PDB-5han: Structure function studies of R. palustris RubisCO (S59F mutant; ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5han

タイトル

Structure function studies of R. palustris RubisCO (S59F mutant; CABP-bound)

要素

Ribulose bisphosphate carboxylase

キーワード

LYASE / RubisCO / hexamer

機能・相同性

機能・相同性情報

ribulose-bisphosphate carboxylase / ribulose-bisphosphate carboxylase activity / reductive pentose-phosphate cycle / monooxygenase activity / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Rhodopseudomonas palustris (光合成細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.04 Å

データ登録者

Arbing, M.A. / Leong, J.G. / Varaljay, V.A. / Satagopan, S. / North, J.A. / Tabita, F.R.

資金援助

米国, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure function studies of R. palustris RubisCO
著者: Arbing, M.A. / Satagopan, S. / Varaljay, V.A. / Leong, J.G. / Tabita, F.R.

履歴

登録	2015年12月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年1月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年9月27日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2019年12月4日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 1.4	2023年11月15日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5han.cif.gz	3.8 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5han.ent.gz	3.2 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5han.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5han_validation.pdf.gz	4.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5han_full_validation.pdf.gz	4.1 MB	表示
XML形式データ	5han_validation.xml.gz	204 KB	表示
CIF形式データ	5han_validation.cif.gz	287.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ha/5han ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ha/5han	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5hqlC 4lf1S 5hao 5hat 5hjx 5hjy 5hk4 5hqm C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5hqm-1 5hql-d 5hjx-d 4lf1-d 5hat-2 4lf2-d 5hao-d 5hat-1 5c2g-d 5hk4-d 5koz-2 5hjy-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#11 - 2000年11月ルビスコ (Rubisco) 類似性 (13)

登録構造単位

A: Ribulose bisphosphate carboxylase

B: Ribulose bisphosphate carboxylase

C: Ribulose bisphosphate carboxylase

D: Ribulose bisphosphate carboxylase

E: Ribulose bisphosphate carboxylase

F: Ribulose bisphosphate carboxylase

G: Ribulose bisphosphate carboxylase

H: Ribulose bisphosphate carboxylase

I: Ribulose bisphosphate carboxylase

J: Ribulose bisphosphate carboxylase

K: Ribulose bisphosphate carboxylase

L: Ribulose bisphosphate carboxylase

ヘテロ分子

638 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Ribulose bisphosphate carboxylase

B: Ribulose bisphosphate carboxylase

C: Ribulose bisphosphate carboxylase

D: Ribulose bisphosphate carboxylase

E: Ribulose bisphosphate carboxylase

F: Ribulose bisphosphate carboxylase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
319 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

G: Ribulose bisphosphate carboxylase

H: Ribulose bisphosphate carboxylase

I: Ribulose bisphosphate carboxylase

J: Ribulose bisphosphate carboxylase

K: Ribulose bisphosphate carboxylase

L: Ribulose bisphosphate carboxylase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
319 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	75.880, 110.370, 167.360
Angle α, β, γ (deg.)	89.87, 101.70, 105.00
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Ribulose bisphosphate carboxylase / RuBisCO 分子量: 52817.438 Da / 分子数: 12 / 変異: S59F / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Rhodopseudomonas palustris (光合成細菌) プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q6N0W9, ribulose-bisphosphate carboxylase
#2: 糖	ChemComp-CAP / 2-CARBOXYARABINITOL-1,5-DIPHOSPHATE / 2-カルボキシ-D-アラビニト-ル1,5-ビスりん酸タイプ: saccharide / 分子量: 356.115 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₁₃P₂
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 2655 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.11 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: Protein storage buffer: 20 mM Tris, pH 8.0, 300 mM NaCl, 10% Glycerol, 10 mM MgCl2, 20 mM NaHCO3. Reservoir solution: 20-24% PEG 3350, 200 mM sodium sulfate, 100 mM Bis-Tris Propane pH 7.0-8.0. PH範囲: 7-8

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.979 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年11月7日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.04→48.92 Å / Num. obs: 291131 / % possible obs: 88.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.3 % / B_iso Wilson estimate: 35.32 Å² / R_merge(I) obs: 0.117 / Net I/σ(I): 6.08

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge F obs	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	R_rim(I) all	% possible all
2.04-2.09	2.9	0.81	0.612	1.77	48016	24293	16790	0.748	69.1
2.09-2.15		0.834	0.541	2.11	65499	23702	21315	0.655	89.9
2.15-2.21		0.862	0.466	2.42	63519	23155	20734	0.565	89.5
2.21-2.28		0.891	0.372	2.97	61071	22323	19947	0.451	89.4
2.28-2.35		0.914	0.309	3.49	59471	21780	19313	0.374	88.7
2.35-2.43		0.933	0.262	3.98	56171	21022	18368	0.317	87.4
2.43-2.52		0.946	0.221	4.5	51223	20290	16924	0.268	83.4
2.52-2.63		0.956	0.196	5.29	57437	19508	17994	0.235	92.2
2.63-2.74		0.961	0.174	6.01	55892	18640	17207	0.208	92.3
2.74-2.88		0.967	0.152	6.77	53821	17837	16366	0.182	91.8
2.88-3.03		0.975	0.131	7.62	51980	17100	15571	0.156	91.1
3.03-3.22		0.976	0.114	8.5	46130	16004	13825	0.135	86.4
3.22-3.44		0.979	0.103	9.45	47962	15170	13890	0.121	91.6
3.44-3.72		0.981	0.097	10.21	46942	13991	13256	0.114	94.7
3.72-4.07		0.979	0.092	10.83	43308	12952	12109	0.108	93.5
4.07-4.55		0.979	0.09	11.23	37866	11715	10577	0.105	90.3
4.55-5.25		0.982	0.09	11.33	32714	10330	9154	0.106	88.6
5.25-6.44		0.981	0.09	11.21	30383	8696	8296	0.105	95.4
6.44-9.1		0.98	0.094	11.6	22197	6728	6056	0.11	90
9.1-48.92		0.977	0.105	12.12	12991	3678	3439	0.123	93.5

