PDB-5hf7: TDG enzyme-substrate complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5hf7

タイトル

TDG enzyme-substrate complex

要素

(DNA (28-MER)) x 2
G/T mismatch-specific thymine DNA glycosylase

キーワード

HYDROLASE/DNA / protein-DNA complex / HYDROLASE-DNA complex

機能・相同性

機能・相同性情報

thymine-DNA glycosylase / G/T mismatch-specific thymine-DNA glycosylase activity / G/U mismatch-specific uracil-DNA glycosylase activity / TET1,2,3 and TDG demethylate DNA / pyrimidine-specific mismatch base pair DNA N-glycosylase activity / base-excision repair, AP site formation / depyrimidination / sodium ion binding / DNA N-glycosylase activity / mismatched DNA binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)
unidentified (未定義)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.54 Å

データ登録者

Pozharski, E. / Malik, S.S. / Drohat, A.C.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2016
タイトル: Structural basis of damage recognition by thymine DNA glycosylase: Key roles for N-terminal residues.
著者: Coey, C.T. / Malik, S.S. / Pidugu, L.S. / Varney, K.M. / Pozharski, E. / Drohat, A.C.

履歴

登録	2016年1月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年9月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年12月14日	Group: Database references
改定 1.2	2017年9月20日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2019年12月25日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hf/5hf7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hf/5hf7	HTTPS FTP

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RNAポリメラーゼ (RNA Polymerase)
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トポイソメラーゼ (Topoisomerase)
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ジンクフィンガー (Zinc Fingers)
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#55 - 2004年7月
DNAリガーゼ (DNA Ligase)
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アクチノマイシン (Actinomycin)
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類似性 (1)
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核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex)
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登録構造単位

A: G/T mismatch-specific thymine DNA glycosylase

C: DNA (28-MER)

D: DNA (28-MER)

43.1 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	97.030, 52.750, 81.340
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 95.18, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	G/T mismatch-specific thymine DNA glycosylase / Thymine-DNA glycosylase / hTDG 分子量: 25859.010 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TDG / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q13569, thymine-DNA glycosylase
#2: DNA鎖	DNA (28-MER) 分子量: 8646.565 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) unidentified (未定義)
#3: DNA鎖	DNA (28-MER) 分子量: 8585.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) unidentified (未定義)
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 328 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.41 Å³/Da / 溶媒含有率: 49 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 0.2 M Ammonium chloride, 20% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年10月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.54→32.51 Å / B_iso Wilson estimate: 25.82 Å²
反射シェル	解像度: 1.54→1.57 Å / 冗長度: 4.5 % / Mean I/σ(I) obs: 0.5 / % possible all: 94.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.10.1	精密化
XDS		データ削減
Aimless	0.5.9	データスケーリング

精密化

解像度: 1.54→32.51 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.9629 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.9548 / SU R Cruickshank DPI: 0.073 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.08 / SU R_free Blow DPI: 0.081 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.075

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2143	2942	4.96 %	RANDOM
R_work	0.1858	-	-	-
obs	0.1872	59281	97.62 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 44.43 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-7.1849 Å²	0 Å²	1.2458 Å²
2-	-	1.9443 Å²	0 Å²
3-	-	-	5.2406 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.522 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.54→32.51 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1603	1143	0	328	3074

