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- PDB-5hci: GPN-loop GTPase Npa3 in complex with GDP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5hci
タイトルGPN-loop GTPase Npa3 in complex with GDP
要素GPN-loop GTPase 1
キーワードHYDROLASE / GPN-loop GTPase / Chaperone / Assembly / RNA polymerase
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleocytoplasmic transport / mitotic sister chromatid cohesion / protein import into nucleus / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / GTPase activity / GTP binding / ATP hydrolysis activity / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
GPN-loop GTPase 1 / GPN-loop GTPase / Conserved hypothetical ATP binding protein / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GPN-loop GTPase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Niesser, J. / Wagner, F.R. / Kostrewa, D. / Muehlbacher, W. / Cramer, P.
資金援助 ドイツ, 4件
組織認可番号国
German Research FoundationGRK1721 ドイツ
German Research FoundationSFB860 ドイツ
European Research CouncilTRANSIT ドイツ
Volkswagen FoundationVW Vorab ドイツ
引用ジャーナル: Mol.Cell.Biol. / 年: 2015
タイトル: Structure of GPN-Loop GTPase Npa3 and Implications for RNA Polymerase II Assembly.
著者: Niesser, J. / Wagner, F.R. / Kostrewa, D. / Muhlbacher, W. / Cramer, P.
履歴
登録2016年1月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年1月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年2月24日Group: Database references
改定 1.22016年9月14日Group: Derived calculations
改定 1.32017年9月6日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_audit_support
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GPN-loop GTPase 1
B: GPN-loop GTPase 1
C: GPN-loop GTPase 1
D: GPN-loop GTPase 1
E: GPN-loop GTPase 1
F: GPN-loop GTPase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)180,67622
ポリマ－177,5036
非ポリマー3,17316
水2,180121
1
F: GPN-loop GTPase 1
ヘテロ分子

A: GPN-loop GTPase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,1957
ポリマ－59,1682
非ポリマー1,0275
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_445x-1/2,y-1/2,z1
2
C: GPN-loop GTPase 1
ヘテロ分子

B: GPN-loop GTPase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,1957
ポリマ－59,1682
非ポリマー1,0275
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_445x-1/2,-y-1/2,-z1
3
B: GPN-loop GTPase 1
ヘテロ分子

C: GPN-loop GTPase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,1957
ポリマ－59,1682
非ポリマー1,0275
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_545x+1/2,-y-1/2,-z1
4
A: GPN-loop GTPase 1
ヘテロ分子

F: GPN-loop GTPase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,1957
ポリマ－59,1682
非ポリマー1,0275
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555x+1/2,y+1/2,z1
Buried area4340 Å2
ΔGint-59 kcal/mol
Surface area20940 Å2
手法PISA
5
D: GPN-loop GTPase 1
E: GPN-loop GTPase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,2878
ポリマ－59,1682
非ポリマー1,1196
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4230 Å2
ΔGint-57 kcal/mol
Surface area21750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)107.990, 119.180, 347.670
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A and (resseq 2:59 or resseq 73:202 or resseq 218:267 )
21chain B and (resseq 2:59 or resseq 73:202 or resseq 218:267 )
31chain C and (resseq 2:59 or resseq 73:202 or resseq 218:267 )
41chain D and (resseq 2:59 or resseq 73:202 or resseq 218:267 )
51chain E and (resseq 2:59 or resseq 73:202 or resseq 218:267 )
61chain F and (resseq 2:59 or resseq 73:202 or resseq 218:267 )

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11SERSERLYSLYSchain A and (resseq 2:59 or resseq 73:202 or resseq 218:267 )AA2 - 591 - 58
12GLYGLYASPASPchain A and (resseq 2:59 or resseq 73:202 or resseq 218:267 )AA73 - 20272 - 201
13VALVALHISHISchain A and (resseq 2:59 or resseq 73:202 or resseq 218:267 )AA218 - 267208 - 257
21SERSERLYSLYSchain B and (resseq 2:59 or resseq 73:202 or resseq 218:267 )BB2 - 591 - 58
22GLYGLYASPASPchain B and (resseq 2:59 or resseq 73:202 or resseq 218:267 )BB73 - 20272 - 201
23VALVALHISHISchain B and (resseq 2:59 or resseq 73:202 or resseq 218:267 )BB218 - 267208 - 257
31SERSERLYSLYSchain C and (resseq 2:59 or resseq 73:202 or resseq 218:267 )CC2 - 591 - 58
32GLYGLYASPASPchain C and (resseq 2:59 or resseq 73:202 or resseq 218:267 )CC73 - 20272 - 201
33VALVALHISHISchain C and (resseq 2:59 or resseq 73:202 or resseq 218:267 )CC218 - 267208 - 257
41SERSERLYSLYSchain D and (resseq 2:59 or resseq 73:202 or resseq 218:267 )DD2 - 591 - 58
42GLYGLYASPASPchain D and (resseq 2:59 or resseq 73:202 or resseq 218:267 )DD73 - 20272 - 201
43VALVALHISHISchain D and (resseq 2:59 or resseq 73:202 or resseq 218:267 )DD218 - 267208 - 257
51SERSERLYSLYSchain E and (resseq 2:59 or resseq 73:202 or resseq 218:267 )EE2 - 591 - 58
52GLYGLYASPASPchain E and (resseq 2:59 or resseq 73:202 or resseq 218:267 )EE73 - 20272 - 201
53VALVALHISHISchain E and (resseq 2:59 or resseq 73:202 or resseq 218:267 )EE218 - 267208 - 257
61SERSERLYSLYSchain F and (resseq 2:59 or resseq 73:202 or resseq 218:267 )FF2 - 591 - 58
62GLYGLYASPASPchain F and (resseq 2:59 or resseq 73:202 or resseq 218:267 )FF73 - 20272 - 201
63VALVALHISHISchain F and (resseq 2:59 or resseq 73:202 or resseq 218:267 )FF218 - 267208 - 257

