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万見
- PDB-5hj2: Integrin alpha2beta1 I-domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5hj2
タイトルIntegrin alpha2beta1 I-domain
要素Integrin alpha-2
キーワードCELL ADHESION / Adhesion / signaling
機能・相同性
機能・相同性情報


collagen receptor activity / substrate-dependent cell migration / positive regulation of transmission of nerve impulse / response to parathyroid hormone / collagen binding involved in cell-matrix adhesion / integrin alpha2-beta1 complex / hypotonic response / positive regulation of cell projection organization / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in extracellular matrix, focal adhesion and epithelial-to-mesenchymal transition / skin morphogenesis ...collagen receptor activity / substrate-dependent cell migration / positive regulation of transmission of nerve impulse / response to parathyroid hormone / collagen binding involved in cell-matrix adhesion / integrin alpha2-beta1 complex / hypotonic response / positive regulation of cell projection organization / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in extracellular matrix, focal adhesion and epithelial-to-mesenchymal transition / skin morphogenesis / CHL1 interactions / response to L-ascorbic acid / collagen-activated signaling pathway / positive regulation of smooth muscle contraction / Laminin interactions / basal part of cell / positive regulation of phagocytosis, engulfment / Platelet Adhesion to exposed collagen / hepatocyte differentiation / focal adhesion assembly / mammary gland development / heparan sulfate proteoglycan binding / mesodermal cell differentiation / positive regulation of positive chemotaxis / response to amine / positive regulation of leukocyte migration / integrin complex / cell adhesion mediated by integrin / MET activates PTK2 signaling / positive regulation of smooth muscle cell migration / Syndecan interactions / response to muscle activity / cell-substrate adhesion / positive regulation of collagen biosynthetic process / positive regulation of epithelial cell migration / ECM proteoglycans / Integrin cell surface interactions / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of pain / collagen binding / laminin binding / extracellular matrix organization / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / positive regulation of cell adhesion / axon terminus / animal organ morphogenesis / cell-matrix adhesion / integrin-mediated signaling pathway / positive regulation of translation / cellular response to estradiol stimulus / female pregnancy / cellular response to mechanical stimulus / cell-cell adhesion / integrin binding / blood coagulation / amyloid-beta binding / virus receptor activity / signaling receptor activity / response to hypoxia / cell adhesion / response to xenobiotic stimulus / external side of plasma membrane / focal adhesion / protein-containing complex binding / perinuclear region of cytoplasm / cell surface / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Integrin alpha Ig-like domain 3 / von Willebrand factor, type A domain / Integrin alpha chain, C-terminal cytoplasmic region, conserved site / Integrins alpha chain signature. / Integrin alpha chain / Integrin alpha beta-propellor / : / Integrin alpha Ig-like domain 2 / FG-GAP repeat profile. ...: / Integrin alpha Ig-like domain 3 / von Willebrand factor, type A domain / Integrin alpha chain, C-terminal cytoplasmic region, conserved site / Integrins alpha chain signature. / Integrin alpha chain / Integrin alpha beta-propellor / : / Integrin alpha Ig-like domain 2 / FG-GAP repeat profile. / Integrin alpha (beta-propellor repeats). / FG-GAP repeat / FG-GAP repeat / Integrin domain superfamily / Integrin alpha, N-terminal / von Willebrand factor type A domain / VWFA domain profile. / von Willebrand factor (vWF) type A domain / von Willebrand factor, type A / von Willebrand factor A-like domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Integrin alpha-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.153 Å
データ登録者Brown, K.L. / Banerjee, S.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2018
タイトル: Salt-bridge modulates differential calcium-mediated ligand binding to integrin alpha 1- and alpha 2-I domains.
著者: Brown, K.L. / Banerjee, S. / Feigley, A. / Abe, H. / Blackwell, T.S. / Pozzi, A. / Hudson, B.G. / Zent, R.
履歴
登録2016年1月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年4月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年2月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年3月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
C: Integrin alpha-2
A: Integrin alpha-2
B: Integrin alpha-2
D: Integrin alpha-2
E: Integrin alpha-2
F: Integrin alpha-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)130,80521
ポリマ－129,8856
非ポリマー92115
水6,557364
1
C: Integrin alpha-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,6882
ポリマ－21,6471
非ポリマー401
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
A: Integrin alpha-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,9616
ポリマ－21,6471
非ポリマー3135
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
B: Integrin alpha-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,7233
ポリマ－21,6471
非ポリマー762
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Integrin alpha-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,0076
ポリマ－21,6471
非ポリマー3605
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
E: Integrin alpha-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,6882
ポリマ－21,6471
非ポリマー401
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
F: Integrin alpha-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,7402
ポリマ－21,6471
非ポリマー921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)144.066, 144.066, 130.004
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11E-159-

