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- PDB-5hd6: High resolution structure of 3-hydroxydecanoyl-(acyl carrier prot... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5hd6
タイトルHigh resolution structure of 3-hydroxydecanoyl-(acyl carrier protein) dehydratase from Yersinia pestis at 1.35 A
要素3-hydroxydecanoyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase
キーワードLYASE / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID
機能・相同性
機能・相同性情報


trans-2-decenoyl-[acyl-carrier protein] isomerase / trans-2-decenoyl-acyl-carrier-protein isomerase activity / unsaturated fatty acid biosynthetic process / 3-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase / (3R)-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Beta-hydroxyacyl-(acyl-carrier-protein) dehydratase FabA / Beta-hydroxydecanoyl thiol ester dehydrase, FabA/FabZ / FabA-like domain / Hotdog Thioesterase / Thiol Ester Dehydrase; Chain A / HotDog domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / 3-hydroxydecanoyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase
類似検索 - 構成要素
生物種Yersinia pestis CO92 (ペスト菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.35 Å
データ登録者Chang, C. / Maltseva, N. / Kim, Y. / Mulligan, R. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: High resolution structure of 3-hydroxydecanoyl-(acyl carrier protein) dehydratase from Yersinia pestis at 1.35 A
著者: Chang, C. / Maltseva, N. / Kim, Y. / Mulligan, R. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2016年1月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年1月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.32024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-hydroxydecanoyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase
B: 3-hydroxydecanoyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase
C: 3-hydroxydecanoyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase
D: 3-hydroxydecanoyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase
E: 3-hydroxydecanoyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase
F: 3-hydroxydecanoyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase
G: 3-hydroxydecanoyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase
H: 3-hydroxydecanoyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)157,59123
ポリマ－156,2098
非ポリマー1,38115
水29,4371634
1
A: 3-hydroxydecanoyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase
G: 3-hydroxydecanoyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,3295
ポリマ－39,0522
非ポリマー2763
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4120 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area13370 Å2
手法PISA
2
B: 3-hydroxydecanoyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase
F: 3-hydroxydecanoyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,3295
ポリマ－39,0522
非ポリマー2763
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4140 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area13480 Å2
手法PISA
3
C: 3-hydroxydecanoyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase
E: 3-hydroxydecanoyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,4216
ポリマ－39,0522
非ポリマー3684
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4380 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area13720 Å2
手法PISA
4
D: 3-hydroxydecanoyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase
H: 3-hydroxydecanoyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,5137
ポリマ－39,0522
非ポリマー4605
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4570 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area13810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.665, 50.816, 138.780
Angle α, β, γ (deg.)90.020, 90.020, 90.100
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
3-hydroxydecanoyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase / 3-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase FabA / Beta-hydroxydecanoyl thioester dehydrase / ...3-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase FabA / Beta-hydroxydecanoyl thioester dehydrase / Trans-2-decenoyl-[acyl-carrier-protein] isomerase


分子量: 19526.186 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yersinia pestis CO92 (ペスト菌) / 遺伝子: fabA, AK38_1122 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A0A0B6NZG1, UniProt: Q8ZG80*PLUS, 3-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1634 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.52 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.16 M magnesium chloride, 0.08 M Tris-HCl, 24 % PEG 4000, 20 % glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97921 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年8月3日
放射モノクロメーター: Si(111) double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97921 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.35→50 Å / Num. obs: 241931 / % possible obs: 94.6 % / 冗長度: 2.2 % / Biso Wilson estimate: 9.72 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.042 / Rpim(I) all: 0.038 / Rrim(I) all: 0.057 / Χ2: 0.917 / Net I/av σ(I): 17.972 / Net I/σ(I): 10.6 / Num. measured all: 521903
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.35-1.371.90.21997160.880.2010.2980.69775.2
1.37-1.41.90.201115920.8960.1850.2740.7591.8
1.4-1.432.10.196119310.9020.180.2670.77493.3
1.43-1.452.20.172120420.9230.1570.2340.80994
1.45-1.492.20.148120580.9430.1350.2010.82494.2
1.49-1.522.20.126120770.9550.1150.1710.88394.5
1.52-1.562.20.11120310.9670.10.1490.89594.7
1.56-1.62.20.101122140.970.0920.1370.90795
1.6-1.652.20.093122000.9750.0840.1260.90895.2
1.65-1.72.20.079122690.980.0720.1070.93895.5
1.7-1.762.20.069121350.9850.0630.0940.96995.6
1.76-1.832.20.061123090.9870.0560.0830.9796.1
1.83-1.922.20.053122230.990.0480.0720.98696.2
1.92-2.022.20.047123930.9920.0420.0630.99196.5
2.02-2.142.20.043124230.9930.0390.0581.01397
2.14-2.312.20.041124050.9930.0370.0561.0797.1
2.31-2.542.20.042124490.9920.0380.0571.17397.3
2.54-2.912.20.038124640.9940.0340.0511.11497.8
2.91-3.662.10.029125600.9970.0260.0390.90298.3
3.66-502.20.023124400.9970.0210.0310.62297.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.10_2155精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-3000データ削減
MOLREP位相決定
SBC-Collectデータ収集
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3Q62

3q62


解像度: 1.35→26.915 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 16.11 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1703 21576 4.88 %
Rwork0.1362 420193 -
obs0.1378 241904 86.26 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 69.41 Å2 / Biso mean: 14.704 Å2 / Biso min: 4.3 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.35→26.915 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10576 0 96 1634 12306
Biso mean--30.03 28.11 -
残基数----1380
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00711401
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.87715370
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0841600
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052006
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.6194266
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.3501-1.36550.25814730.20088959943255
1.3655-1.38150.25075120.1867109431145567
1.3815-1.39840.23676460.1798117931243974
1.3984-1.41610.23376610.1703128051346678
1.4161-1.43470.21246470.1644136171426484
1.4347-1.45430.21147560.1618137461450285
1.4543-1.47510.2216140.1539139411455585
1.4751-1.49710.20676350.1459138841451985
1.4971-1.52050.18117410.137138101455186
1.5205-1.54550.18456870.1322139811466886
1.5455-1.57210.17386260.1254142161484286
1.5721-1.60070.17658390.1324138731471287
1.6007-1.63150.17887930.1353141401493387
1.6315-1.66480.18828020.1302139231472587
1.6648-1.7010.17157490.1214145121526188
1.701-1.74050.17548870.1201139841487188
1.7405-1.7840.16317520.1198143041505688
1.784-1.83230.16986950.1262145691526489
1.8323-1.88620.14687020.1177144581516089
1.8862-1.9470.15667970.118146921548990
1.947-2.01660.16327310.1241145741530590
2.0166-2.09730.1577280.125146061533491
2.0973-2.19270.15057730.1217148561562991
2.1927-2.30830.16048710.1241148751574692
2.3083-2.45280.16227200.1356149391565992
2.4528-2.6420.17437410.1535150791582093
2.642-2.90760.20038180.1554150951591393
2.9076-3.32770.17077720.1416151271589993
3.3277-4.190.14346830.1238154901617395
4.19-26.920.15097250.1482154021612794

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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