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要素

#1: タンパク質
GPN-loop GTPase 1 / Essential PCL1-interacting ATPase 1 / GPN-loop GTPase NPA3 / Nucleolar preribosomal-associated protein 3


分子量: 29583.822 Da / 分子数: 6 / 断片: 1-264 delta 203-211 / 変異: 1-264 delta 203-211 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: NPA3, EPA1, GPN1, YJR072C, J1821 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P47122, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与
#2: 化合物
ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 121 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.31 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 9 mM HEPES (pH 7), 45 mM sodium chloride, 4.5 mM magnesium chloride, 5% (vol/vol) Jeffamine M-600

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.99988 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年1月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99988 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 99343 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 7.15 % / Rsym value: 0.057 / Net I/σ(I): 20.16
反射 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.88 / Rsym value: 1.269 / % possible all: 99.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
Cootモデル構築
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→45.248 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 35.01 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2755 1987 2 %
Rwork0.2377 97356 -
obs0.2385 99343 99.74 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 310.54 Å2 / Biso mean: 82.9906 Å2 / Biso min: 34.76 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→45.248 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12065 0 198 121 12384
Biso mean--74.03 60.08 -
残基数----1527
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01112522
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.29316966
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0521904
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052119
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.6784603
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A1878X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.091
12B1878X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.091
13C1878X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.089
14D1878X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.06
15E1874X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.074
16F1878X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.058
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.3-2.35750.40971400.368968306970100
2.3575-2.42120.40281410.340369007041100
2.4212-2.49250.39761400.328368987038100
2.4925-2.57290.41041410.30496866700799
2.5729-2.66480.40081400.286168837023100
2.6648-2.77150.31031420.272269547096100
2.7715-2.89760.30921400.264568767016100
2.8976-3.05040.34261410.275669177058100
3.0504-3.24140.30111420.255969567098100
3.2414-3.49160.32431430.25669947137100
3.4916-3.84280.27371420.235269707112100
3.8428-4.39850.24081430.211469827125100
4.3985-5.54010.23451440.200970597203100
5.5401-45.25620.21491480.21277271741999
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.56410.19930.01560.9993-0.33431.1443-0.03190.05420.0560.0009-0.1041-0.1058-0.0036-0.0723-0.00010.4079-0.0530.04830.4434-0.07390.495237.096112.1576-32.4533
20.56190.22290.48410.10140.32952.3653-0.11470.2347-0.0637-0.14050.05190.0709-0.16380.2312-0.00040.43460.0095-0.00120.4266-0.0450.58438.8224-19.6724-5.012
30.7473-0.1428-0.20240.5969-0.23020.72960.0356-0.22890.4283-0.19740.14930.08190.04720.23450.0370.3710.028-0.04530.5653-0.21440.58192.0023-23.6916-7.6187
40.73320.1784-0.09840.3778-0.26350.66290.14020.03090.0148-0.0822-0.0354-0.1118-0.0241-0.1714-00.5980.06930.02820.5477-0.01920.477523.1317-52.9113-50.415
50.7496-0.1093-0.02610.90750.61370.9830.0615-0.01970.1187-0.07420.1621-0.2182-0.03950.10890.00010.4422-0.06160.04260.4525-0.09430.572147.8646-49.1751-28.2743
60.4314-0.1646-0.20530.9030.15550.64290.2060.1060.0836-0.3418-0.3372-0.3204-0.13650.159-0.35340.78170.11260.20860.4732-0.09140.3152-15.3182-32.9712-62.3699
70.49930.15240.38590.35960.18910.1946-0.0214-0.04680.04290.04740.0635-0.256-0.01740.05610.00010.57070.01140.17160.4849-0.02960.527419.0574-19.9412-24.2684
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain AA2 - 267
2X-RAY DIFFRACTION2chain BB2 - 268
3X-RAY DIFFRACTION3chain CC2 - 267
4X-RAY DIFFRACTION4chain DD2 - 268
5X-RAY DIFFRACTION5chain EE2 - 269
6X-RAY DIFFRACTION6chain FF2 - 268
7X-RAY DIFFRACTION7chain GG1 - 6

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

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