PDB-5hbs: Crystal structure of human cellular retinol binding protein 1 in ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5hbs

タイトル

Crystal structure of human cellular retinol binding protein 1 in complex with all-trans-retinol at 0.89 angstrom.

要素

Retinol-binding protein 1

キーワード

RETINOL-BINDING PROTEIN / vitamin A / retinol / binding protein

機能・相同性

機能・相同性情報

all-trans-retinol binding / retinoic acid biosynthetic process / vitamin A metabolic process / retinoid binding / retinal binding / Retinoid cycle disease events / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / lipid homeostasis / fatty acid transport / Retinoid metabolism and transport ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 0.89 Å

データ登録者

Golczak, M. / Arne, J.M. / Silvaroli, J.A. / Kiser, P.D. / Banerjee, S.

資金援助

米国, 2件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2016
タイトル: Ligand Binding Induces Conformational Changes in Human Cellular Retinol-binding Protein 1 (CRBP1) Revealed by Atomic Resolution Crystal Structures.
著者: Silvaroli, J.A. / Arne, J.M. / Chelstowska, S. / Kiser, P.D. / Banerjee, S. / Golczak, M.

履歴

登録	2016年1月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年3月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年3月23日	Group: Database references
改定 1.2	2016年5月11日	Group: Database references
改定 1.3	2017年9月13日	Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.4	2019年12月11日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.5	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5hbs.cif.gz	116.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5hbs.ent.gz	90.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5hbs.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5hbs_validation.pdf.gz	609.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5hbs_full_validation.pdf.gz	609.6 KB	表示
XML形式データ	5hbs_validation.xml.gz	12 KB	表示
CIF形式データ	5hbs_validation.cif.gz	18.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hb/5hbs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hb/5hbs	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5h8tSC 5h9aC 5ha1C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5d16-2 4qzt-1 1fsj-1 1iaq-1 7jwr-2 4yko-1 4m1y-3 4hr2-2 5ody-d 4l8l-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#193 - 2016年1月シデロカリン (Siderocalin) 類似性 (3) #37 - 2003年1月血清アルブミン (Serum Albumin) 類似性 (3) #237 - 2019年9月ナノディスクと高密度リポタンパク質 (Nanodiscs and HDL) 類似性 (1) #92 - 2007年8月タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids) 類似性 (1) #78 - 2006年6月ルシフェラーゼ (Luciferase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#193 - 2016年1月
シデロカリン (Siderocalin)
類似性 (3)
#37 - 2003年1月
血清アルブミン (Serum Albumin)
類似性 (3)
#237 - 2019年9月
ナノディスクと高密度リポタンパク質 (Nanodiscs and HDL)
類似性 (1)
#92 - 2007年8月
タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids)
類似性 (1)
#78 - 2006年6月
ルシフェラーゼ (Luciferase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Retinol-binding protein 1

ヘテロ分子

16.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	37.217, 49.769, 73.480
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Retinol-binding protein 1 / Cellular retinol-binding protein / CRBP / Cellular retinol-binding protein I / CRBP-I 分子量: 16568.869 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RBP1, CRBP1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21(DE3) / 参照: UniProt: P09455
#2: 化合物	ChemComp-RTL / RETINOL / (11Z,13Z)-レチノ-ル分子量: 286.452 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₃₀O
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 336 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.05 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.11 %
結晶化	温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 0.1 M Bis-Tris, 25% PEG 6000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 90 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.7293 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.7293 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 0.89→33.2 Å / Num. obs: 104073 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 12.4 % / R_sym value: 0.088 / Net I/σ(I): 24.5
反射シェル	解像度: 0.89→0.94 Å / 冗長度: 10.4 % / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 92.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.10pre_2138	精密化
iMOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5H8T

5h8t

解像度: 0.89→33.2 Å / SU ML: 0.05 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 10.69 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1334	5242	5.04 %
R_work	0.125	-	-
obs	0.1254	104073	98.72 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 0.89→33.2 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1148	0	21	336	1505

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	1284
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.016	1745
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	21.396	514
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.08	183
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	224

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
0.89-0.8993	0.238	139	0.2246	2289	X-RAY DIFFRACTION	70
0.8993-0.9099	0.1926	170	0.1784	3217	X-RAY DIFFRACTION	97
0.9099-0.921	0.1745	161	0.1616	3282	X-RAY DIFFRACTION	100
0.921-0.9326	0.1786	161	0.1487	3299	X-RAY DIFFRACTION	98
0.9326-0.9449	0.1525	167	0.1383	3281	X-RAY DIFFRACTION	100
0.9449-0.9578	0.1599	182	0.135	3316	X-RAY DIFFRACTION	100
0.9578-0.9715	0.1731	165	0.1304	3283	X-RAY DIFFRACTION	100
0.9715-0.986	0.143	171	0.1308	3300	X-RAY DIFFRACTION	100
0.986-1.0014	0.1323	184	0.1216	3293	X-RAY DIFFRACTION	100
1.0014-1.0179	0.126	175	0.1217	3309	X-RAY DIFFRACTION	100
1.0179-1.0354	0.135	189	0.1103	3296	X-RAY DIFFRACTION	100
1.0354-1.0542	0.1134	174	0.1057	3307	X-RAY DIFFRACTION	100
1.0542-1.0745	0.1227	178	0.1224	3273	X-RAY DIFFRACTION	100
1.0745-1.0964	0.1145	162	0.1067	3345	X-RAY DIFFRACTION	100
1.0964-1.1203	0.1062	162	0.0967	3306	X-RAY DIFFRACTION	100
1.1203-1.1464	0.1041	156	0.1034	3344	X-RAY DIFFRACTION	100
1.1464-1.175	0.0981	188	0.091	3291	X-RAY DIFFRACTION	100
1.175-1.2068	0.1103	205	0.0983	3293	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2068-1.2423	0.1154	179	0.1095	3337	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2423-1.2824	0.1111	178	0.1047	3319	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2824-1.3282	0.1392	163	0.1176	3334	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3282-1.3814	0.1145	169	0.1052	3352	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3814-1.4443	0.1108	174	0.1076	3334	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4443-1.5204	0.1138	186	0.1118	3332	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5204-1.6157	0.1286	185	0.1126	3346	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6157-1.7404	0.121	172	0.1181	3375	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7404-1.9156	0.1313	199	0.1297	3354	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9156-2.1927	0.1277	183	0.1274	3394	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1927-2.7624	0.1629	172	0.1435	3447	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7624-33.2244	0.1499	193	0.1465	3583	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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