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.01	2932	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	0.98	4213	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		860	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		39	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		314	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		2932	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	3.56
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	20.7
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		379	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		3292	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 1.54→1.58 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2729	169	4.76 %
R_work	0.2765	3378	-
all	0.2763	3547	-
obs	-	-	97.62 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.4448	0.5952	3.224	2.7219	1.4388	6.5167	0.2418	-0.0608	-0.3579	-0.0876	-0.1817	0.3012	0.1586	-0.682	-0.06	0.3129	-0.0281	-0.0373	0.0565	-0.0042	0.0747	15.497	0.5074	49.5293
2	1.4576	0.2552	0.2314	3.0685	0.4223	1.5962	0.0326	0.0986	-0.1129	-0.1031	-0.0725	-0.3978	0.122	0.1018	0.0399	0.1671	-0.0025	-0.0419	-0.0361	0.0163	-0.0012	28.904	7.3335	53.0679
3	2.1869	3.4321	-0.447	6.4725	0.9752	9.8224	-0.3154	0.1854	-0.218	-0.5531	0.187	-0.6516	-0.0442	0.4967	0.1284	0.3512	-0.0227	0.036	0.0697	0.0358	0.1025	34.5802	15.9063	44.2687
4	5.4179	-2.2969	2.7124	1.0264	0.1502	4.5019	0.0987	0.2155	-0.1326	-0.2169	-0.0423	-0.2423	0.0756	0.2216	-0.0564	0.3568	0.0308	0.0467	0.0739	0.0079	0.1554	35.7835	5.3674	46.112
5	5.869	0.059	0.866	3.0068	0.4607	1.4347	0.0522	-0.0911	-0.1249	0.1985	-0.1068	-0.1868	0.077	-0.1354	0.0546	0.2076	-0.0109	-0.0301	-0.0166	0.0106	-0.0533	25.0948	8.0563	57.8445
6	7.2216	-0.7732	2.3246	2.134	-0.3423	0.8772	0.0957	-0.2833	-0.2051	0.3737	-0.2118	0.1622	-0.0045	-0.3514	0.1161	0.4362	-0.043	-0.0038	0.185	0.0041	-0.0338	20.0772	7.6584	69.4057
7	1.8168	0.7241	0.1433	3.9687	0.4225	1.8705	0.044	-0.2043	-0.0357	0.7813	-0.188	-0.4537	-0.1378	0.0584	0.144	0.3381	-0.03	-0.177	0.0355	0.0465	0.053	33.3295	15.6409	66.9936
8	4.3431	0.6835	1.3642	1.8252	0.1161	1.5497	-0.1709	0.1316	0.2932	-0.0565	-0.0682	-0.2167	-0.3872	0.1087	0.2392	0.2322	-0.0406	-0.0973	-0.0317	0.0448	-0.0031	28.7895	23.1752	51.8226
9	7.1016	-0.3952	2.7709	4.8726	1.3382	4.9384	-0.0501	-0.1064	-0.0347	0.1878	0.1146	-0.2757	-0.1794	0.2694	-0.0645	0.173	-0.0172	-0.0265	0.1748	0.1231	0.3147	46.9768	19.4312	56.6108
10	6.3595	-4.8282	-2.1068	4.8687	-1.2284	5.5257	0.1123	-0.3363	-0.1409	0.3808	0.4545	-0.8197	0.5256	0.4563	-0.5667	0.7957	0.1573	-0.0254	0.7384	-0.2583	0.3073	12.1285	27.1814	75.7652
11	7.8357	1.0396	-3.4547	4.5048	-1.0892	12.6102	-0.0619	0.2158	0.4515	0.1255	-0.0201	0.309	-0.4305	-0.6143	0.082	0.2989	-0.0002	-0.1541	0.109	0.008	0.1242	13.1729	23.3522	49.2191
12	1.4216	-0.7647	0.6288	2.8994	0.7349	9.944	0.0946	0.0226	0.0117	-0.444	-0.0186	0.2458	-0.3266	-0.0514	-0.076	0.4732	-0.0174	-0.2024	0.0622	-0.0025	0.1242	5.8843	10.081	20.4526
13	13.6942	-4.1978	3.5958	7.0538	-4.4811	6.9428	0.1782	0.0903	0.4566	0.0552	0.1213	0.7799	-0.5344	-0.4008	-0.2995	0.5667	0.1231	-0.3011	0.3021	-0.0459	0.2121	-3.116	8.6054	7.1411
14	4.0387	-2.8536	0.4338	13.3224	1.2137	6.5509	0.1513	-0.1653	0.0176	-0.0481	-0.0226	-0.0515	-0.2753	-0.2422	-0.1287	0.4685	0.0135	-0.1892	-0.0372	-0.0231	0.0267	7.2073	6.6423	19.3034
15	3.1041	0.3024	1.5623	4.8889	-4.2553	9.432	0.1299	-0.5578	0.1802	-0.0716	0.4011	0.1168	-0.7554	-0.7014	-0.531	0.3748	-0.0479	-0.0739	0.1945	-0.047	0.1577	8.516	17.1007	35.7455
16	8.7119	-2.165	-5.5494	0.9825	4.8301	0.326	-0.0272	-0.5912	0.5402	0.8156	-0.0598	0.37	-0.9505	-0.686	0.087	0.3772	0.1396	0.0216	0.2175	-0.0431	0.0367	15.0511	22.8985	60.2246
17	11.8479	0.6671	1.1673	9.5565	-0.0911	7.4404	0.516	-0.2125	-1.5549	-0.0539	0.4839	0.3796	0.8031	-0.5886	-0.9999	0.8002	0.0817	-0.0271	0.5571	-0.2251	0.1646	8.5235	26.3105	81.3511

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|107 - A\|126 }
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ A\|127 - A\|158 }
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{ A\|159 - A\|173 }
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{ A\|174 - A\|184 }
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{ A\|185 - A\|201 }
6	X-RAY DIFFRACTION	6	{ A\|202 - A\|213 }
7	X-RAY DIFFRACTION	7	{ A\|214 - A\|269 }
8	X-RAY DIFFRACTION	8	{ A\|270 - A\|295 }
9	X-RAY DIFFRACTION	9	{ A\|296 - A\|301 }
10	X-RAY DIFFRACTION	10	{ C\|1 - C\|8 }
11	X-RAY DIFFRACTION	11	{ C\|9 - C\|15 }
12	X-RAY DIFFRACTION	12	{ C\|16 - C\|28 }
13	X-RAY DIFFRACTION	13	{ D\|1 - D\|4 }
14	X-RAY DIFFRACTION	14	{ D\|5 - D\|8 }
15	X-RAY DIFFRACTION	15	{ D\|9 - D\|15 }
16	X-RAY DIFFRACTION	16	{ D\|16 - D\|23 }
17	X-RAY DIFFRACTION	17	{ D\|24 - D\|28 }

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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