PDB-5ha8: Structure of a cysteine hydrolase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ha8

タイトル

Structure of a cysteine hydrolase

要素

Isochorismatase

キーワード

HYDROLASE / catalyic triad

機能・相同性

Isochorismatase-like / Isochorismatase-like superfamily / Isochorismatase family / hydrolase activity / Isochorismatase

機能・相同性情報

生物種

Microbacterium hydrocarbonoxydans (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.054 Å

データ登録者

Gao, S. / Feng, Y.

資金援助

中国, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of a cysteine hydrolase
著者: Gao, S. / Feng, Y.

履歴

登録	2015年12月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2017年1月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年10月18日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ha8.cif.gz	49.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ha8.ent.gz	33.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ha8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5ha8_validation.pdf.gz	402.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5ha8_full_validation.pdf.gz	402.5 KB	表示
XML形式データ	5ha8_validation.xml.gz	9.6 KB	表示
CIF形式データ	5ha8_validation.cif.gz	13.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ha/5ha8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ha/5ha8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5hwgC 5hwhC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5hwh-1 5hwg-1 2oln-d 2r73-1 4mx8-6 3cg3-d 4mx8-2 5ets-d 4hmq-1 3q87-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Isochorismatase

20.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Isochorismatase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
40.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	69.454, 69.454, 88.052
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-307- HOH
2	1	A-311- HOH

#1: タンパク質	Isochorismatase / cysteine hydrolase 分子量: 20457.863 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Microbacterium hydrocarbonoxydans (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0K0XHU0
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 139 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.96 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6 / 詳細: sodium malonate (pH 6.0), polyethylene glycol 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17B1 / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年6月22日
放射	プロトコル: LAUE / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.05→50 Å / Num. obs: 15793 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.1 % / Net I/σ(I): 39.75

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
HKL-2000		data processing
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

解像度: 2.054→35.526 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 19.41 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1941	784	4.97 %
R_work	0.1709	-	-
obs	0.172	15760	99.76 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.054→35.526 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1339	0	0	139	1478

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	1369
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.892	1870
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.718	480
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.035	216
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	245

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.0537-2.1824	0.2422	132	0.1936	2402	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1824-2.3509	0.2041	135	0.1889	2470	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3509-2.5874	0.2105	137	0.1893	2466	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5874-2.9616	0.2429	125	0.1939	2480	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9616-3.7307	0.1949	126	0.1801	2523	X-RAY DIFFRACTION	100

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)