PDB-5hbw: RNA primer-template complex with 2-methylimidazole-activated mono...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5hbw

タイトル

RNA primer-template complex with 2-methylimidazole-activated monomer analogue

要素

RNA (5'-R(*(LCC)P*(TLN)P*(LCG)P*UP*AP*CP*A)-3')

キーワード

RNA

機能・相同性

Chem-PZG / RNA

機能・相同性情報

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Zhang, W. / Tam, C.P. / Szostak, J.W.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: ACS Cent Sci / 年: 2016
タイトル: Unusual Base-Pairing Interactions in Monomer-Template Complexes.
著者: Zhang, W. / Tam, C.P. / Wang, J. / Szostak, J.W.

履歴

登録	2016年1月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年12月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年1月18日	Group: Database references
改定 1.2	2019年11月20日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5hbw.cif.gz	22.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5hbw.ent.gz	13.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5hbw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5hbw_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5hbw_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	5hbw_validation.xml.gz	5.2 KB	表示
CIF形式データ	5hbw_validation.cif.gz	5.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hb/5hbw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hb/5hbw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5dhbC 5dhcC 5hbxC 5hbyC 5krgC 5l00C 1dnsS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3bm0-1 6dy9-d 2hc7-1 281d-d 2gpx-1 6d4l-1 295d-1 2gq4-1 2gq4-2 2gq5-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: RNA (5'-R(*(LCC)P*(TLN)P*(LCG)P*UP*AP*CP*A)-3')

B: RNA (5'-R(*(LCC)P*(TLN)P*(LCG)P*UP*AP*CP*A)-3')

ヘテロ分子

5.35 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	28.076, 39.747, 42.593
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: RNA鎖	RNA (5'-R((LCC)P(TLN)P(LCG)PUPAPCPA)-3') 分子量: 2245.440 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ*: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物	ChemComp-PZG / [(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(2-azanyl-6-oxidanylidene-1~{H}-purin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-(3-methyl-1~{H}-pyrazol-4-yl)phosphinic acid タイプ: DNA linking / 分子量: 427.309 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₁₈N₇O₇P
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.65 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.51 % / 解説: needle
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: (+/-)-2-Methyl-2,4-pentanediol, Sodium cacodylate trihydrate, Spermine tetrahydrochloride, Sodium chloride, Potassium chloride, Magnesium chloride hexahydrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 0.987 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2015年10月18日
放射	モノクロメーター: none / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→50 Å / Num. all: 4036 / Num. obs: 4036 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0.05 / Observed criterion σ(I): 0.05 / 冗長度: 6.1 % / R_merge(I) obs: 0.053 / Net I/av σ(I): 24.8 / Net I/σ(I): 24.8
反射シェル	解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 5.9 % / R_merge(I) obs: 0.507 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / % possible all: 99

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0049	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1DNS

1dns

解像度: 1.9→23.44 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.96 / SU B: 3.969 / SU ML: 0.104 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.162 / ESU R Free: 0.15 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25416	195	4.8 %	RANDOM
R_work	0.21696	-	-	-
obs	0.21857	3841	99.56 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33.77 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.01 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	0.03 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.05 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.9→23.44 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	0	298	58	3	359

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.037	0.019	394
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.038	0.025	184
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	3.485	2.234	606
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	4.588	3.336	440
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.166	0.2	70
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.02	0.021	206
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.022	72
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.58	3.547	394
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.575	3.554	395
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.877	5.333	607
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	5.501	33.694	572
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	5.496	33.76	573
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.898→1.947 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.307	20	-
R_work	0.291	250	-
obs	-	-	96.43 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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