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- PDB-5hgd: HLA*A2402 complexed with HIV nef138 Y2F mutant 10mer epitope -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5hgd
タイトルHLA*A2402 complexed with HIV nef138 Y2F mutant 10mer epitope
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • HLA class I histocompatibility antigen, A-24 alpha chain
  • Protein Nef
キーワードIMMUNE SYSTEM / HLA / Antigen presentation / HIV
機能・相同性
機能・相同性情報


Nef mediated downregulation of CD28 cell surface expression / Late Phase of HIV Life Cycle / Nef Mediated CD8 Down-regulation / symbiont-mediated suppression of host antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / symbiont-mediated suppression of host antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class II / symbiont-mediated suppression of host autophagy / Nef Mediated CD4 Down-regulation / Nef and signal transduction / positive regulation of memory T cell activation / T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target ...Nef mediated downregulation of CD28 cell surface expression / Late Phase of HIV Life Cycle / Nef Mediated CD8 Down-regulation / symbiont-mediated suppression of host antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / symbiont-mediated suppression of host antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class II / symbiont-mediated suppression of host autophagy / Nef Mediated CD4 Down-regulation / Nef and signal transduction / positive regulation of memory T cell activation / T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / TAP complex binding / Golgi medial cisterna / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / CD8-positive, alpha-beta T cell activation / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / Uncoating of the HIV Virion / CD8 receptor binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / beta-2-microglobulin binding / endoplasmic reticulum exit site / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / TAP binding / host cell Golgi membrane / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / Binding and entry of HIV virion / detection of bacterium / T cell receptor binding / negative regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / Assembly Of The HIV Virion / transferrin transport / cellular response to iron ion / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / Endosomal/Vacuolar pathway / Budding and maturation of HIV virion / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / cellular response to iron(III) ion / MHC class II protein complex / negative regulation of forebrain neuron differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / MHC class I protein complex / positive regulation of T cell activation / peptide antigen binding / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / negative regulation of neurogenesis / SH3 domain binding / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / cellular response to nicotine / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / virion component / Interferon alpha/beta signaling / Modulation by Mtb of host immune system / specific granule lumen / positive regulation of type II interferon production / phagocytic vesicle membrane / recycling endosome membrane / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interferon gamma signaling / negative regulation of epithelial cell proliferation / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / sensory perception of smell / antibacterial humoral response / positive regulation of cellular senescence / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / T cell differentiation in thymus / ER-Phagosome pathway / T cell receptor signaling pathway / negative regulation of neuron projection development / protein refolding / early endosome membrane / protein homotetramerization / amyloid fibril formation / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / defense response to Gram-positive bacterium / immune response / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / Golgi membrane / signaling receptor binding
類似検索 - 分子機能
HIV-1 Nef protein, anchor domain superfamily / HIV negative factor Nef / HIV-1 Nef protein, core domain superfamily / Negative factor, (F-Protein) or Nef / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 ...HIV-1 Nef protein, anchor domain superfamily / HIV negative factor Nef / HIV-1 Nef protein, core domain superfamily / Negative factor, (F-Protein) or Nef / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain / Protein Nef / HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain / Protein Nef / Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Human immunodeficiency virus type 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.07 Å
データ登録者Shi, Y. / Qi, J. / Gao, G.F.
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2016
タイトル: Effects of a Single Escape Mutation on T Cell and HIV-1 Co-adaptation.
著者: Sun, X. / Shi, Y. / Akahoshi, T. / Fujiwara, M. / Gatanaga, H. / Schonbach, C. / Kuse, N. / Appay, V. / Gao, G.F. / Oka, S. / Takiguchi, M.
履歴
登録2016年1月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年6月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月18日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: citation / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HLA class I histocompatibility antigen, A-24 alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: Protein Nef
D: HLA class I histocompatibility antigen, A-24 alpha chain
E: Beta-2-microglobulin
F: Protein Nef


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,6746
ポリマ－89,6746
非ポリマー00
水13,709761
1
A: HLA class I histocompatibility antigen, A-24 alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: Protein Nef


