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万見
- PDB-5hex: Crystal Structure of Human Hexokinase 2 with cmpd 30, a 2-amino-6... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5hex
タイトルCrystal Structure of Human Hexokinase 2 with cmpd 30, a 2-amino-6-benzenesulfonamide glucosamine
要素Hexokinase-2
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / inhibitor complex / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of mitochondrial membrane permeability / hexokinase activity / maintenance of protein location in mitochondrion / regulation of D-glucose import / : / establishment of protein localization to mitochondrion / hexokinase / fructokinase activity / carbohydrate phosphorylation / glucokinase activity ...negative regulation of mitochondrial membrane permeability / hexokinase activity / maintenance of protein location in mitochondrion / regulation of D-glucose import / : / establishment of protein localization to mitochondrion / hexokinase / fructokinase activity / carbohydrate phosphorylation / glucokinase activity / glucose 6-phosphate metabolic process / D-glucose binding / fructose 6-phosphate metabolic process / canonical glycolysis / Glycolysis / intracellular glucose homeostasis / apoptotic mitochondrial changes / negative regulation of reactive oxygen species metabolic process / lactation / sarcoplasmic reticulum / cellular response to leukemia inhibitory factor / response to ischemia / glycolytic process / positive regulation of angiogenesis / glucose metabolic process / mitochondrial outer membrane / response to hypoxia / intracellular membrane-bounded organelle / centrosome / mitochondrion / ATP binding / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Hexokinase; domain 1 / Hexokinase; domain 1 - #20 / Hexokinase / Hexokinase, binding site / Hexokinase, N-terminal / Hexokinase, C-terminal / Hexokinase / Hexokinase / Hexokinase domain signature. / Hexokinase domain profile. ...Hexokinase; domain 1 / Hexokinase; domain 1 - #20 / Hexokinase / Hexokinase, binding site / Hexokinase, N-terminal / Hexokinase, C-terminal / Hexokinase / Hexokinase / Hexokinase domain signature. / Hexokinase domain profile. / ATPase, nucleotide binding domain / ATPase, nucleotide binding domain / Nucleotidyltransferase; domain 5 / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-604 / Hexokinase-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.734 Å
データ登録者Campobasso, N. / Zhao, B. / Smallwood, A.
引用ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2016
タイトル: Discovery of a Novel 2,6-Disubstituted Glucosamine Series of Potent and Selective Hexokinase 2 Inhibitors.
著者: Lin, H. / Zeng, J. / Xie, R. / Schulz, M.J. / Tedesco, R. / Qu, J. / Erhard, K.F. / Mack, J.F. / Raha, K. / Rendina, A.R. / Szewczuk, L.M. / Kratz, P.M. / Jurewicz, A.J. / Cecconie, T. / ...著者: Lin, H. / Zeng, J. / Xie, R. / Schulz, M.J. / Tedesco, R. / Qu, J. / Erhard, K.F. / Mack, J.F. / Raha, K. / Rendina, A.R. / Szewczuk, L.M. / Kratz, P.M. / Jurewicz, A.J. / Cecconie, T. / Martens, S. / McDevitt, P.J. / Martin, J.D. / Chen, S.B. / Jiang, Y. / Nickels, L. / Schwartz, B.J. / Smallwood, A. / Zhao, B. / Campobasso, N. / Qian, Y. / Briand, J. / Rominger, C.M. / Oleykowski, C. / Hardwicke, M.A. / Luengo, J.I.
履歴
登録2016年1月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年3月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_oper_list / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_atom_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_atom_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年3月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hexokinase-2
B: Hexokinase-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)208,4026
ポリマ－206,2052
非ポリマー2,1974
水1,49583
1
A: Hexokinase-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,2013
ポリマ－103,1031
非ポリマー1,0992
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Hexokinase-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,2013
ポリマ－103,1031
非ポリマー1,0992
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.032, 154.893, 114.825
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.34, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Hexokinase-2 / Hexokinase type II / HK II / Muscle form hexokinase


分子量: 103102.508 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HK2 / プラスミド: pET28LIC.H6.TEV.huHK2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P52789, hexokinase
#2: 糖
ChemComp-604 / 2-[(3-bromobenzene-1-carbonyl)amino]-6-{[(4-carboxy-5-methylfuran-2-yl)sulfonyl]amino}-2,6-dideoxy-alpha-D-glucopyranos e / 5-[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R},6~{S})-5-[(3-bromophenyl)carbonylamino]-3,4,6-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]methylsulfamoyl]-2-m ethyl-furan-3-carboxylic acid / 2-[(3-bromobenzene-1-carbonyl)amino]-6-{[(4-carboxy-5-methylfuran-2-yl)sulfonyl]amino}-2,6-dideoxy-alpha-D-glucose / 2-[(3-bromobenzene-1-carbonyl)amino]-6-{[(4-carboxy-5-methylfuran-2-yl)sulfonyl]amino}-2,6-dideoxy-D-glucose / 2-[(3-bromobenzene-1-carbonyl)amino]-6-{[(4-carboxy-5-methylfuran-2-yl)sulfonyl]amino}-2,6-dideoxy-glucose


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 549.346 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H21BrN2O10S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 83 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.54 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5
詳細: protein conditions: 10mgs/mL, 50mM TRIS HCL, pH 7.5, 250mM NaCl, 2mM DTT, 2mM MgCl2. and 1mM cmpd30 Reservoir: 0.1M Na Citrate pH=5, 14% PEG 3350, 10 % ethylene glycol Cryo protectant 20% ...詳細: protein conditions: 10mgs/mL, 50mM TRIS HCL, pH 7.5, 250mM NaCl, 2mM DTT, 2mM MgCl2. and 1mM cmpd30 Reservoir: 0.1M Na Citrate pH=5, 14% PEG 3350, 10 % ethylene glycol Cryo protectant 20% ethylene glycol in mother liquor
PH範囲: 5 - 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.73→114.12 Å / Num. obs: 59924 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.105 / Net I/σ(I): 12.3
反射 シェル解像度: 2.73→3 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.42 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 96.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化解像度: 2.734→114.12 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.15 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2517 2918 4.88 %
Rwork0.1899 --
obs0.193 59830 98.79 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.734→114.12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13613 0 129 83 13825
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00913964
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.20518826
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.9158376
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.062112
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0072461

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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