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- PDB-5hg0: Crystal Structure of Pantoate-beta-alanine Ligase from Francisell... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5hg0
タイトルCrystal Structure of Pantoate-beta-alanine Ligase from Francisella tularensis complex with SAM
要素Pantothenate synthetase
キーワードLIGASE / Pantoate-beta-alanine Ligase / Sructural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID
機能・相同性
機能・相同性情報


pantoate-beta-alanine ligase (AMP-forming) / pantoate-beta-alanine ligase activity / pantothenate biosynthetic process / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Pantoate-beta-alanine ligase, C-terminal domain / Pantoate-beta-alanine ligase / Pantoate-beta-alanine ligase, C-terminal domain / Pantoate-beta-alanine ligase / Pantoate--beta-alanine Ligase; Chain: A,domain 2 / Cytidyltransferase-like domain / HUPs / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich ...Pantoate-beta-alanine ligase, C-terminal domain / Pantoate-beta-alanine ligase / Pantoate-beta-alanine ligase, C-terminal domain / Pantoate-beta-alanine ligase / Pantoate--beta-alanine Ligase; Chain: A,domain 2 / Cytidyltransferase-like domain / HUPs / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
S-ADENOSYLMETHIONINE / Pantothenate synthetase
類似検索 - 構成要素
生物種Francisella tularensis subsp. tularensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Chang, C. / Maltseva, N. / Kim, Y. / Papazisi, L. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of Pantoate-beta-alanine Ligase from Francisella tularensis complex with SAM
著者: Chang, C. / Maltseva, N. / Kim, Y. / Papazisi, L. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2016年1月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年1月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年9月21日Group: Structure summary
改定 1.22016年12月28日Group: Structure summary
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pantothenate synthetase
B: Pantothenate synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,2154
ポリマ－60,4182
非ポリマー7972
水1,982110
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2610 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area22840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.366, 47.366, 257.683
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number78
Space group name H-MP43

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要素

#1: タンパク質 Pantothenate synthetase / PS / Pantoate--beta-alanine ligase / Pantoate-activating enzyme


分子量: 30209.178 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: N-terminal cloning artifact SNA
由来: (組換発現) Francisella tularensis subsp. tularensis (strain SCHU S4 / Schu 4) (バクテリア)
株: SCHU S4 / Schu 4 / 遺伝子: panC, FTT_1390 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q5NF57, pantoate-beta-alanine ligase (AMP-forming)
#2: 化合物 ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE


分子量: 398.437 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H22N6O5S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 110 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.9 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.2 M Sodium Tartrate, 20 % PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97929 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97929 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. all: 22727 / Num. obs: 22563 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 31.02 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.086 / Rpim(I) all: 0.04 / Rrim(I) all: 0.095 / Χ2: 0.799 / Net I/av σ(I): 14.884 / Net I/σ(I): 8.9 / Num. measured all: 113566
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.4-2.443.90.86210810.5810.4650.9830.74298.3
2.44-2.494.30.79811460.6470.4050.8980.80397.6
2.49-2.534.80.86711100.630.4240.9690.78299.4
2.53-2.5950.68811330.7470.3250.7640.77699.1
2.59-2.645.20.63811170.7010.2990.7070.7999
2.64-2.75.30.62711110.7930.2840.690.79899.4
2.7-2.775.40.48811360.8630.2210.5370.82199.5
2.77-2.855.40.38911270.870.1770.4290.80999.6
2.85-2.935.30.28311310.9190.1290.3130.77799.7
2.93-3.025.30.22811330.9350.1030.2520.82499.6
3.02-3.135.30.18111310.9410.0830.20.84399.8
3.13-3.265.20.14411070.9580.0660.1590.8799.7
3.26-3.4150.10711710.9410.050.1190.8699.9
3.41-3.585.10.09211160.9660.0430.1020.94199.7
3.58-3.8150.07511310.9710.0340.0830.86399.6
3.81-4.14.90.06711290.9710.0310.0740.87199.6
4.1-4.524.80.06211350.9790.0290.0690.82199.6
4.52-5.174.80.0611320.9770.0280.0670.78599.1
5.17-6.514.90.05211120.9780.0240.0580.6198.1
6.51-505.90.0511740.9910.0220.0550.60599.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-3000データ削減
MOLREP位相決定
SBC-Collectデータ収集
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3N8H

