PDB-5hea: CgT structure in hexamer

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5hea

タイトル

CgT structure in hexamer

要素

Putative glycosyltransferase (GalT1)

キーワード

TRANSFERASE / Glycosyltransferase / helix binding domain

機能・相同性

Glycosyltransferase GT-D fold / Glycosyltransferase GT-D fold / Glycosyltransferase 2-like / Glycosyl transferase family 2 / Nucleotide-diphospho-sugar transferases / transferase activity / nucleotide binding / Putative glycosyltransferase (GalT1)

機能・相同性情報

生物種

Streptococcus parasanguinis FW213 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.003 Å

データ登録者

Zhang, H. / Wu, H.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: A new helical binding domain mediates a glycosyltransferase activity of a bifunctional protein
著者: Zhang, H. / Zhou, M. / Wu, H.

履歴

登録	2016年1月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年8月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年9月27日	Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.2	2019年12月11日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5hea.cif.gz	345.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5hea.ent.gz	283.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5hea.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5hea_validation.pdf.gz	438.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5hea_full_validation.pdf.gz	442.9 KB	表示
XML形式データ	5hea_validation.xml.gz	33.7 KB	表示
CIF形式データ	5hea_validation.cif.gz	48.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/he/5hea ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/he/5hea	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3bcvS 5hec S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5gj6-d 2447 5gor-d 4fln-d 7ckl-d 5goo-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (3) #156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Putative glycosyltransferase (GalT1)

B: Putative glycosyltransferase (GalT1)

C: Putative glycosyltransferase (GalT1)

103 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Putative glycosyltransferase (GalT1)

B: Putative glycosyltransferase (GalT1)

C: Putative glycosyltransferase (GalT1)

A: Putative glycosyltransferase (GalT1)

B: Putative glycosyltransferase (GalT1)

C: Putative glycosyltransferase (GalT1)

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
206 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	111.811, 179.841, 63.028
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 111.98, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Putative glycosyltransferase (GalT1) 分子量: 34294.645 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 287-582 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptococcus parasanguinis FW213 (バクテリア) 遺伝子: galT1, Spaf_1933 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: I1ZPA1
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 455 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.86 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.93 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.1M Sodium citrate tribasic dehydrate pH 5.5, 22% PEG 1000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年4月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→50 Å / Num. obs: 76636 / % possible obs: 99.15 % / 冗長度: 3 % / R_merge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 27
反射シェル	解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 2.4 % / R_merge(I) obs: 0.415 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 92.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.8.2_1309	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3BCV

3bcv

解像度: 2.003→35.636 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 21.58 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2244	1924	2.61 %
R_work	0.1694	-	-
obs	0.1708	73782	95.48 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.003→35.636 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6765	0	0	455	7220

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	6894
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.081	9282
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.887	2568
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.076	1014
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1194

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.0025-2.0526	0.2607	112	0.2228	4202	X-RAY DIFFRACTION	78
2.0526-2.1081	0.2268	123	0.2022	4768	X-RAY DIFFRACTION	89
2.1081-2.1701	0.256	129	0.1844	4955	X-RAY DIFFRACTION	92
2.1701-2.2401	0.2993	134	0.1747	5069	X-RAY DIFFRACTION	94
2.2401-2.3202	0.209	140	0.1696	5062	X-RAY DIFFRACTION	95
2.3202-2.4131	0.2255	144	0.171	5208	X-RAY DIFFRACTION	96
2.4131-2.5229	0.2432	141	0.1731	5205	X-RAY DIFFRACTION	97
2.5229-2.6558	0.2404	141	0.1754	5216	X-RAY DIFFRACTION	98
2.6558-2.8222	0.2273	145	0.1848	5300	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8222-3.04	0.2636	144	0.1841	5357	X-RAY DIFFRACTION	99
3.04-3.3457	0.2358	142	0.1912	5366	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3457-3.8293	0.2265	144	0.1686	5360	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8293-4.8226	0.1888	143	0.1349	5394	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8226-35.6418	0.2043	142	0.1653	5396	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

S33: -0 Å ° / 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5213	-0.1698	0.0724	0.4839	0.1005	0.7741	0.0202	0.0298	-0.0379	-0.0798	0.0042	0.0463	0.0029	0.0351	0.2302	-0.0409	0.0046	0.1375	-0.0098	0.1717	23.4824	55.6935	39.751
2	0.6244	-0.0304	-0.296	0.5687	-0.0835	0.4934	0.0073	-0.0618	-0.0278	0.0107	0.0159	0.0835	0.0091	0.0068	0.1205	0.0086	-0.0193	0.2273	0.0222	0.1623	-1.9237	83.6283	59.6719
3	0.4861	0.1084	-0.0106	0.3478	-0.2015	0.7983	-0.0093	0.0438	0.0708	-0.0429	-0.0152	-0.0066	-0.0103	0.0253	0.1822	0.0538	0.0163	0.1611	0.0301	0.1961	22.6373	109.9708	39.4141

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 4:295)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain B and resid 4:295)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain C and resid 4:295)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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