PDB-5ha4: Structure of a diaminopimelate epimerase from Acinetobacter baumannii

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ha4

タイトル

Structure of a diaminopimelate epimerase from Acinetobacter baumannii

要素

Diaminopimelate epimerase

キーワード

ISOMERASE / SSGCID / Acinetobacter baumannii / diaminopimelate epimerase / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / PSI-2 / Protein Structure Initiative

機能・相同性

機能・相同性情報

diaminopimelate epimerase / diaminopimelate epimerase activity / lysine biosynthetic process via diaminopimelate / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Acinetobacter baumannii (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Structure of a diaminopimelate epimerase from Acinetobacter baumannii
著者: Mayclin, S.J. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E.

履歴

登録	2015年12月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年1月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ha4.cif.gz	243.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ha4.ent.gz	194.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ha4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5ha4_validation.pdf.gz	440.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5ha4_full_validation.pdf.gz	443.1 KB	表示
XML形式データ	5ha4_validation.xml.gz	30.8 KB	表示
CIF形式データ	5ha4_validation.cif.gz	43.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ha/5ha4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ha/5ha4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4p5q-d 2qod-d 5ehy-d 6tnd-d 3tub-d 2qol-d 2qo7-d 2qoo-d 4y83-1 5knj-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: SSGCID-AcbaC.18873.a

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Diaminopimelate epimerase

B: Diaminopimelate epimerase

ヘテロ分子

63.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Diaminopimelate epimerase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
31.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Diaminopimelate epimerase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
31.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	70.380, 96.180, 106.240
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Diaminopimelate epimerase / DAP epimerase 分子量: 31392.650 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (strain AB307-0294) (バクテリア) 株: AB307-0294 / 遺伝子: dapF, ABBFA_000848 / プラスミド: AcbaC.18873.a.B1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B7GY71, diaminopimelate epimerase
#2: 化合物	ChemComp-MRD / (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL / (4R)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 515 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.81 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.2 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: MORPHEUS F4 (265800f4): 12.5% PEG 1000, 12.5% PEG 3350, 12.5% MPD, 20mM of each monosaccharide, 100mM MES/imidazole pH6.5; [prot]=18.7mg/mL; direct cryo, puck khx0-8 PH範囲: 6.5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å

検出器

タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2015年10月1日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.85→50 Å / Num. obs: 61957 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10.28 % / B_iso Wilson estimate: 21.71 Å² / R_merge F obs: 1 / R_merge(I) obs: 0.048 / R_rim(I) all: 0.05 / Χ²: 0.961 / Net I/σ(I): 31.52 / Num. measured all: 636623

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge F obs	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	R_rim(I) all	% possible all
1.85-1.9		6.33	0.894	0.491	3.83	27783	4554	4387	0.535	96.3
1.9-1.95			0.93	0.378	4.94	28052	4425	4326	0.411	97.8
1.95-2.01			0.967	0.272	6.94	28436	4336	4282	0.295	98.8
2.01-2.07			0.977	0.215	8.87	28468	4166	4165	0.233	100
2.07-2.14			0.984	0.185	11.11	30595	4093	4092	0.199	100
2.14-2.21			0.991	0.144	15.37	35105	3922	3920	0.153	99.9
2.21-2.29			0.994	0.126	17.92	35905	3796	3793	0.134	99.9
2.29-2.39			0.996	0.109	20.51	36194	3668	3667	0.116	100
2.39-2.49			0.996	0.099	22.79	36418	3520	3516	0.105	99.9
2.49-2.62			0.998	0.081	28.01	37252	3390	3389	0.085	100
2.62-2.76			0.998	0.074	31.77	38654	3213	3209	0.077	99.9
2.76-2.93			0.999	0.063	39.36	42707	3040	3039	0.065	100
2.93-3.13			0.999	0.049	49.55	41964	2877	2873	0.051	99.9
3.13-3.38			0.999	0.039	63.26	38829	2676	2674	0.041	99.9
3.38-3.7			1	0.032	77.2	35756	2488	2485	0.033	99.9
3.7-4.14			1	0.03	81.58	32480	2261	2261	0.031	100
4.14-4.78			1	0.026	92.03	28682	2008	2005	0.027	99.9
4.78-5.85			1	0.026	85.17	24452	1710	1709	0.027	99.9
5.85-8.27			1	0.028	79.51	18978	1360	1360	0.029	100
	8.27		1	0.024	95.2	9913	815	805	0.025	98.8

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	7.51 Å	46.5 Å
Translation	7.51 Å	46.5 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHASER	2.6.0	位相決定
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.85→50 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.58 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1898	1997	3.23 %	Random selection
R_work	0.1641	59897	-	-
obs	0.165	61894	99.45 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 80.02 Å² / B_iso mean: 27.3131 Å² / B_iso min: 10.44 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.85→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4349	0	18	515	4882
B_iso mean	-	-	57.35	37.63	-
残基数	-	-	-	-	562

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	4536
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.873	6186
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.057	687
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	829
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.335	2696

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.85-1.8963	0.2146	137	0.2084	4097	4234	96
1.8963-1.9475	0.273	138	0.2041	4131	4269	98
1.9475-2.0048	0.2579	140	0.1864	4209	4349	99
2.0048-2.0696	0.2025	142	0.1784	4246	4388	100
2.0696-2.1435	0.1973	140	0.1697	4240	4380	100
2.1435-2.2293	0.2107	143	0.1679	4260	4403	100
2.2293-2.3308	0.1995	142	0.1636	4276	4418	100
2.3308-2.4537	0.2145	142	0.1694	4280	4422	100
2.4537-2.6074	0.1925	145	0.169	4293	4438	100
2.6074-2.8087	0.1981	142	0.1736	4291	4433	100
2.8087-3.0913	0.2002	144	0.1714	4300	4444	100
3.0913-3.5385	0.1875	144	0.1556	4348	4492	100
3.5385-4.4575	0.1684	145	0.1411	4370	4515	100
4.4575-46.5141	0.1517	153	0.1589	4556	4709	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.5788	-1.4166	0.1775	2.5106	-0.111	1.3253	0.064	0.0428	0.2377	0.1116	0.0302	0.1178	-0.1981	-0.1269	-0.0843	0.1776	0.0199	0.0705	0.1598	0.0487	0.208	-14.0846	10.5087	39.1567
2	0.5993	-0.1524	0.4674	1.1536	-0.9027	2.3698	0.0045	0.0694	-0.0933	-0.1378	0.0978	0.182	0.0677	-0.0882	-0.0912	0.1344	-0.0099	-0.021	0.1336	0.0096	0.1632	-18.4065	6.3811	17.6465
3	2.5551	-0.6622	0.6176	1.9663	-0.1993	1.5963	0.0427	-0.0039	0.0957	0.0894	-0.0298	-0.14	0.1037	0.0982	-0.0135	0.1491	0.0063	0.0121	0.1481	0.0008	0.0923	3.678	-12.8736	45.643
4	2.5756	-0.2651	-0.7814	0.8643	0.239	1.0006	0.0161	0.2394	-0.1359	-0.128	0.0369	-0.2331	-0.0507	0.0537	-0.0546	0.1577	-0.0193	0.0147	0.1459	-0.0142	0.2427	20.5515	-9.2924	30.3138

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 106 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 107 through 280 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid -1 through 119 )	B
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 120 through 280 )	B

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