.7995	-0.1968	-0.5046	-0.059	0.4742	0.173	-0.5156	-0.1592	-0.1898	0.0444	0.7648	0.12	-0.2384	0.7098	-0.16	0.5334	21.7714	33.5518	-24.1017
7	5.1677	-1.3637	1.019	7.2005	-1.5213	6.8522	0.523	-0.2578	0.2472	-0.4573	-0.6433	-0.0086	-0.2697	-0.1264	0.1838	0.9211	0.0106	0.0754	0.8885	-0.0505	0.8675	-3.1069	4.2067	21.8149
8	2.537	-0.06	-0.3926	2.0662	-0.1985	1.7179	-0.1419	-0.5175	-0.6984	0.3662	0.1735	0.261	0.3588	-0.2182	-0.0611	0.747	-0.0249	0.0933	0.6543	0.1966	0.682	-12.5427	17.4771	-25.3515
9	2.9957	-1.2303	-2.029	2.4698	2.5186	8.5565	1.1786	-1.0137	0.2347	1.8953	-0.1028	-1.2474	1.4086	0.8494	-0.9298	1.5614	-0.3091	-0.2383	0.9885	0.166	0.9752	-36.7597	59.2463	-8.9444
10	2.9273	-0.7385	-1.2517	4.3778	2.6404	5.5025	0.0592	-0.1161	-0.0444	-0.3478	0.0203	0.5314	-0.2644	-0.6287	-0.0284	0.5711	0.0087	-0.1026	0.7377	0.1094	0.6965	-23.1591	53.6351	-49.7291
11	1.0908	-0.7659	-0.1696	2.6204	0.7764	1.4244	-0.0441	-0.0931	0.0795	0.1493	0.1025	0.168	0.065	-0.0941	-0.0737	0.4898	-0.0337	0.0063	0.5771	-0.0202	0.5257	-15.4253	47.3839	-38.7753

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 8 through 31 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 32 through 68 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 69 through 121 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 122 through 159 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 160 through 195 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 196 through 219 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 1 through 25 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 26 through 219 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 2 through 31 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 32 through 68 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 69 through 220 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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