ASN

21A-302-

CL

31F-301-

GOL

41F-441-

HOH

51F-443-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resseq 7:20 or (resid 21 and (name...
21(chain B and (resseq 7:20 or (resid 21 and (name...
31(chain C and (resseq 7:20 or (resid 21 and (name...
41(chain D and (resseq 7:20 or (resid 21 and (name...
51(chain E and (resseq 7:20 or (resid 21 and (name...
61(chain F and (resseq 7:20 or (resid 21 and (name...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11LEULEUILEILE(chain A and (resseq 7:20 or (resid 21 and (name...AB7 - 203 - 16
12TYRTYRTYRTYR(chain A and (resseq 7:20 or (resid 21 and (name...AB2117
13SERSERGLYGLY(chain A and (resseq 7:20 or (resid 21 and (name...AB6 - 2012 - 197
14SERSERGLYGLY(chain A and (resseq 7:20 or (resid 21 and (name...AB6 - 2012 - 197
15SERSERGLYGLY(chain A and (resseq 7:20 or (resid 21 and (name...AB6 - 2012 - 197
16SERSERGLYGLY(chain A and (resseq 7:20 or (resid 21 and (name...AB6 - 2012 - 197
17SERSERGLYGLY(chain A and (resseq 7:20 or (resid 21 and (name...AB6 - 2012 - 197
18SERSERGLYGLY(chain A and (resseq 7:20 or (resid 21 and (name...AB6 - 2012 - 197
19SERSERGLYGLY(chain A and (resseq 7:20 or (resid 21 and (name...AB6 - 2012 - 197
110SERSERGLYGLY(chain A and (resseq 7:20 or (resid 21 and (name...AB6 - 2012 - 197
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22TYRTYRTYRTYR(chain B and (resseq 7:20 or (resid 21 and (name...BC2117
23SERSERGLYGLY(chain B and (resseq 7:20 or (resid 21 and (name...BC6 - 2012 - 197
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211SERSERGLYGLY(chain B and (resseq 7:20 or (resid 21 and (name...BC6 - 2012 - 197
31LEULEUILEILE(chain C and (resseq 7:20 or (resid 21 and (name...CA7 - 203 - 16
32TYRTYRTYRTYR(chain C and (resseq 7:20 or (resid 21 and (name...CA2117
33PROPROGLYGLY(chain C and (resseq 7:20 or (resid 21 and (name...CA5 - 2011 - 197
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39PROPROGLYGLY(chain C and (resseq 7:20 or (resid 21 and (name...CA5 - 2011 - 197
310PROPROGLYGLY(chain C and (resseq 7:20 or (resid 21 and (name...CA5 - 2011 - 197
311PROPROGLYGLY(chain C and (resseq 7:20 or (resid 21 and (name...CA5 - 2011 - 197
41LEULEUILEILE(chain D and (resseq 7:20 or (resid 21 and (name...DD7 - 203 - 16
42TYRTYRTYRTYR(chain D and (resseq 7:20 or (resid 21 and (name...DD2117
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48PROPROGLYGLY(chain D and (resseq 7:20 or (resid 21 and (name...DD5 - 2011 - 197
49PROPROGLYGLY(chain D and (resseq 7:20 or (resid 21 and (name...DD5 - 2011 - 197
410PROPROGLYGLY(chain D and (resseq 7:20 or (resid 21 and (name...DD5 - 2011 - 197
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51LEULEUILEILE(chain E and (resseq 7:20 or (resid 21 and (name...EE7 - 203 - 16
52TYRTYRTYRTYR(chain E and (resseq 7:20 or (resid 21 and (name...EE2117
53SERSERGLYGLY(chain E and (resseq 7:20 or (resid 21 and (name...EE6 - 2012 - 197
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57SERSERGLYGLY(chain E and (resseq 7:20 or (resid 21 and (name...EE6 - 2012 - 197
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511SERSERGLYGLY(chain E and (resseq 7:20 or (resid 21 and (name...EE6 - 2012 - 197
61LEULEUILEILE(chain F and (resseq 7:20 or (resid 21 and (name...FF7 - 203 - 16
62TYRTYRTYRTYR(chain F and (resseq 7:20 or (resid 21 and (name...FF2117
63LEULEUGLYGLY(chain F and (resseq 7:20 or (resid 21 and (name...FF7 - 2013 - 197
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611LEULEUGLYGLY(chain F and (resseq 7:20 or (resid 21 and (name...FF7 - 2013 - 197

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要素

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タンパク質 , 1種, 6分子 CABDEF

#1: タンパク質
Integrin alpha-2 / CD49 antigen-like family member B / Collagen receptor / Platelet membrane glycoprotein Ia / GPIa / ...CD49 antigen-like family member B / Collagen receptor / Platelet membrane glycoprotein Ia / GPIa / VLA-2 subunit alpha


分子量: 21647.459 Da / 分子数: 6 / 断片: VWFA domain residues 170-366 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ITGA2, CD49B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P17301

-
非ポリマー , 6種, 379分子

#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 364 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.63 %
結晶化温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 8000, HEPES, calcium chloride, glycerol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年12月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→150 Å / Num. obs: 74386 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 8 % / Net I/σ(I): 11.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2155)精密化
HKL-2000データ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 2.153→101.87 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.84 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2835 1999 2.71 %
Rwork0.2341 --
obs0.2354 73728 99.13 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.153→101.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9094 0 43 364 9501
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.019264
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.25112540
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.0465528
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0681447
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071614
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A4729X-RAY DIFFRACTION11.26TORSIONAL
12B4729X-RAY DIFFRACTION11.26TORSIONAL
13C4729X-RAY DIFFRACTION11.26TORSIONAL
14D4729X-RAY DIFFRACTION11.26TORSIONAL
15E4729X-RAY DIFFRACTION11.26TORSIONAL
16F4729X-RAY DIFFRACTION11.26TORSIONAL

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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