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- PDB-5hjm: Crystal Structure of Pyrococcus abyssi Trm5a complexed with MTA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5hjm
タイトルCrystal Structure of Pyrococcus abyssi Trm5a complexed with MTA
要素tRNA (guanine(37)-N1)-methyltransferase Trm5a
キーワードTRANSFERASE / Methyltransferase / Trm5a / SAM / tRNA modification
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA (guanine37-N1)-methyltransferase / tRNA (guanine(37)-N1)-methyltransferase activity / tRNA N1-guanine methylation / tRNA methylation / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
tRNA methyltransferase 5, N-terminal / tRNA methyltransferase 5 N-terminal domain / Met-10+ protein-like domains / SAM-dependent methyltransferase TRM5/TYW2-type domain profile. / SAM-dependent methyltransferase TRM5/TYW2-type / TRM5/TYW2 methyltransferase domain / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / HOMOSERINE LACTONE / 5'-DEOXY-5'-METHYLTHIOADENOSINE / tRNA (guanine(37)-N(1))/4-demethylwyosine(37)-methyltransferase Taw22
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus abyssi (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.762 Å
データ登録者Xie, W. / Wang, C. / Jia, Q.
資金援助 中国, 3件
組織認可番号国
Guangdong Innovative Research Team2011Y038 中国
Science and Technology Program of Guangzhou201504010025 中国
Fundamental Research Funds for the Central Universities15lgjc02 中国
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2016
タイトル: Crystal structures of the bifunctional tRNA methyltransferase Trm5a
著者: Wang, C. / Jia, Q. / Chen, R. / Wei, Y. / Li, J. / Ma, J. / Xie, W.
履歴
登録2016年1月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年10月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: tRNA (guanine(37)-N1)-methyltransferase Trm5a
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,2164
ポリマ－40,7591
非ポリマー4573
水7,350408
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1210 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area19610 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)52.969, 55.334, 130.376
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 tRNA (guanine(37)-N1)-methyltransferase Trm5a / M1G-methyltransferase / tRNA [GM37] methyltransferase


分子量: 40758.512 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pyrococcus abyssi (strain GE5 / Orsay) (古細菌)
株: GE5 / Orsay / 遺伝子: trm5a, PYRAB01130, PAB2272 / プラスミド: pET-28a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9V2G1, tRNA (guanine37-N1)-methyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-MTA / 5'-DEOXY-5'-METHYLTHIOADENOSINE / メチルチオアデノシン


分子量: 297.334 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C11H15N5O3S
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物 ChemComp-HSL / HOMOSERINE LACTONE / L-ホモセリンラクトン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 101.104 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H7NO2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 408 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.88 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 10-15% PEG3350, 100mM HEPES, pH7.5, 100mM Ca(OAc)2 and 100mM KCl
PH範囲: 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年9月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.76→50 Å / Num. obs: 38919 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): 6.5 / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 25.1
反射 シェル解像度: 1.76→1.82 Å / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.324 / Mean I/σ(I) obs: 6.5 / % possible all: 95.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5HJK

5hjk


解像度: 1.762→36.72 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.98
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2028 1880 4.87 %
Rwork0.1761 --
obs0.1775 38622 99.74 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.762→36.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2841 0 31 408 3280
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0042929
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8973951
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.1461134
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.035446
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003503
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7616-1.80920.30121200.22112754X-RAY DIFFRACTION98
1.8092-1.86250.25421370.19812808X-RAY DIFFRACTION100
1.8625-1.92260.24821240.19282797X-RAY DIFFRACTION100
1.9226-1.99130.23521410.18942798X-RAY DIFFRACTION100
1.9913-2.0710.221400.18242806X-RAY DIFFRACTION100
2.071-2.16520.21391570.18272780X-RAY DIFFRACTION100
2.1652-2.27940.21121340.18312815X-RAY DIFFRACTION100
2.2794-2.42220.25831390.18852843X-RAY DIFFRACTION100
2.4222-2.60910.23081650.1862801X-RAY DIFFRACTION100
2.6091-2.87160.19241600.18282802X-RAY DIFFRACTION100
2.8716-3.28690.22361610.18162863X-RAY DIFFRACTION100
3.2869-4.14030.17331440.15912886X-RAY DIFFRACTION100
4.1403-36.72290.16171580.15942989X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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