[日本語] English
万見
- PDB-5hda: Crystal Structure of the BS69 coiled coil-MYND domains bound to a... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5hda
タイトルCrystal Structure of the BS69 coiled coil-MYND domains bound to an EBNA2 PXLXP motif
要素
  • Epstein-Barr nuclear antigen 2
  • Zinc finger MYND domain-containing protein 11
キーワードIMMUNE SYSTEM / BS69 / EBNA2 / MYND / zMYND11 / coiled-coil
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell nuclear matrix / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle progression / protein serine/threonine phosphatase inhibitor activity / symbiont-mediated perturbation of host transcription / DNA-templated viral transcription / symbiont-mediated suppression of host translation initiation / regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / negative regulation of JNK cascade / regulation of signal transduction / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction ...host cell nuclear matrix / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle progression / protein serine/threonine phosphatase inhibitor activity / symbiont-mediated perturbation of host transcription / DNA-templated viral transcription / symbiont-mediated suppression of host translation initiation / regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / negative regulation of JNK cascade / regulation of signal transduction / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / : / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / transcription corepressor activity / chromatin organization / chromosome / double-stranded DNA binding / defense response to virus / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / negative regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / host cell nucleus / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / : / ZMYND11 protein coiled-coil / ZMYND11/ZMYD8, MYND zinc finger / : / SAM domain-containing protein 1, WH domain / SAMD1-like winged helix (WH) domain profile. / Zinc finger MYND-type signature. / Zinc finger, MYND-type / Zinc finger MYND-type profile. ...: / : / ZMYND11 protein coiled-coil / ZMYND11/ZMYD8, MYND zinc finger / : / SAM domain-containing protein 1, WH domain / SAMD1-like winged helix (WH) domain profile. / Zinc finger MYND-type signature. / Zinc finger, MYND-type / Zinc finger MYND-type profile. / domain with conserved PWWP motif / PWWP domain / PWWP domain profile. / PWWP domain / Zinc finger, PHD-type, conserved site / Zinc finger PHD-type signature. / Zinc finger PHD-type profile. / Zinc finger, PHD-finger / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Bromodomain / Bromodomain (BrD) profile. / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain-like superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type
類似検索 - ドメイン・相同性
Epstein-Barr nuclear antigen 2 / Zinc finger MYND domain-containing protein 11
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Human herpesvirus 4 (ヘルペスウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.3899 Å
データ登録者Song, J. / Harter, M.
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2016
タイトル: BS69/ZMYND11 C-Terminal Domains Bind and Inhibit EBNA2.
著者: Harter, M.R. / Liu, C.D. / Shen, C.L. / Gonzalez-Hurtado, E. / Zhang, Z.M. / Xu, M. / Martinez, E. / Peng, C.W. / Song, J.
履歴
登録2016年1月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年1月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年2月17日Group: Database references
改定 1.22024年3月6日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Zinc finger MYND domain-containing protein 11
C: Zinc finger MYND domain-containing protein 11
B: Epstein-Barr nuclear antigen 2
D: Epstein-Barr nuclear antigen 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,5818
ポリマ－32,3194
非ポリマー2624
水1,928107
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6770 Å2
ΔGint-75 kcal/mol
Surface area17730 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.456, 38.190, 82.690
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.53, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 Zinc finger MYND domain-containing protein 11 / Adenovirus 5 E1A-binding protein / Bone morphogenetic protein receptor-associated molecule 1 / Protein BS69


分子量: 15187.502 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP Residues 480-602 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ZMYND11, BRAM1, BS69 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15326
#2: タンパク質・ペプチド Epstein-Barr nuclear antigen 2 / EBV nuclear antigen 2


分子量: 972.156 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP Residues 381-389 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Human herpesvirus 4 (ヘルペスウイルス)
参照: UniProt: P12978
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 107 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.56 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 21% PEGMME 350, 0.1M Tris-HCl pH 8.0, 6% Methanol, Hanging Drop Vapor Diffusion, Temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.9774 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年2月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9774 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3899→44.6497 Å / Num. obs: 14546 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.096 / Net I/σ(I): 12.4
反射 シェル解像度: 2.3899→2.49 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.362 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 98.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
Cootモデル構築
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.3899→44.6 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.49 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2616 711 4.9 %
Rwork0.2221 --
obs0.2241 14519 98.91 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3899→44.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2075 0 4 107 2186
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0052101
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8742801
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.714827
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.034292
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005359
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3899-2.57440.3361520.26612656X-RAY DIFFRACTION97
2.5744-2.83350.28841110.25992768X-RAY DIFFRACTION100
2.8335-3.24340.29381350.24232781X-RAY DIFFRACTION100
3.2434-4.08590.26931420.21442788X-RAY DIFFRACTION100
4.0859-44.64970.22041710.1942815X-RAY DIFFRACTION98

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る