PDB-5hdf: Hydrolase SeMet-StnA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5hdf

タイトル

Hydrolase SeMet-StnA

要素

Hydrolase

キーワード

HYDROLASE

機能・相同性

Alpha/beta hydrolase family / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold / hydrolase activity / Hydrolase

機能・相同性情報

生物種

Streptomyces flocculus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.71 Å

データ登録者

Qian, T.

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: Crystal Structure of StnA for the Biosynthesis of Antitumor Drug Streptonigrin Reveals a Unique Substrate Binding Mode
著者: Qian, T. / Wo, J. / Zhang, Y. / Song, Q. / Feng, G. / Luo, R. / Lin, S. / Wu, G. / Chen, H.F.

履歴

登録	2016年1月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2017年1月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年1月25日	Group: Database references
改定 1.2	2024年10月23日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5hdf.cif.gz	246.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5hdf.ent.gz	200 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5hdf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5hdf_validation.pdf.gz	455.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5hdf_full_validation.pdf.gz	468.1 KB	表示
XML形式データ	5hdf_validation.xml.gz	43.8 KB	表示
CIF形式データ	5hdf_validation.cif.gz	60.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hd/5hdf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hd/5hdf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5hdpC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3r67-2 4hhq-d 4jku-2 1rjd-2 3r67-4 1rje-1 2ob1-1 3taw-d 1hdq-d 2ob2-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (1) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (1)

登録構造単位

B: Hydrolase

A: Hydrolase

C: Hydrolase

D: Hydrolase

165 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: Hydrolase

登録者が定義した集合体
41.4 kDa, 1 ポリマー
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2

A: Hydrolase

登録者が定義した集合体
41.4 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Hydrolase

登録者が定義した集合体
41.4 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Hydrolase

登録者が定義した集合体
41.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	178.420, 81.970, 118.693
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 126.75, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	B
2	1	A
1	2	B
2	2	C
1	3	B
2	3	D
1	4	A
2	4	C
1	5	A
2	5	D
1	6	C
2	6	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	HIS	HIS	B	A	61 - 374	61 - 374
2	1	HIS	HIS	A	B	61 - 374	61 - 374
1	2	GLY	GLY	B	A	61 - 375	61 - 375
2	2	GLY	GLY	C	C	61 - 375	61 - 375
1	3	GLY	GLY	B	A	61 - 375	61 - 375
2	3	GLY	GLY	D	D	61 - 375	61 - 375
1	4	HIS	HIS	A	B	61 - 374	61 - 374
2	4	HIS	HIS	C	C	61 - 374	61 - 374
1	5	HIS	HIS	A	B	61 - 374	61 - 374
2	5	HIS	HIS	D	D	61 - 374	61 - 374
1	6	LEU	LEU	C	C	61 - 376	61 - 376
2	6	LEU	LEU	D	D	61 - 376	61 - 376

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

#1: タンパク質	Hydrolase 分子量: 41374.965 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces flocculus (バクテリア) 遺伝子: stnA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: L7PIJ2
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 52 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.46 %
結晶化	温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 30% 2-propanol, 0.1 M Sodium citrate pH 5.0,12% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9819 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2014年5月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9819 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.71→50 Å / Num. obs: 37623 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.111 / Net I/σ(I): 14.55
反射シェル	解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.3 / Mean I/σ(I) obs: 6.08 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0103	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.71→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.933 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.915 / SU B: 10.985 / SU ML: 0.227 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.316 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21957	1870	5 %	RANDOM
R_work	0.19228	-	-	-
obs	0.19366	35537	99.41 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.855 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.31 Å²	-0 Å²	0.22 Å²
2-	-	4.49 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-2.42 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.71→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9594	0	0	52	9646

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.019	9837
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.008	0.02	8998
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.25	1.956	13431
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.22	3	20694
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.795	5.008	1264
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.375	23.806	444
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.337	15	1355
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.548	15	64
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.08	0.2	1488
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.021	11407
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.006	0.02	2251
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.219	3.501	5064
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.215	3.5	5063
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.527	5.247	6323
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.527	5.248	6324
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.561	3.829	4773
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.561	3.831	4774
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.423	5.588	7109
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	7.263	28.108	10628
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	7.263	28.115	10629
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	B	36112	0.09
1	2	A	36112	0.09
2	1	B	36058	0.09
2	2	C	36058	0.09
3	1	B	35838	0.09
3	2	D	35838	0.09
4	1	A	35578	0.1
4	2	C	35578	0.1
5	1	A	35354	0.1
5	2	D	35354	0.1
6	1	C	36128	0.09
6	2	D	36128	0.09

LS精密化シェル

解像度: 2.707→2.777 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.293	115	-
R_work	0.256	2460	-
obs	-	-	93.7 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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