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- PDB-4pkm: Crystal Structure of Bacillus thuringiensis Cry51Aa1 Protoxin at ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4pkm
タイトルCrystal Structure of Bacillus thuringiensis Cry51Aa1 Protoxin at 1.65 Angstroms Resolution
要素Cry51Aa1
キーワードTOXIN / Bacterial Toxins / Cry Toxins / Pore-forming Toxins / Beta-pore-forming Toxins / Beetles / Insecticidal Toxins / Pro-toxins
機能・相同性Aerolysin-like toxin / Clostridium epsilon toxin ETX/Bacillus mosquitocidal toxin MTX2 / GLYCINE / Cry51Aa1
機能・相同性情報
生物種Bacillus thuringiensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Xu, C. / Chinte, U. / Chen, L. / Yao, Q. / Zhou, D. / Meng, Y. / Li, L. / Rose, J. / Bi, L.J. / Yu, Z. ...Xu, C. / Chinte, U. / Chen, L. / Yao, Q. / Zhou, D. / Meng, Y. / Li, L. / Rose, J. / Bi, L.J. / Yu, Z. / Sun, M. / Wang, B.C.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Basic Research Program of China (973 Program)2013CB127504 中国
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2015
タイトル: Crystal structure of Cry51Aa1: A potential novel insecticidal aerolysin-type beta-pore-forming toxin from Bacillus thuringiensis.
著者: Xu, C. / Chinte, U. / Chen, L. / Yao, Q. / Meng, Y. / Zhou, D. / Bi, L.J. / Rose, J. / Adang, M.J. / Wang, B.C. / Yu, Z. / Sun, M.
履歴
登録2014年5月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年6月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年6月17日Group: Database references
改定 1.22017年11月22日Group: Advisory / Database references ...Advisory / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_symm_contact / software
Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_2 / _pdbx_validate_symm_contact.dist / _pdbx_validate_symm_contact.site_symmetry_2 / _software.classification
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cry51Aa1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,4206
ポリマ－34,0071
非ポリマー4135
水7,350408
1
A: Cry51Aa1
ヘテロ分子

A: Cry51Aa1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,84012
ポリマ－68,0142
非ポリマー82710
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555-y,-x,-z+1/21
Buried area4990 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area27150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.703, 54.703, 209.980
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Cry51Aa1


分子量: 34006.832 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus thuringiensis (バクテリア)
株: F14-1 / 遺伝子: cry51Aa1 / プラスミド: pHT304 / 発現宿主: Bacillus thuringiensis (バクテリア) / 株 (発現宿主): BMB171 / 参照: UniProt: A7IZR5
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-GLY / GLYCINE


タイプ: peptide linking / 分子量: 75.067 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H5NO2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 408 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.54 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 3 / 詳細: ammonium sulfate, sodium acetate pH 3.0, PEG2000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 0.95 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年8月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 26.8 % / 数: 310493 / Rmerge(I) obs: 0.118 / Χ2: 1.11 / D res high: 2.5 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 11568 / % possible obs: 99.9
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
6.165010.0583.93423.4
4.896.1610.0832.61726.3
4.274.8910.0882.10626.7
3.884.2710.0971.26127.4
3.613.8810.1380.94627.6
3.393.6110.1690.80627.8
3.223.3910.2190.64228.2
3.083.2210.3270.5728.1
2.963.0810.470.53928.5
2.862.9610.6950.51728.3
2.772.8610.9390.50428.3
2.692.7710.48327.9
2.622.6910.54126.6
2.562.6210.47725.3
2.52.5610.47722.9
反射解像度: 1.65→50 Å / Num. obs: 39741 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.8 % / Rmerge(I) obs: 0.114 / Χ2: 1.086 / Net I/av σ(I): 22.014 / Net I/σ(I): 7.4 / Num. measured all: 548719
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.65-1.7113.30.53638880.85799.8
1.71-1.7814.30.42238710.91100
1.78-1.8614.40.31538721.022100
1.86-1.9614.40.22639251.167100
1.96-2.0814.40.17739141.169100
2.08-2.2414.30.15239301.157100
2.24-2.4614.20.14239651.138100
2.46-2.8213.90.1339821.153100
2.82-3.5513.30.10440641.123100
3.55-5011.80.07743301.14699.6

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散
Phasing MADD res high: -0 Å / D res low: 0 Å / FOM : 0 / 反射: 0

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX位相決定
Cootモデル構築
HKL-2000データスケーリング
ARPモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
PHASES位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.65→29.48 Å / FOM work R set: 0.8806 / SU ML: 0.15 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 18.16 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1989 1999 5.04 %
Rwork0.1812 37631 -
obs0.1821 39630 99.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 54.82 Å2 / Biso mean: 21.95 Å2 / Biso min: 6.42 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.65→29.48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2362 0 26 408 2796
Biso mean--32.98 31.65 -
残基数----305
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072442
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.063339
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.072388
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005427
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.597860
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.649-1.69030.25521370.22652580271799
1.6903-1.7360.21621390.215326312770100
1.736-1.7870.24591410.198726412782100
1.787-1.84470.23431410.191926432784100
1.8447-1.91060.21891400.182826372777100
1.9106-1.98710.21491410.186726502791100
1.9871-2.07750.21681400.184726632803100
2.0775-2.1870.19891420.182926742816100
2.187-2.3240.2021410.180726512792100
2.324-2.50330.22771440.191427102854100
2.5033-2.75510.18641440.19126992843100
2.7551-3.15340.20251440.183427162860100
3.1534-3.97140.1821480.164527792927100
3.9714-29.48460.17211570.170829573114100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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