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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5hby | ||||||||||||||||||||||||||||
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タイトル | RNA primer-template complex with 2-methylimidazole-activated monomer analogue-3 binding sites | ||||||||||||||||||||||||||||
要素 | RNA (5'-R(*キーワード | RNA | 機能・相同性 | Chem-PZG / RNA / RNA (> 10) | 機能・相同性情報 生物種 | synthetic construct (人工物) | 手法 | X線回折 / シンクロトロン / AB INITIO PHASING / 解像度: 1.18 Å | データ登録者 | Zhang, W. / Tam, C.P. / Wang, J. / Szostak, J.W. | 資金援助 | 米国, 1件 |
引用 | ジャーナル: ACS Cent Sci / 年: 2016 | タイトル: Unusual Base-Pairing Interactions in Monomer-Template Complexes. 著者: Zhang, W. / Tam, C.P. / Wang, J. / Szostak, J.W. 履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5hby.cif.gz | 24 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5hby.ent.gz | 14.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5hby.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5hby_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5hby_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 5hby_validation.xml.gz | 4.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5hby_validation.cif.gz | 6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hb/5hby ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hb/5hby | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 4167.598 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) | ||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-MG / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.69 % / 解説: boat shape crystal |
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.3 詳細: Potassium thiocyanate,magnesium chloride,30% w/v Polyethylene glycol monomethyl ether 2,000 PH範囲: 7.3 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 0.987 Å |
検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2015年10月18日 |
放射 | モノクロメーター: none / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.987 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.18→50 Å / Num. all: 12711 / Num. obs: 12711 / % possible obs: 93.6 % / Observed criterion σ(F): 0.05 / Observed criterion σ(I): 0.05 / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.047 / Net I/av σ(I): 26.5 / Net I/σ(I): 26.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.18→1.22 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.248 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 54.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 1.18→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.976 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.974 / SU B: 0.571 / SU ML: 0.026 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.05 / ESU R: 0.037 / ESU R Free: 0.037 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 13.288 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.18→50 Å
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拘束条件 |
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