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- PDB-5hbn: ClpC N-terminal domain with bound phospho-arginine -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5hbn
タイトルClpC N-terminal domain with bound phospho-arginine
要素Negative regulator of genetic competence ClpC/MecB
キーワードHYDROLASE / Clp protease / degradation tag / protein phosphorylation / phospho-residue binding site
機能・相同性
機能・相同性情報


establishment of competence for transformation / ATP hydrolysis activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Double Clp-N motif / Clp, N-terminal domain / UVR domain / UVR domain profile. / ClpA/B, conserved site 2 / Chaperonins clpA/B signature 2. / : / ClpA/B, conserved site 1 / Chaperonins clpA/B signature 1. / ClpA/ClpB, AAA lid domain ...Double Clp-N motif / Clp, N-terminal domain / UVR domain / UVR domain profile. / ClpA/B, conserved site 2 / Chaperonins clpA/B signature 2. / : / ClpA/B, conserved site 1 / Chaperonins clpA/B signature 1. / ClpA/ClpB, AAA lid domain / AAA lid domain / Clp amino terminal domain, pathogenicity island component / Clp repeat (R) domain profile. / Clp, repeat (R) domain / Clp, N-terminal domain superfamily / ClpA/B family / Clp ATPase, C-terminal / AAA domain (Cdc48 subfamily) / C-terminal, D2-small domain, of ClpB protein / C-terminal, D2-small domain, of ClpB protein / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) / ATPase, AAA-type, core / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / phospho-arginine / Negative regulator of genetic competence ClpC/MecB
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.602 Å
データ登録者Suskiewicz, M.J. / Clausen, T.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2016
タイトル: Arginine phosphorylation marks proteins for degradation by a Clp protease.
著者: Trentini, D.B. / Suskiewicz, M.J. / Heuck, A. / Kurzbauer, R. / Deszcz, L. / Mechtler, K. / Clausen, T.
履歴
登録2016年1月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年10月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年10月26日Group: Database references
改定 1.22016年11月9日Group: Database references
改定 1.32019年7月17日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.42019年10月16日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell
改定 2.02023年11月15日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_validate_close_contact
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1
改定 2.12024年1月10日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Negative regulator of genetic competence ClpC/MecB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,1939
ポリマ－17,1461
非ポリマー1,0488
水72140
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area730 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area7520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.600, 84.600, 29.850
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

#1: タンパク質 Negative regulator of genetic competence ClpC/MecB


分子量: 17145.627 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
遺伝子: clpC, mecB, BSU00860 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P37571
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-RPI / phospho-arginine / アルギニンりん酸


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 254.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H15N4O5P
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 40 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 31.61 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: The optimized crystallization solution contained 13.5% w/w polyethylene glycol 4000, 500 mM ammonium sulphate, and 100 mM sodium acetate at pH 5. Hexagonal crystals of space group P 6(5) ...詳細: The optimized crystallization solution contained 13.5% w/w polyethylene glycol 4000, 500 mM ammonium sulphate, and 100 mM sodium acetate at pH 5. Hexagonal crystals of space group P 6(5) formed overnight at 19C and were cryo-protected in 40% polyethylene glycol 400, 20 mM Tris pH 8, and 6 mM pArgAA prior to being flash-frozen.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X13 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年8月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.602→42.3 Å / Num. obs: 16041 / % possible obs: 98.19 % / 冗長度: 18.6 % / Rmerge(I) obs: 0.06169 / Rrim(I) all: 0.06347 / Net I/σ(I): 29.81

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_2356: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASERPhaser-2.6.0位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2Y1Q

2y1q


解像度: 1.602→42.3 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.41 / 位相誤差: 17.94 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.166 1585 9.88 %
Rwork0.1447 --
obs0.1469 16041 98.19 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.602→42.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1105 0 61 40 1206
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0091228
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.081655
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.287737
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.053183
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006214
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6021-1.65390.2591170.19641088X-RAY DIFFRACTION82
1.6539-1.7130.24471410.1751298X-RAY DIFFRACTION99
1.713-1.78160.21841480.17011331X-RAY DIFFRACTION100
1.7816-1.86260.16671420.14381329X-RAY DIFFRACTION100
1.8626-1.96080.18691440.12711320X-RAY DIFFRACTION100
1.9608-2.08370.17141520.12011328X-RAY DIFFRACTION100
2.0837-2.24460.15551450.11391325X-RAY DIFFRACTION100
2.2446-2.47040.14761470.11691341X-RAY DIFFRACTION100
2.4704-2.82780.15651470.12491343X-RAY DIFFRACTION100
2.8278-3.56250.14661500.14661357X-RAY DIFFRACTION100
3.5625-42.31470.16781520.1661396X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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