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,8373
ポリマ－44,8373
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4360 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area19320 Å2
手法PISA
2
D: HLA class I histocompatibility antigen, A-24 alpha chain
E: Beta-2-microglobulin
F: Protein Nef


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,8373
ポリマ－44,8373
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4330 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area19230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.655, 65.741, 87.519
Angle α, β, γ (deg.)67.97, 89.80, 89.89
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 HLA class I histocompatibility antigen, A-24 alpha chain / Aw-24 / HLA class I histocompatibility antigen / A-9 alpha chain / MHC class I antigen A*24


分子量: 31683.086 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 25-298 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-A, HLAA
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: P05534, UniProt: P04439*PLUS
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11879.356 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: P61769
#3: タンパク質・ペプチド Protein Nef / 3'ORF / Negative factor / F-protein


分子量: 1274.511 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 135-144 / Mutation: Y2F / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Human immunodeficiency virus type 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
参照: UniProt: P18801, UniProt: P04601*PLUS
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 761 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.17 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M MES monohydrate pH 6.5, 12% w/v Polyethylene glycol 20000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年4月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.07→50 Å / Num. obs: 63675 / % possible obs: 89.9 % / 冗長度: 2.8 % / Net I/σ(I): 20.923
反射 シェル解像度: 2.07→2.14 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.217 / Mean I/σ(I) obs: 7.358 / % possible all: 91.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.5_2精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2BCK

2bck


解像度: 2.07→20.094 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.07 / 位相誤差: 22.43 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2242 3092 5.05 %
Rwork0.1839 --
obs0.1859 61282 86.54 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 40.018 Å2 / ksol: 0.378 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.7378 Å20.9989 Å2-3.4933 Å2
2--5.5947 Å20.7874 Å2
3----2.8569 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.07→20.094 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6298 0 0 761 7059
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0046480
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8438772
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.752350
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.061886
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031154
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.999-2.03020.23571290.1942545X-RAY DIFFRACTION81
2.0302-2.06350.24571440.19842460X-RAY DIFFRACTION82
2.0635-2.0990.27281240.20892613X-RAY DIFFRACTION86
2.099-2.13720.23971680.18872630X-RAY DIFFRACTION87
2.1372-2.17820.23221430.17812663X-RAY DIFFRACTION87
2.1782-2.22260.25561250.20112510X-RAY DIFFRACTION83
2.2226-2.27090.2855580.24211050X-RAY DIFFRACTION34
2.2709-2.32360.22671300.19762546X-RAY DIFFRACTION82
2.3236-2.38170.21811360.19692708X-RAY DIFFRACTION90
2.3817-2.4460.27571650.19552783X-RAY DIFFRACTION90
2.446-2.51780.26821300.19122815X-RAY DIFFRACTION91
2.5178-2.59890.25251600.19832765X-RAY DIFFRACTION92
2.5989-2.69160.25121490.18942850X-RAY DIFFRACTION93
2.6916-2.79910.28741680.18732871X-RAY DIFFRACTION93
2.7991-2.92610.23161660.18922814X-RAY DIFFRACTION94
2.9261-3.07990.25921180.1922939X-RAY DIFFRACTION95
3.0799-3.27210.2161470.17922983X-RAY DIFFRACTION96
3.2721-3.52350.23881510.1782866X-RAY DIFFRACTION94
3.5235-3.87570.16741290.16342150X-RAY DIFFRACTION71
3.8757-4.43130.16051410.14772726X-RAY DIFFRACTION90
4.4313-5.56330.18651650.15343010X-RAY DIFFRACTION98
5.5633-20.09460.19781460.18122893X-RAY DIFFRACTION95
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -24.9916 Å / Origin y: -15.7381 Å / Origin z: -40.6074 Å
111213212223313233
T0.1501 Å2-0.0085 Å20.0062 Å2-0.1619 Å2-0.0005 Å2--0.1618 Å2
L0.0635 °2-0.069 °20.0423 °2-0.1081 °2-0.0339 °2--0.086 °2
S0.0033 Å °0.0088 Å °0.0031 Å °-0.0044 Å °-0.0044 Å °-0.0014 Å °0.0077 Å °0.0056 Å °-0 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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