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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5hd2 | ||||||
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タイトル | The crystal structure of SeMet-Cry51Aa2-L11M | ||||||
![]() | Parasporal crystal protein | ||||||
![]() | TOXIN / Cry51Aa2 / Bt / Cry | ||||||
機能・相同性 | Aerolysin-like toxin / Clostridium epsilon toxin ETX/Bacillus mosquitocidal toxin MTX2 / Parasporal crystal protein![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Rydel, T.J. / Sturman, E.J. / Moshiri, F. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: A transgenic approach for controlling Lygus in cotton. 著者: Gowda, A. / Rydel, T.J. / Wollacott, A.M. / Brown, R.S. / Akbar, W. / Clark, T.L. / Flasinski, S. / Nageotte, J.R. / Read, A.C. / Shi, X. / Werner, B.J. / Pleau, M.J. / Baum, J.A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 70.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 55.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34356.023 Da / 分子数: 1 / 変異: L11M / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() プラスミド: pET28a + pRARE2 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48 % / 解説: Bipyramidal. |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Starting protein solution was 5.5 mg/ml protein in 25 mM sodium carbonate buffer-pH 10.5. The reservoir solution was 500 ul of 2.0 M sodium chloride and 50 mM HEPES-pH 7.5 buffer. Bipyramidal ...詳細: Starting protein solution was 5.5 mg/ml protein in 25 mM sodium carbonate buffer-pH 10.5. The reservoir solution was 500 ul of 2.0 M sodium chloride and 50 mM HEPES-pH 7.5 buffer. Bipyramidal crystals resulted from 2 ul drops, using 0.7 ul protein solution and 1.3 ul well solution. PH範囲: ~7.5 / Temp details: room temperature |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K Ambient temp details: The structure was initially solved using four wavelengths of SeMet MAD data to 2.8 A resolution. The structure was extended to 2.27 A using data collected at 2.27 A resolution ...Ambient temp details: The structure was initially solved using four wavelengths of SeMet MAD data to 2.8 A resolution. The structure was extended to 2.27 A using data collected at 2.27 A resolution on the SER-CAT 22-ID line. |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年12月12日 詳細: 115 data frames were collected using 3 second exposures, with an oscillation angle of 1 degree, and a crystal-to-detector distance of 200 mm. |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.27→53.7 Å / Num. all: 15236 / Num. obs: 15236 / % possible obs: 95.9 % / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.094 / Net I/σ(I): 17.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.27→2.35 Å / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.381 / Mean I/σ(I) obs: 1.75 / % possible all: 96.4 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 41.305 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.276→53.7 Å
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拘束条件 |
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