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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5hb8 | ||||||||||||||||||||||||||||||
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タイトル | Crystal structure of Chaetomium thermophilum Nup53 RRM (space group P3121) | ||||||||||||||||||||||||||||||
![]() | Nucleoporin NUP53 | ||||||||||||||||||||||||||||||
![]() | TRANSPORT PROTEIN / Nucleocytoplasmic transport / protein transport | ||||||||||||||||||||||||||||||
機能・相同性 | mRNA transport / nuclear pore / protein transport / nuclear membrane / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / SUCCINIC ACID / Nucleoporin NUP53![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
生物種 | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
![]() | Lin, D.H. / Stuwe, T. / Hoelz, A. | ||||||||||||||||||||||||||||||
資金援助 | ![]() ![]() ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Architecture of the symmetric core of the nuclear pore. 著者: Lin, D.H. / Stuwe, T. / Schilbach, S. / Rundlet, E.J. / Perriches, T. / Mobbs, G. / Fan, Y. / Thierbach, K. / Huber, F.M. / Collins, L.N. / Davenport, A.M. / Jeon, Y.E. / Hoelz, A. | ||||||||||||||||||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 281.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 234.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14342.988 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: NUP53, CTHT_0012410 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-SIN / #3: 化合物 | ChemComp-GOL / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.76 % |
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 4 % Tacsimate (pH 4.1), 15 % (w/v) PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年3月17日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 60735 / % possible obs: 91.1 % / 冗長度: 35.7 % / Net I/σ(I): 37.3 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.7→47.33 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.23 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→47.33 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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