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Yorodumi- PDB-5hg0: Crystal Structure of Pantoate-beta-alanine Ligase from Francisell... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5hg0 | ||||||
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Title | Crystal Structure of Pantoate-beta-alanine Ligase from Francisella tularensis complex with SAM | ||||||
Components | Pantothenate synthetase | ||||||
Keywords | LIGASE / Pantoate-beta-alanine Ligase / Sructural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID | ||||||
Function / homology | Function and homology information pantoate-beta-alanine ligase (AMP-forming) / pantoate-beta-alanine ligase activity / pantothenate biosynthetic process / ATP binding / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Francisella tularensis subsp. tularensis (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.4 Å | ||||||
Authors | Chang, C. / Maltseva, N. / Kim, Y. / Papazisi, L. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
Citation | Journal: To Be Published Title: Crystal Structure of Pantoate-beta-alanine Ligase from Francisella tularensis complex with SAM Authors: Chang, C. / Maltseva, N. / Kim, Y. / Papazisi, L. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5hg0.cif.gz | 228.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5hg0.ent.gz | 183.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5hg0.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hg/5hg0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hg/5hg0 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 3n8hS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 30209.178 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: N-terminal cloning artifact SNA Source: (gene. exp.) Francisella tularensis subsp. tularensis (strain SCHU S4 / Schu 4) (bacteria) Strain: SCHU S4 / Schu 4 / Gene: panC, FTT_1390 / Plasmid: pMCSG7 / Production host: Escherichia coli (E. coli) References: UniProt: Q5NF57, pantoate-beta-alanine ligase (AMP-forming) #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.41 Å3/Da / Density % sol: 48.9 % |
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Crystal grow | Temperature: 297 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 / Details: 0.2 M Sodium Tartrate, 20 % PEG3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.97929 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Apr 24, 2010 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97929 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.4→50 Å / Num. all: 22727 / Num. obs: 22563 / % possible obs: 99.3 % / Redundancy: 5 % / Biso Wilson estimate: 31.02 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.086 / Rpim(I) all: 0.04 / Rrim(I) all: 0.095 / Χ2: 0.799 / Net I/av σ(I): 14.884 / Net I/σ(I): 8.9 / Num. measured all: 113566 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3N8H Resolution: 2.4→47.366 Å / SU ML: 0.3 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.44 / Phase error: 25.53 / Stereochemistry target values: MLHL
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 115.67 Å2 / Biso mean: 41.9208 Å2 / Biso min: 2.85 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.4→47.366 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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