3n8h


解像度: 2.4→47.366 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.44 / 位相誤差: 25.53 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2348 1100 5.28 %
Rwork0.1839 34584 -
obs0.1865 20806 81.16 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 115.67 Å2 / Biso mean: 41.9208 Å2 / Biso min: 2.85 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.4→47.366 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4149 0 54 110 4313
Biso mean--44.17 35.56 -
残基数----523
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0034289
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5535815
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044680
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003745
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.0522641
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.4-2.43770.3137320.259853156318
2.4377-2.50360.3127760.26281399147545
2.5036-2.57720.36191150.25322000211565
2.5772-2.66040.33321390.25722317245677
2.6604-2.75550.33211380.25182706284488
2.7555-2.86580.30251660.23852750291692
2.8658-2.99620.2551990.2232824302393
2.9962-3.15420.27241560.21322852300893
3.1542-3.35170.23851940.19252802299694
3.3517-3.61040.2631370.17372844298193
3.6104-3.97360.22491650.15892880304594
3.9736-4.54820.16441620.14032830299294
4.5482-5.72870.19451350.1482876301194
5.7287-47.37540.16611150.16342973308896
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.31560.09590.22381.9382-0.13251.73430.164-0.2698-0.2579-0.0909-0.1797-0.38170.5298-0.3644-0.02880.2721-0.1777-0.11820.27310.06860.238312.5552-16.606394.1292
21.73180.52590.43321.82160.14411.5555-0.1608-0.07010.1095-0.08630.18470.44660.1725-0.57860.03620.2502-0.1242-0.04930.46450.07890.30943.905-8.322292.3537
31.0515-0.8049-0.28450.8570.36662.8904-0.26560.15360.38610.12460.04290.0827-0.3101-0.4725-0.07870.26570.009-0.12450.35190.05810.202616.42050.3354105.3432
40.67820.2198-0.20770.2994-0.04171.0211-0.23120.09910.13990.0139-0.10710.0192-0.1195-0.3276-0.15580.176-0.0644-0.19670.30160.10430.262818.5150.713397.3435
51.4881-0.26070.53342.9437-0.03191.1587-0.01520.2684-0.1275-0.1708-0.4096-0.21660.08630.28580.07160.2535-0.0569-0.02390.19390.02730.24321.1486-8.441589.5876
60.2955-0.28320.1420.96050.06451.8536-0.09310.0795-0.05350.03330.03170.0328-0.05770.12280.01890.1827-0.0462-0.05370.19130.09580.221818.5572-4.393687.4924
76.54260.25940.492.6392-0.09340.4030.07250.40370.1546-0.5985-0.06020.4489-0.4328-0.2524-0.02230.4619-0.038-0.13950.31010.01990.29278.53297.391871.1314
81.8256-0.5437-0.22521.25260.45971.50810.16010.18150.3761-0.3827-0.1916-0.2386-0.4737-0.1613-0.12520.4918-0.145-0.02670.40590.21090.420417.697516.13972.3071
93.83620.00960.19532.8032-0.41122.0175-0.31950.13140.34440.1594-0.1359-0.3362-0.42120.2690.14230.2701-0.0665-0.08560.28680.10170.357517.55558.060679.7292
102.4015-0.4514-0.07411.8157-0.17973.76080.30840.599-0.3359-0.4246-0.1120.20430.46010.1-0.02980.40560.1608-0.02420.35410.03590.330338.5298-20.138110.8771
111.5109-0.31850.96061.01640.1072.8858-0.16330.02690.27350.1404-0.0674-0.1293-0.05970.24710.0970.1233-0.0181-0.0410.1530.09520.206133.9825-5.0717118.6297
121.96590.56282.03651.0083-0.35113.6321-0.0681-0.26120.124-0.01370.04050.19520.2006-0.53350.00220.1765-0.0724-0.00670.28060.03850.197320.7808-8.4927117.9496
131.5017-0.362-1.31691.6253-1.32382.8966-0.2412-0.02620.09710.0697-0.2717-0.724-0.1330.23850.07540.24130.0369-0.03330.26050.03890.28737.09170.3784134.757
141.8486-1.86270.03832.8127-0.04920.7611-0.6767-0.68660.54381.08190.3879-0.2418-0.324-0.0182-0.21530.69680.2853-0.14230.3454-0.15470.406929.55511.344142.6605
153.43790.4772-0.38783.0696-0.00782.6477-0.20930.06960.27210.0702-0.17050.0412-0.4614-0.49830.11230.29230.0589-0.11280.2979-0.04370.404826.49036.9965134.2845
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 0 through 60 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 61 through 93 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 94 through 112 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 113 through 139 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 140 through 152 )A0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 153 through 192 )A0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 193 through 208 )A0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 209 through 224 )A0
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 225 through 260 )A0
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 0 through 22 )B0
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 23 through 152 )B0
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 153 through 173 )B0
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 174 through 192 )B0
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 193 through 224 )B0
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 225 through 261 )B0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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