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.10.0	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4LF1

4lf1

解像度: 2.04→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.9561 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.9386 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.253 / SU R_free Blow DPI: 0.192

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2374	29076	10 %	RANDOM
R_work	0.1967	-	-	-
obs	0.2008	290763	89.13 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 38.74 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.9712 Å²	0.5475 Å²	-0.4103 Å²
2-	-	-0.8914 Å²	0.3396 Å²
3-	-	-	-0.0799 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.325 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.04→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	82560	0	3314	2678	88552

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.01	84096	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.02	151028	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		23202	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		1035	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		12850	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		84096	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd		29	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	4
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	2.72
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		5527	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		96042	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 2.04→2.09 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3445	1867	10 %
R_work	0.2954	16806	-
all	0.3003	18673	-
obs	-	-	89.13 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3737	-0.0016	-0.0487	0.3358	-0.0326	0.4079	0.0403	0.0756	-0.0954	-0.1016	-0.0286	0.0426	0.1318	-0.046	-0.0117	0.1743	-0.0217	-0.0224	-0.1255	-0.0417	-0.1051	-28.3566	-114.3015	12.4613
2	0.7124	-0.0179	0.114	0.539	0.0207	0.4474	0.0424	0.2072	0.0392	-0.1841	-0.0448	0.0123	-0.0066	-0.0219	0.0024	0.1855	0.0279	0.003	-0.1091	-0.0013	-0.1917	-26.4383	-91.2022	-2.3366
3	0.3855	-0.0473	-0.0234	0.2506	0.0426	0.2673	0.055	0.1164	0.1113	-0.0585	-0.0367	0.0259	-0.0955	-0.0705	-0.0183	0.1703	0.0398	0.0143	-0.1248	0.044	-0.0802	-41.5369	-61.3704	16.5464
4	0.6381	-0.0254	-0.0598	0.2866	0.0495	0.4554	0.059	-0.0413	0.1779	0.0228	-0.0158	-0.0631	-0.1445	0.0108	-0.0432	0.156	0.0055	0.0115	-0.1773	-0.0104	-0.054	-28.0466	-57.0125	40.3687
5	0.3578	-0.0558	-0.0886	0.4071	0.0214	0.2442	-0.005	-0.0795	0.0511	0.102	0.0245	-0.0032	-0.0108	0.004	-0.0195	0.1742	-0.0005	-0.0303	-0.116	-0.022	-0.1045	-26.4583	-89.3096	61.0348
6	0.3948	-0.0321	-0.021	0.279	0.0225	0.1505	-0.0239	-0.0149	-0.0598	0.0423	0.0105	-0.0851	0.0495	0.0695	0.0134	0.1688	-0.0055	-0.0206	-0.1159	-0.0057	-0.0754	-13.0561	-109.26	47.3109
7	0.4349	0.0667	-0.1857	0.3681	-0.0205	0.4817	0.0169	0.0186	-0.0585	-0.0664	-0.0323	0.0198	0.1144	-0.0875	0.0154	0.2125	-0.0383	-0.023	-0.1482	-0.0221	-0.1257	-30.7045	-171.0501	93.0693
8	0.3245	0.0065	-0.0156	0.5304	0.0426	0.3781	0.0535	0.0918	0.0075	-0.1603	-0.0428	-0.0066	-0.0268	-0.072	-0.0107	0.2199	0.0222	0.0056	-0.1356	-0.0077	-0.1597	-28.9696	-147.1884	79.2259
9	0.4436	-0.0216	-0.0178	0.2313	-0.0238	0.3739	0.0522	0.0171	0.1074	-0.0196	-0.0234	0.0424	-0.0947	-0.084	-0.0288	0.1959	0.0144	0.0166	-0.1482	-0.0027	-0.097	-44.1415	-118.4891	99.7817
10	0.5874	-0.0528	-0.0304	0.3864	-0.0917	0.4852	0.0559	-0.1163	0.1517	0.0957	-0.0161	-0.0502	-0.1899	0.024	-0.0398	0.2118	-0.0178	0.0205	-0.1661	-0.0593	-0.1303	-30.7772	-115.3248	123.7269
11	0.6063	0.1523	0.0677	0.5044	0.157	0.4476	0.0446	-0.1919	0.0527	0.1445	-0.028	0.0016	0.0225	-0.056	-0.0165	0.1996	-0.05	-0.0162	-0.1049	-0.0202	-0.193	-28.7995	-148.5487	142.7533
12	0.2296	0.0297	0.1142	0.2605	0.0063	0.1674	0.0102	-0.0599	-0.0685	0.0671	0.0153	-0.0927	0.0644	0.0316	-0.0254	0.2088	-0.0386	-0.0351	-0.1153	0.007	-0.1087	-15.4134	-167.671	128.1143

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|* }
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ B\|* }
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{ C\|* }
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{ D\|* }
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{ E\|* }
6	X-RAY DIFFRACTION	6	{ F\|* }
7	X-RAY DIFFRACTION	7	{ G\|* }
8	X-RAY DIFFRACTION	8	{ H\|* }
9	X-RAY DIFFRACTION	9	{ I\|* }
10	X-RAY DIFFRACTION	10	{ J\|* }
11	X-RAY DIFFRACTION	11	{ K\|* }
12	X-RAY DIFFRACTION	12	{ L\|* }

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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